CPTAC蛋白数据库的补充（自备）

已于 2024-07-14 20:54:52 修改
阅读量614 收藏 11
点赞数 12
分类专栏： 肿瘤生信分析 文章标签： 数据库
于 2024-07-14 20:53:23 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/hx2024/article/details/140422735
版权

目录

关于CPTAC数据库

资料下载

数据分析

相关网站说明：Proteomic Data Commons (cancer.gov)

关于CPTAC数据库

两个基因相关性CPTAC蛋白组数据_cptac分析蛋白表达相关性-CSDN博客

两个基因相关性细胞系（CCLE）（升级）-CSDN博客

CPTAC数据门户是一个集中的存储库，用于公开传播临床蛋白质组肿瘤分析联盟（CPTAC）联盟收集的蛋白质组学序列数据集。自 2022 年 2 月起，CPTAC 数据门户已停用，所有数据现在都可以通过 PDC 获得。

如果PDC的研究在其他资源中提供了相应的基因组和/或成像数据，您可以在“探索”页面的“临床”选项卡中找到单个病例与外部资源的映射（见下图）。单击“基因组或成像数据资源”列中的缩略图，也可以选择感兴趣的病例并导出临床清单。清单文件将包含每个案例

最低0.47元/天 解锁文章
hx2024
关注
  • 12
    点赞
  • 踩
  • 11
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 3
    评论
专栏目录
CPTAC蛋白数据库在线蛋白分析（癌与癌旁）
hx2024的博客
07-16 1074
可指定肿瘤类型和数据集，针对单个基因，分析其在肿瘤和癌旁组织的丰度差异，磷酸化位点差异等。可用于验证目标基因是否在指定类型肿瘤中存在高表达，磷酸化等。选择自己感兴趣的基因和肿瘤进行在线分析。下面会有每个样本的数据。
筛选数据库_肿瘤蛋白相互作用分析数据库
weixin_32184991的博客
01-13 1321
为了更好的分享，库库不定期推荐优秀的公众号给大家，敬请期待作图丫聚焦生信技能，前沿文章，个性绘图以及生信技能培训。有兴趣的小伙伴快来关注吧！---------分割线----------对于相互作用分析的而言，我们之前介绍过STRING、BioGRID和ConsensusPathDB两个数据库。其中STRING和ConsensusPathDB是一个综合性的查询蛋白相互作用的数据库；BioG...
CPTACBiolinks
04-16
CPTAC生物链接 介绍 CPTACBiolink是一个R软件包，用于以编程方式获取和分析在生成的多组学数据。 目前，该档案库包含针对12种以上肿瘤类型的多重分析（包括基因组学，转录组学，蛋白质组学，磷酸化蛋白质组学等）。 安装 library(devtools) install_github("miccec/CPTACBiolinks") library(CPTACBiolinks) 用法 ## GET DATASETS LIST getDatasetsList() 将产生可用癌症数据集的列表 ## GET DATA LIST OF CANCER CancerType = "Endometrial" getOmicsList(CancerType) 使用功能getOmicsList您可以获得特定癌症数据集的所有可用数据。 ## GET ALL DATASETS OF AN OMICS
CPTAC蛋白质差异分析详细步骤
tqptr_opqww的博客
05-20 6579
CPTAC蛋白质差异分析 文章目录CPTAC蛋白质差异分析@[toc]1. CPTAC数据下载2. 数据补缺校正3. 数据分组4. 蛋白质组差异分析 1. CPTAC数据下载 根据自己的需求选择对应的癌症，然后下载，这里就不展开讲了。以下为下载的数据目录 2. 数据补缺校正 从CPTAC下载的蛋白质数据很多都是有缺失值的，这样不利于我们后期分析，所以需要对这些缺失值进行补缺，然后校正（归一化）。 首先新建空文件夹名为1_数据补缺校正，将下载的第二个文件（肿瘤文件）复制到空文件夹中 然后新建的txt
生物信息学常用数据库
热门推荐
wish_to_top的博客
07-08 1万+
写在前面 说来惭愧，感觉读到研究生，说来说去张口闭口也就是TCGA、GEO、ARRAYEXPRESS、GTEX数据库，感觉还不如一些临床医生自学生物信息学的，平常都没去探索一些新的数据库，这边做个记录.黑色部分代表我查到的简介，而红色部分则表示我的个人看法 GEO数据库 GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，目前已经发表的论文中涉及到的基因表达检测的数据可以通过这个数据
