转录组概述

一、转录组技术发展史

1）一代测序

      Sanger-链终止法

2）二代测序

       Roche-452焦磷酸测序，ABI-SOliD连接测序，Illumina-Solexa边合成边测序，华大-DNB测序（广泛应用于物种基因组测序，转录组测序，群体测序......）

3）三代测序

       PacBio-SMRT测序，ONT-单分子测序（基于三代技术的长度长，全长转录组测序技术逐渐开始应用......）

二、转录组测序的主要仪器

1）二代测序

       MGI 2000，DNB-T7，Novaseq 6000

2）三代测序

       Sequel II，MinlON

三、什么是转录组

       转录组广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使 RNA、核糖 RNA、转运 RNA 及非编码 RNA；狭义上指所有 mRNA 的集合。转录组成为研究基因表达的主要手段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质的必然纽带，转录水平的调控是研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。

四、转录组测序

      利用转录组测序（Transcriptome Sequencing）等组学技术对研究对象为特定细胞或组织在某一功能状态下转录以及转录后调控情况进行研究。通过高通量测序，全面快速获取某一物种特定细胞或组织在某一状态下的转录以及转录后调控信息，研究基因结构变异、挖掘调控机制、分析特异信号通路等。

     基于二代和三代平台的RNA测序是现在的主流。

五、分析流程

1）二代有参转录组

       RNA-seq的核心是基因表达差异的显著性分析，使用统计学方法，比较两个条件或多个条件下的基因表达差异，从中找 出与条件相关的特异性基因，然后进一步分析这些特异性基因的生物学意义，分析过程包括质控，比对，定量，差异显著性分析，功能富集六个环节，如图所示。另外可变剪接，变异位点也是RNA-seq的重要分析内容。

2）二代无参转录组

       无参转录组的核心，就是通过对测序数据的组装拼接，构建参考转录本集，对组装结果进行注释后，再进行定量及差异分析。

 六、应用

          寻找研究对象重要性状或表型的biomarker或关键调控基因，如水稻抗倒伏、高产基因等； 寻找不同处理条件下，与差异性状或表型相关联的主要功能基因，如不同温度对植物春化的 影响等； 寻找研究对象空间特异性变化的主要因素，如草莓果实发育不同时期的关键调控基因等； 寻找研究对象时序性变化的主控因素，如小鼠胚胎发育过程等。