转录组学研究

最新推荐文章于 2024-05-27 11:23:39 发布
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分类专栏： Bioinformatics Method 文章标签： 高通量测序 转录组
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本文链接：https://blog.csdn.net/seallama/article/details/17755033
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使用高通量测序技术对物种的转录组进行研究，具有以下优点：

1.灵敏度高，可以对痕量RNA进行检测和定量；

2.可以获得转录本全长，不但利于进行更准确的定量分析，而且可以发掘新转录本形式及插入/缺失突变；

3.适用于无参考序列物种，通过转录组数据的组装和拼接同样可以进行定量和定性分析；

海骆驼
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专栏目录
转录组分析技术
wuyameng的博客
03-19 2万+
@TOC1.转录组 @1.转录组
转录组学研究方法
11-21
转录组学基本研究方法 概念 基于测序的转录组学方法 EST 全长cDNA文库 生物信息学分析 基于杂交的转录组学方法 基因芯片 生物信息学分析
customProDB 鲲鹏部署
最新发布
yzq280736579的博客
05-27 293
【代码】customProDB 鲲鹏部署。
chapter3 转录组学
qq_2604617551的博客
04-17 1151
转录组：一个细胞、组织或生物体的全部RNA的集合体，其他也包括非编码的RNA。转录物的复杂性主要来自mRNA转录组学：对转录水平上发生的事件及其相互关系和意义进行整体研究的一门科学。转录组学的研究方法： 1. RNA测序技术 2. 基因芯片技术 3. 基因表达系列分析技术 4. 转录物编目的研究方法 5. 转录物调节网络 RNA-seq 转录组测序即RNA测序指将mRNA，miRNA，及其他non-coding RNA全部或者其中一种用高通量测序技术进行测序分析的技术测序深度：测序得到的总碱基数与待测...
转录组概述
henlenya的博客
08-29 355
转录组广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使 RNA、核糖 RNA、转运 RNA 及非编码 RNA；狭义上指所有 mRNA 的集合。转录组成为研究基因表达的主要手段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质的必然纽带，转录水平的调控是研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。
哈尔滨医科大学药物转录组学实验
qq_45722764的博客
09-30 1750
哈尔滨医科大学药物转录组学实验 为便于后备使用，特意上传！！ 题目 1.利用T检验结合FC的方法识别差异表达蛋白编码基因及lncRNA（ESC与CM之间的差异）注：考虑数据的预处理（例如 删除全部样本低表达基因，log转化）。（结果文件，基因ID ESC均值 CM均值 FC P值 FDR值） 2.绘制差异表达蛋白编码基因及lncRNA火山图（ggplot2）。 3.利用差异表达mRNA的表达谱进行聚类分析（pheatmap） 4.计算与差异表达lncRNA共表达的蛋白编码基因（同时用斯皮尔曼相关及皮
基于高通量测序454 GS FLX 的丹参转录组学研究
05-03
基于高通量测序454 GS FLX 的丹参转录组学研究
rna_seq:转录组学工作流程
04-16
RNAseq：转录组学项目 ... 2014年转录组学研究。 学 该文件夹包含一堆我在学习转录组学方法时使用的脚本。 DGRP_GWAS 我的计算机上有一个本地存储的文件夹，其中包含GWAS snps和UKy员工所做的CTmin CTmax工作分析。
myTAI:R进化转录组学
05-21
我的TAIR进化转录组学动机进化转录组学研究可以作为在计算机上筛选感兴趣的生物学过程中进化限制的潜在存在的第一种方法。 这是通过量化转录组保守模式及其在生物学过程中潜在的基因组来实现的。 myTAI实施的探索性...
 转录组的技术应用 （生物学、医学、农学中的应用）
wangprince2017
01-25 6699
转录组的技术应用 序言 转录组技术在生物学、医学、农学中的应用 随着第二代测序技术的迅猛发展，其高通量、快速、低成本的特点成为越来越多的生物学研究者在解决生物学问题时的首选，尤其在转录组测序方面更显示出极大的潜力。转录组（transcriptome）是指特定生物体在某种状态下所有基因转录产物的总和，转录组研究是功能基因组研究的一项重要内容。转录组是连接基因组遗传信息与生物功能（蛋白质组）的必然纽带，同时相对于真核生物全基因组测序来说，转录组测序得到的序列不含有内含子及其它非编码序列，因此转录组测..
【毕设学习之转录组技术一：基因组成+转录流程】
