Amber中的NMR restraint中的一些参数的设置的意义

在对结构中的对距离角度，二面角，距离等加入限制时需要首先在输入文件中加入一些参数来应用这些限制.
DISANG=“限制文件的路径” nmropt 参数值设置为大于0时，应用限制文件中的限制。 当设置pencut这个参数为负数时，所有的限制将会被打印出来.
参数列表"&rst"包含下面的参数。
如果你想只包含重量的变化但是没有内部的限制,设置nmropt=1这个参数值. &rst参数必须放在DISANG参数指定的文件中,而不是放在mdin文件中.
添加各种条件：
需要写在&wt列表中,这个参数列表以 &wt TYPE=END结尾
TYPE用于指定各种需要变化的参数,有效的参数选项如下面所示：
istep1,istep2将变化应用从循环步骤一到循环步骤二，如果istep2=0,这个变化将会应用到循环的结尾.
value1,value2对应于istep1和istep2,如果istep2=0，一旦到达了步骤istep1，这个变化的值将一直处于value1知道循环的结束.
iinc 这是一个循环步数的函数，此参数用于指定到达目标值value2时的区间值,如果iinc=0，这值之间的变化是连续的，否则是不连续的。
imult 如果imult=0，则value1和value2之间的变化为线性的变化，如果imult=1，则需要考虑一个单因素值R。 Value2=(R**Increments)*value1.
bond 用于指定键的能量.
angle用于指定角度能量的权重。
torsion用于指定二面角的权重。
improp 用于指定不恰当的二面角,在torsion中并不包含这些不恰当的二面角。
vdw 用于指定范德华能量项的权重。
hb 用于指定氢键能量所占的权重。
elec 用于指定静电能量所占的权重。
nb 用于指定非键结项所占的权重。
rest用于指定所有的NMR限制能量项所占的比重。
temp0 用于指定temp0的目标温度（最终的温度）。
tautp 当指定能量耦合参数ntt=1时，耦合参数tautp用于指定弛豫时间。
RESTL
DUMPFREQ, 将istep1作为唯一的读入的参数,并设置DUMPAVE命令中输出文件对限制的距离和角度限制的输出频率。
有效的文件重定向的命令：
LISTIN 将读入的限制输出到限制列表中，以及这些限制与目标距离之间的差距（在模拟开始之前）. 默认情况下，这个限制列表不会打印出来。 如果将POUT作为输出文件的名称，这些偏差将会打印到正常的输出文件中（默认情况下为.out文件）
LISTOUT 将读入的限制文件输出到一个列表中，以及在动力学结束后这些限制与目标距离之间的偏差. 默认情况下，这个限制列表不会输出，如果将POUT作为文件的名称，这些限制将会打印到正常的输出文件中（默认情况下为.out文件）
DISANG 读入限制文件中指定的距离和角度的限制信息。
NOESY 指定NOESY体积信息的文件.
SHIFTS 读入化学转变的信息.
DIPOLE 指定残基的偶极信息的限制.
DUMPAVE 指定所有的限制将会写入到哪个文件。 如果使用DISAVI/ANGAVI/TORAVI来设置IDMPAV=/ 0. 然后平均值将会被输出。 如果使用了DUMPFREQ命令，将会输出瞬时的值。