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python学习笔记
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hero82748274
这个作者很懒,什么都没留下…
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python学习笔记:mol2转换列表工具实验
mol2里面有一些日常用到原子信息,这些信息在日常实验过程,会有快速转换列表的需求。下面,我们看看这个怎么转换。首先我们抽出一段截取的文件信息。通过如下代码将每一行进行列表展示。mol2str = '''1 C1 13.8060 37.7840 36.1770 C.2 1 DHY 0.0445 2 C2 13.5920 36.3210 35.7700 C.3 1 DHY 0.0261原创 2021-10-14 18:51:29 · 509 阅读 · 0 评论 -
python学习笔记:批量化查找只包含6个C.ar的苯环结构
在清洗文件过程,单纯查找一个文件是不能满足到大量文件计算需求。清洗和过滤大量的小分子文件显然成了必要的需求。其实python在寻找清洗文件过程并不难,在乎怎么把清洗完的文件用于计算分析才是核心的诉求。下面我们看看在一堆文件里面,批量查询对应目标列表。import reimport osdef walk(path): if not os.path.exists(path): return [] files_paths = [] for parent, di原创 2021-08-14 11:05:32 · 571 阅读 · 0 评论 -
python学习笔记:查找只包含6个C.ar的苯环结构
在mol2文件里面存在C.ar 文件众多,还有一些不带C.ar的文件存在。要找到包含C.ar的文件是一件很容易的事情,但是要找一个只包含只有6个C.ar 组成的苯环结构,这个时候就要用到清洗文件。将一些不包含文件清洗过滤掉。1 含有C.ar文件情况以1a0q_ligand.mol2为例包含6个C.ar 的文件。以1a4m_ligand.mol2为例不包含C.ar 的文件2 查找含有6个C.ar的文件下面采用2种代码来判定返回结构是否只含有6个C.ar文件,其中带上2种写法。第一种写法fi原创 2021-05-28 10:20:20 · 725 阅读 · 1 评论 -
python学习笔记:读取mol2文件
xyz 和mol2的文件在日常使用过程是十分常见。mol2的格式也十分独特,在实验的过程当中,需要对一些数据进行大量清洗方可以达到使用目标。例如单独对碳,氢进行加工使用,例如抽取一个苯环来做探索分子间的作用力的探索等等。这个过程就要一点点对mol2文件进行加工。1.写法众多,思路倾向目的一致我查看了几种关于mol2解析的写法,有一些写法很高级,也有一些符合初级的写法。大概我举例,常见一种思路是采取遍历方式对整个文件进行遍历操作。这里就可以采用for in 或者while 循环去解析出来。还有原创 2020-10-24 11:51:47 · 6530 阅读 · 3 评论 -
python学习笔记:读取xyz文件
在药学的Ai研发过程中,经常要制作清洗文件和处理各种文件格式。利用openBabel这样功能能够大大减轻转换过程的麻烦。然而偶然也需要应对一下场景下处理xyz文件抽取相关的坐标体系去计算小分子之间的作用力。用于制药方面探索发现。我们知道通过Rust写起来会繁琐一些,python在书写方面处理文件相对容易一些。相对2者,Rust性能就摆在那里,这是python无法比拟的。不过在大多数科研领域,python的优势还是很明显不用过于在乎语法门槛。python处理这些文件经常有2个常见任务,一是处理同种的文件提原创 2020-09-09 17:26:47 · 10650 阅读 · 7 评论 -
python学习笔记:测试python和rust的时间
前一段时间看了一篇关于rust加速python的文章,讲述到利用rust的特性去加速python的执行效率。在一些网上,这类的资料比较少。加上rust在生态上还没形成良好的环境,不过它的性能足够强悍可以让人感觉到它的强大之处。实际上,python在很多案例中,包括一些著名的库也会使用C 或C++去优化执行效率。例如numpy就借用C语言去发挥性能极高的计算。在一些日常比较中,常见的包括网上很多就是进行叠加计算,测试python和rust的效率。实际上这种比较意义不大。下面,我们也重复一次实验过程。第一次原创 2020-07-14 22:47:40 · 739 阅读 · 3 评论 -
python学习笔记:pandas练习(2)
这几天遇到一些合并表的需求。需要将多个表进行横向合并。查阅pandas的功能,提供了这个链接的作用。以下是读取多个csv的数据下面看一下实验过程。1、 横向合并首先,我们将表格设置为csv格式,每一个表格只包含2个字段id和price价格2个字段。依次类推,建五个表,每一个表分别是 这样数据。1 202 303 40 4 505 60接下来利用pandas进行横向合并。pandas 提供read_csv数据,这个读取后返回DataFrame 对象。依次读取5个数据。这看起来并不美观,但原创 2020-05-20 21:50:10 · 392 阅读 · 0 评论 -
python学习笔记:pandas练习(1)
抽空练习一下python pandas,梳理一下日常使用和接触到的。首先定义一个报表,简单一点便于进行练习。1 . 读取excel,获取某列值 import pandas as pddf = pd.read_excel('./excel/hh.xlsx')print(df.head(0)) #输出索引项# 输出结果Empty DataFrameColumns: [姓名, ...原创 2020-02-17 21:31:35 · 543 阅读 · 1 评论 -
python学习笔记(2):生成小程序码
在之前处理使用php 和go 语法生成对应的二维码。今天尝试了一下python,发现生成小程序代码极其简练。同时也非常适合做一些小工具。下面贴上几行代码。import requests,jsonbodyinfo = requests.get("https://api.weixin.qq.com/cgi-bin/token?grant_type=client_credential&ap...原创 2019-11-22 09:27:15 · 313 阅读 · 0 评论 -
python学习笔记(1)
最近开始接触python的方面的知识。从目前来讲,python使用了一段时间后,发现这门语言也是很有特色。过去几年接触了接触过ruby,go,java,javascript,typescript,php,as3,rust,c#,vbs,c,c++,object-c,从过去对不同的语言认识后,发现这门语言特别之处。相比ruby,python设计和ruby理念很像,所以这门语言使用起来会很舒服。因为接...原创 2019-10-31 23:53:29 · 167 阅读 · 0 评论