转录组分析_转录组

技术简介

转录组是某个物种或特定细脃类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体的水平研究基因的功能以及基因的结构，

揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等領域。

基于Illumina高通量測序平台的转彔组测序技术，能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测，在分析转录本的结构和表达水平的同时，还能发现未知转录本和稀有转录本，

精确地识别可变剪切位点以及cSNP(编码序列单核苷酸多态性)，提供最全面的转录组信息。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无霈预先针对已知序列设计探针，

即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目的深入研究转录组复杂性的强大工具。

实验流程

RNA片段化处理→反转录合成cDNA→DNA测序接头连接→PCR扩增文库→深度测序→图像识别→RNA序列信息

分析内容

一、原始测试数据

二、测序评估及低质量过滤

1、无参转录组

1.1、Unigene的组装和功能注释

1.2、Unigene的编码蛋白框CDS预测

1.3、SSR/SNP位点寻找

1.4、Unigene表达量差异分析

1.5、GO功能显著性富集、Kegg通路显著性富集

2、有参转录组

2.1、对比到参考基因组

2.1.1、可变剪切分析

2.1.2、基因融合分析

2.1.3、SNP/InDel分析

2.2、基因拼接与注释

2.3、基因差异表达分析

2.3.1、蛋白互作网络

2.4、GO功能显著性富集、Kegg通路显著性富集

送样要求

RNA样本

1、样本总量：建议送样量≥10ug，对于总量≥1ug的样本可以采用风险建库；

2、样本浓度：最低50ng/ul；

3、样本纯度：OD260/280=1.80-2.00，RIN≥7.0；

4、样本保存期间切忌反复冻融，送样时请使用干冰运输。

cDNA样本

1、样本总量：送样量≥2ug；

2、样本浓度：最低10ng/ul；

3、样本纯度：OD260/280=1.80-2.00，RIN≥7.0；

4、样本保存期间切忌反复冻融，送样时请使用干冰运输。

案例分享：Genome Res:转录组测序发现大量低表达丰度的新转录本

研究目的

利用高通量测序技术研究水稻转录本。

材料方法

8个不同的水稻组织，采用单端+双端的测序策略。

研究结果

通过与水稻cDNA数据库比对，发现这些新转录本主要是低丰度转录本。这表明相对于传统方法，转录组测序能发现更多的低丰度基因(如下图所示)。

转录组测序与cDNA测序相比可以发现更多低拷贝转录本

A.新鉴定转录本长度分布B.新转录本与cDNA基因表达水平比较图

参考文献

Zhang GJ,GuoGW, Hu XD, et al. Deep RNA sequencing at single base-pair resolution reveals high complexity of the rice transcriptome. Genome Res, 2010, 20:646-654.