hhhhhhhhappy的博客
12-28 866
生物信息学
2018-6-15转录组学习1 文献阅读与数据下载
L_yivs的博客
06-15 2436
2018-6-1转录组学习1 文献阅读与数据下载 1.文献阅读 本次作业中阅读的文献为AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034 从文献中可以得到RNA-seq数据存放在GSE8191...
BT × IT | DeepST：通过深度学习识别空间转录组学中的空间域
wen05054105的博客
11-23 591
近日，《Nucleic Acids Research》发表了一个准确且通用的深度学习框架：DeepST，用于识别空间域。
2020.8.28丨转录组、全转录组产品概述和应用方向
08-28 3252
知识点梳理 转录调控是基因表达调控的一种重要方式 转录水平调控 翻译水平调控 翻译后水平调控 转录调控测序研究热点 RNA分类 转录组研究 概念 转录组（transcriptome）： 特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有RNA的集合，包括 mRNA和ncRNA，从整体水平研究基因功能和基因结构，揭示特定生物学过程的分子机理。 转录组测序（RNA-seq）： 通过第二代高通量测序技术进行
转录组测序（RNA-seq）技术
weixin_30565199的博客
05-11 2597
转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水 平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理，已广泛应 用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。基于 Illumina 高通量测序平台的转录组测序技术使 能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测，在分析转录本的结构和表达水平的同 时，还能发现未知转录本和稀有转录本，精确地...
【无标题】
m0_62309595的博客
09-09 2551
生物的主要遗传物质是DNA，细胞或生物体中一套完整的遗传物质的总和称为基因组。DNA是由外显子(Exon）和内含子(Intron)组成。外显子只占基因组的1%左右，指导体内所有蛋白的合成。内含子不编码蛋白质的合成，但绝不是无用的序列，其可以影响基因的活性和蛋白的表达。全基因组测序（WGS, Whole Genome Sequencing）是下一代测序技术，用于快速，低成本地确定生物体的完整基因组序列。其目的是准确检测出每个样本（这里特指人）基因组中的变异集合，也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列。
做转录组测序前需要知道的那些事
wangprince2017
03-27 6629
做转录组测序前需要知道的那些事 转载2016-05-31 10:57:52 1.转录组的研究对象 转录组包括特定细胞或组织在某一时期内表达的所有RNA的集合，包括各种small RNA，lncRNA（long non-coding RNA）及mRNA等，因此做转录组测序理论上可以研究各种长度范围的RNA序列。针对转录组的测序，通常称为transcriptome sequencing，或简称为...
2022.04.11【读书笔记】|单细胞转录组概述
04-11 755
文章目录摘要研究意义转录组学意义技术比较研究方法细胞筛选文库构建测序实验方法实验流程常见问题分析内容（重点）分析内容总览细胞亚群分类细胞类型频率统计Marker基因分析富集分析样本差异分析逆时分析WGCNA细胞通讯分析转录因子分析总结 摘要 本篇笔记为基迪奥单细胞转录组第一节课程笔记，感觉他们家的课程比之前的同行水平要高一些，并且价格公道，整体课程性价比较高，鼓励大家学习，这里记录一下课程重点。 研究意义 转录组学意义 作为DNA到蛋白质的枢纽（中心法则），其高通量分析的实现性和可解读性较强。 技术比较 普
粘附性肾周脂肪的转录组学研究流程
05-30
粘附性肾周脂肪的转录组学研究流程一般包括以下步骤： 1. 样本采集：从患者或动物模型中采集粘附性肾周脂肪组织和正常对照组织。 2. RNA提取：使用RNA提取试剂盒从组织中提取总RNA。 3. RNA质量检测：使用生化分析仪或者电泳系统检测RNA的完整性和纯度。 4. RNA文库制备：使用RNA-seq标准文库制备方法，将RNA转录成cDNA，并构建成测序所需的文库。 5. 转录组测序：使用高通量测序技术对文库进行测序。 6. 数据分析：对测序数据进行质量控制、序列比对、基因表达水平分析、差异基因分析等。 7. 功能注释：对差异表达基因进行富集分析、通路分析和GO注释等。 8. 结果验证：通过实验验证差异表达基因的表达水平和功能。 以上是转录组学研究的一般流程，不同的研究问题和实验设计可能会有所不同。

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