SWISS- MODEL建模的详细讲解

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1. 3D Structure model
（1）利用Swiss-model网站在线对目的序列三级结构进行预测，提交后，下载生成的pdb文件。利用PDB数据库（http://www.rcsb.org/ ）下载同源序列的pdb文件。PDB数据库：点击Sequences，在新页面右侧粘贴同源蛋白

的氨基酸序列。根据相似度结果下载得到pdb格式的同源序列结构文件。
（2）Pymol软件打开预测后的目的序列的pdb文件。点击“S”出现序列。设置图中Helix、Sheet、Loop的颜色。选中氨基酸序列中的三个活性位点。得到活性位点的球棍模型

，可调整背景颜色。调整Transparency-cartoon为80%突出活性位点，对活性位点添加标签。点击Draw（fast）后，即可保存图片或将图片复制至word。
2. Structural superimposition with other homologous proteins
用Pymol软件依次打开需要比对的同源序列，依次点击各个序列的活性位点，调整为球棍模型，调整颜色。选择Alignment对同源序列进行比对。调整背景颜色为Grey或Light Grey。调整Transparency-cartoon为80%突出活性位点，对活性位点添加标签。

3.Structure Analysis for Cold Adaptation
根据相关文献搜索到目的基因的中温酶或高温酶，得到氨基酸序列，搜索pdb文件。利用pymol软件打开目的序列与搜索到的其他序列，选择Alignment进行序列比对，得到比对图。查看图中Loop结构，选择目的序列中明显长于中温或高温酶序列的Loop结构的氨基酸，并将其调整为黑色，用箭头加以标记，保存图片。
验证分析：利用PROCHECK
(https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/PROCHECK/)、
VERIFY 3D (https://servicesn.mbi.ucla.edu/Verify3D/)和ERRAT (https://servicesn.mbi.ucla.edu/ ERRAT/) 对模型进行评估，得到结果（1）VERIFY 3D验证晶体结构得分情况（2）RRAT验证晶体结构（3）PROCHECK验证的晶体结构得分情况
例如：（1）

（2）

（3）

4.Salt Bridge
（1）利用文本分别打开目的序列与搜索到的中温酶的pdb文件。复制文件内容。
（2）打开ESBRI (http://bioinformatica.isa.cnr.it/ESBRI/introduction.html)，在Atomic Coordinates处粘贴上一步复制的内容，选择“All Salt Bridge in the structure”，生成盐桥数目等相关信息的网页。数出Distance小于4的Resident，即得出盐桥数量。若分析盐桥数量过多，没有办法数清楚，可以用VMD软件（可在官网下载）进行盐桥分析。软件分析方法优先。
a. 导入序列的pdb文件

（尽量把文件放在桌面上，英文命名，否则软件可能无法识别序列文件），点击Load。
b. 在VMD main的窗口处进行盐桥分析。调整距离为4.0，即可得到盐桥数量。
5.Hydrogen Bonds & Cation-pi interactions & Aromatic interactions & Hydrophobic interactions
（1）利用PIC在线分析网站（http://pic.mbu.iisc.ernet.in/job.html），在线提交目的序列，并进行分析。
（2）点击“View the original hbond output”，将氢键分析结果粘贴至excel文件，根据所选氢键Å值对“Dd-a”值进行筛选，并统计最终剩余氢键个数。
（3）采用相同方法对Cation-pi interactions & Aromatic interactions & Hydrophobic interactions数目进行统计。
（4）将所得数字填入表格。

部分教程：Sequences Alignment
1.在genbank（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ ）上下载所需氨基酸序列，或者直接根据目的基因blastp结果下载所需序列，保存于同一txt文件内（fasta格式

）。
2.利用bioedit软件打开txt文件，进行多重序列比对

。

3.将比对结果保存为fas文件。
4.打开ESPript 3.0 （http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi ）美化多重序列比对。在Alignment Sequences处提交上一步保存的fas格式文件，并在Secondary structure depiction处提交目的序列的pdb文件后，点击左上角submit。

保存新生成的pdf文件，即为美化后的多重序列比对结果。添加相关活性位点（如下图）。

Neighbor-joining phylogenetic tree
1.发育树构建方法和王老师讲的一样。
2.构建发育树后，通过添加文本框，对比对的不同蛋白进行分类。

3D Structure model
1.利用Phyre网站（http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre2/html/page.cgi?id=index ）在线对目的序列三级结构进行预测，提交后，下载生成的pdb文件。利用PDB数据库（http://www.rcsb.org/ ）下载同源序列的pdb文件（有的序列PDB数据库找不到也可在Phyre进行预测）。
PDB数据库：点击Sequences，在新页面右侧粘贴同源蛋白的氨基酸序列。根据相似度结果下载得到pdb格式的同源序列结构文件。

