医学图像目标检测-YOLO篇：MedYOLO: A Medical Image Object Detection Framework

1. 创新与工作主要内容

创新点总结

本文介绍了MedYOLO，这是一款专为医学成像设计的三维目标检测框架。MedYOLO基于YOLOv5模型，采用一次性检测方法，能够对器官、病变等医学图像中的结构进行高效识别。该框架的创新之处在于它能够处理不需要体素级精度的任务，同时减少了对专家标注的依赖，降低了训练成本。MedYOLO还具有与NIfTI成像的原生兼容性，使其在处理CT和MR扫描时更为精准。

摘要部分翻译

摘要 —— 医学影像中器官、病变及其他结构的人工智能增强识别通常使用卷积神经网络（CNN）进行体素精确分割。然而，训练这些CNN所需的标签生成耗时且需要专家关注以确保质量。对于不需要体素级精度的任务，目标检测模型提供了一种可行的替代方案，可以减少注释工作量。尽管有这种潜在应用，但目前针对三维医学成像的通用目标检测框架选择有限。我们报告了MedYOLO，一个使用YOLO系列模型的一次性检测方法设计的三维目标检测框架，适用于医学成像。我们在四种不同的数据集上测试了这个模型：BRaTS、LIDC、腹部器官计算机断层扫描（CT）数据集和ECG门控心脏CT数据集。我们发现，即使没有超参数调整，我们的模型在通常出现的中等和大型结构（如心脏、肝脏和胰腺）上也表现出高性能。然而，模型在非常小或很少出现的结构上存在挑战。

2. 实验数据

实验数据集

• BRaTS 2021 Task 1数据集：使用全肿瘤分割掩模生成边界框，包含1000个训练扫描和251个验证。
• LIDC肺结节数据集：包含689个训练扫描和173个验证，使用两套不同的标签测试模型对非常小的物体和扩散结构的检测。
• 腹部器官分割数据集：包含60个训练扫描和15个验证，用于生成包括多个器官的边界框，并采用额外的预处理步骤生成旋转训练样本。
• ECG门控心脏CT数据集：包含648个训练扫描和163个验证，由Mayo Clinic策划并注释，尝试预测心脏和胸主动脉的边界框。

评价指标

• 使用了修改版的YOLOv5复合损失函数，适应于3D体积，包括边界框损失组件、目标性组件和分类损失。
• 报告了在不同数据集上MedYOLO和nnDetection框架的最佳验证指标，包括在IoU 0.5时的平均精度（mAP）。

效果的提升

• MedYOLO在大尺寸、常见结构上表现出色，通常超过了nnDetection的性能。
• 对于LIDC数据集，MedYOLO在检测非常小的结构上存在挑战，这可能归因于MedYOLO的CNN最终特征图的粗糙限制了模型检测非常小结构的能力。

3. 信息补充

• 代码：MedYOLO的代码可在GitHub上找到，链接为：GitHub - JDSobek/MedYOLO: A 3D bounding box detection model for medical data.28。
• 数据集：BRaTS和LIDC数据可从TCIA获取。为了保护患者隐私，腹部和心脏数据集不共享。
• 文章链接：文章的记录版本发表在《Journal of Imaging Informatics in Medicine》上，DOI链接为：MedYOLO: A Medical Image Object Detection Framework | Journal of Imaging Informatics in Medicine28。

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