miRNA数据分析专题

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miRNA是一类长度在18到36bp的非编码RNA, 其功能属于转后后修饰调控，主要通过和mRNA的3’UTR区进行结合，结合区域称之为`seed`，当结合区域的序列完全配对时，诱导mRNA降解， 当只有部分序列配对时，抑制mRNA的翻译，从而发挥一个负调控的机制，本文整理了miRNA相关的资料。

首先是miRNA简介和先关的数据库

• microRNA简介

• miRNA命名规范

• mirbase数据库简介

• Rfam数据库简介

• RNAcentral:非编码RNA数据库

miRNA研究的核心内容是定量，差异和靶基因调控。定量包括了已知miRNA定量和预测新的miRNA

• 已知miRNA定量原理揭秘

• RNA二级结构表示法:Dot-Bracket notation

• RNAfold预测RNA的二级结构

• mirdeep2识别novel miRNA

差异分析和mRNA是一样的，这里不再赘述，miRNA靶基因相关的数据库如下

• miRTarBase:实验验证的miRNA靶基因数据库

• mirDIP:最全面的人类miRNA靶基因数据库

• miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库

• TargetScan:哺乳动物miRNA靶基因数据库

• miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库

• TarBase:有实验数据支持的miRNA靶基因数据库

• HMDD:miRNA相关疾病数据库

• TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库

• miRcode:人类miRNA结合图谱数据库

• miRanda和mirSVR:预测miRNA结合位点的工具

通过miRNA与mRNA的调控关系，可以对差异miRNA对应的靶标mRNA进行富集分析

• miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析
  

miRNA的调控机制，使得其参与到很多疾病的发生发展过程中

• mir2disease:miRNA相关疾病数据库

• MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库

• miRCancer:肿瘤相关的miRNA表达谱数据库

单纯的miRNA数据分析，内容较少，更多的是作为一种调控机制，研究其与其他RNA分子的互作，比如ceRNA调控机制的研究，综合mRNA, lncRNA, circRNA和miRNA, 来研究其ceRNA调控网络关系。

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