2.Pymol软件打开预测后的目的序列的pdb文件。点击“S”（下图）出现序列。

3.设置图中Helix、Sheet、Loop的颜色，得到下图（右图）。

4.选中氨基酸序列中的三个活性位点。得到活性位点的球棍模型，可调整背景颜色。

5.调整Transparency-cartoon为80%突出活性位点，对活性位点添加标签。

Arg 121
Cys 48
Thr 45
最终得到的3D结构图如下。

Arg 121
Cys 48
Thr 45
6.若α-螺旋

较粗，可以调整Fancy Helices。

7.图片保存。如图，点击Draw（fast）后，即可保存图片或将图片复制至word。（下同。）

Structural superimposition with other homologous proteins
1.用Pymol软件依次打开需要比对的同源序列，依次点击各个序列的活性位点，调整为球棍模型，调整颜色。
2.选择Alignment对同源序列进行比对。此时序列会大部分重合在一起，但是会出现部分序列活性位点不重合的现象。

3.再次选择Alignment插件进行比对，选择cealign将同源序列的活性位点重合（如下图）。

4.调整背景颜色为Grey或Light Grey。调整Transparency-cartoon为80%突出活性位点，对活性位点添加标签，结果如下图。

Thr
Cys
Arg

Electrostatic surface representations
1.溶剂可及表面图：利用Pymol软件打开目的序列的pdb文件，选择APBS Electrostatics，选择范围为±3.5，得到溶剂可及表面图。利用相同方法，对同源序列的可及表面图进行绘制。

2.目的溶剂排除表面图：
（1）利用Pymol软件打开目的序列的pdb文件，选择APBS Electrostatics，得到溶剂排除表面图。

（2）调整图片颜色为gray 90。

（3）在新出现的序列上点击3个活性位点。

（4）在Pymol处输入命令：select near 46, resi 46 around 5（46为活性位点之一）。

（5）出现新的near 46，调整颜色为red。得到目的序列的溶剂排除表面图。

3.同源序列的溶剂排除表面图：
（1）重新用PyMOL软件打开目的序列与同源序列，选择Alignment插件对序列进行比对。分别选择APBS Electrostatics，得到两个序列的溶剂排除表面图。（需要在selection处分别对序列进行处理。）
得到两个处理结果。

（2）将目的序列颜色调整为grey 90，将同源序列颜色调整为其他颜色。

（3）在Pymol处输入命令：select near 46, resi 46 around 5。将新出现的near 46 调整颜色为red。得到同源比对

的溶剂排除表面图。（蓝色部分为同源序列与目的序列的差异部分，红色为活性位点区域。）

Structure Analysis for Cold Adaptation
（1）根据相关文献搜索到目的基因的中温酶或高温酶，得到氨基酸序列，搜索pdb文件（若在PDB数据库搜索不到，可在phyre网站生成pdb文件）。
（2）利用pymol软件打开目的序列与搜索到的其他序列，选择Alignment进行序列比对，得到比对图。
（3）查看图中Loop结构，选择目的序列中明显长于中温或高温酶序列的Loop结构的氨基酸，并将其调整为黑色，用箭头加以标记，保存图片。

Salt Bridge
1.利用文本分别打开目的序列与搜索到的中温酶的pdb文件。复制文件内容。
2.打开ESBRI (http://bioinformatica.isa.cnr.it/ESBRI/introduction.html)，在Atomic Coordinates处粘贴上一步复制的内容，选择“All Salt Bridge in the structure”，生成盐桥数目等相关信息的网页。

3.结果如下图，数出Distance小于4的Resident，即得出盐桥数量。

4.若分析盐桥数量过多，没有办法数清楚，可以用VMD软件（可在官网下载）进行盐桥分析。软件分析方法优先。
（1）导入序列的pdb文件（尽量把文件放在桌面上，英文命名，否则软件可能无法识别序列文件），点击Load。

b. 在VMD main的窗口处如下图依次点击，进行盐桥分析。调整距离为4.0（也可根据实际需要），即可得到盐桥数量。

Hydrogen Bonds & Cation-pi interactions & Aromatic interactions & Hydrophobic interactions
1.利用PIC在线分析网站（http://pic.mbu.iisc.ernet.in/job.html） ，在线提交目的序列，并进行分析。
2.点击“View the original hbond output”，将氢键分析结果粘贴至excel文件，根据所选氢键Å值对“Dd-a”值进行筛选，并统计最终剩余氢键个数。

3.采用相同方法对Cation-pi interactions & Aromatic interactions & Hydrophobic interactions数目进行统计。
4.将所得数字填入表格，最终结果如下。

这是零基础到SCI系列教程中的部分，摘选自《数据驱动建模中心》