蛋白质结构比较

一、题目要求

对Swiss-Model和Modeller建模结果进行VMD可视化比较

二、操作过程记录及结果

RMSD比对

模型间比对

选取多模板建模出来的两个结果，使用VMD的RMSD Tool，对1-630全部氨基酸，计算出RMS deviations：8.02，VMD可视化看得出来两个结果如同重影一般，非常相近。

图表 1 1-630RMSD比对

接下来，依次对12-87的EF-hand、109-382以及383-627的两个Actin-binding区域，计算RMSdeviations，下图从左到右依次是EF-hand、Actin-binding 1和Actin-binding 2。

氨基酸位置	12-87	109-382	383-627
RMS deviations	20.10	1.32	1.95

可以看出来，EF-hand的建模间的差异较大。

 

模型模板间比较

将使用1rt8.1模板，用Swiss-model建立的模型，红色是1rt8模板，黄色是模型，可以看出来两个几乎一模一样，由此可以知道Swiss-model同源建模，对于有已知结构的部分，是直接使用模板的。

图表 2 Swiss-model模板模型比较

由于EF-hand区域不同模型间差异较大，下面对2f2o模板(template)与模型(model)进行比对，绿色为2f2o模板。下表为三个结构两两计算RMSD的值。

RMS deviations	Model1	Model2	2f2o
Model1	0	4.54	8.86
Model2	4.54	0	11.68
2f2o	8.86	11.68	0

可以得出结论， EF-hand区域建模效果很不好，模型与模板间并没有完全匹配到一起去。究其原因，可能是之前modeller建模时，直接补上EF-hand那段氨基酸。

图表 3EF-hand区域

分析与讨论

Loop区域由于本身结构可变化，所以建模时候，会有差异，并且之前EF-hand部分之前补上，那段区域效果也不是很好。