Mol Cell Proteomics. |阳梦如|富马酸二甲酯在神经元和星形胶质细胞中新蛋白质靶点的鉴定及相关功能验证...
weixin_30335575的博客
03-25 199
大家好，本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics.上的一篇关于富马酸二甲酯在脑细胞蛋白质中新作用靶点的鉴定及功能性验证的文章，题目是Identification of Novel Protein Targets of Dimethyl Fumarate Modification in Neurons and Astrocytes Revea...
TCGA各种肿瘤数据的20多种不同玩法/挖掘方法
AIPuFu的博客
09-21 1万+
肿瘤基因组图谱 (The Cancer Genome Atlas，TCGA) 计划是由美国国家癌症研究院（National Cancer Institute，NCI）和美国国家人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute，NHGRI）于2006年联合启动的项目，目前共计研究33种癌症类型。 TCGA利用大规模测序为主的基因组分析技术，从基因组...
CPTAC蛋白数据+TCGA转录数据在线分析（全）
hx2024的博客
07-17 1032
两个基因相关性CPTAC蛋白组数据_cptac基因相关性-CSDN博客。
linux下学生选课系统（数据库自备）.zip_C语言_linux_图形界面_数据库
09-24
在本项目中，我们关注的是一个在Linux操作系统环境下运行的学生选课系统，它采用C语言编写，具有图形用户界面，并且与数据库交互。这个系统旨在为用户提供登录和选课的功能，能够连接到预设的数据库并保存选课数据。...
数据库复习1
08-03
例如，事务故障通常需要撤销未完成的事务，系统故障可能需要前滚未提交事务和后滚已提交事务，而介质故障则需要从备份恢复，并重做自备份以来所有已提交的更新。 总结来说，数据库设计、操作、管理和恢复是确保数据...
Oracle 数据库应用：第16章 恢复Oracle数据库.ppt
05-17
其次，使用归档日志文件和联机重做日志文件向前滚动（Roll Forward），执行自备份以来的已提交事务；最后，通过回滚（Roll Back）尚未提交的事务，将数据库恢复到故障时刻。 在归档模式下，数据库的完全恢复涉及到...
怎么恢复mysql数据库/数据库丢失怎么处理
11-04
它记录了所有更改数据库的事务，可以用来回放自备份以来的改动。使用`mysqlbinlog`工具和`mysql`命令，结合`--stop-datetime`或`--stop-position`参数，可以选择性地应用日志中的事务。 3. **InnoDB表空间恢复**：...
数据库服务程序自动关闭的解决方案.pdf
05-23
如果数据库文件损坏，可能需要进行修复操作，或者在极端情况下，恢复自备份。 对于其他软件，如U8，解决方案可能与票据通类似，即创建程序快捷方式并将其添加到白名单，确保安全软件不会阻止其运行。同时，确保所有...
JDBC详细使用
最新发布
m0_73627305的博客
08-09 479
​ JDBC是一种标准,一种规则,主要作用是使用java语言操作数据库的​ JDBC这个标准中有很多的接口,接口中有很多方法。
SpringBoot依赖之Quartz Scheduler定时调度器使用MySQL存储Job
ahauedu的专栏
08-07 628
接上一篇。本篇将在 Spring Boot 项目中，使用 Quartz Scheduler 结合 MySQL 数据库来存储 Job。
seatunnel2.3.3在centos7上安装
鑫哥
08-09 823
安装前需要准备点环境，因为seatunnel是基于java开发的，因此需要先安装java，我这里使用的java1.8，可以网上搜索下java安装教程，记得配置JAVA_HOME环境变量。在安装的过程中需要用到mysql命令，因此也需要安装下MySQL环境，这里也不具体讲解了，在网上搜索安装就行。接下来就是正式安装seatunnel了，
04、MySQL-DCL（数据控制语言）
nibabaoo的博客
08-06 334
例：创建用户zhangsan 只能够在当前主机localhost访问 密码123456。例：创建用户xiaoming 可以在任意主机访问该数据库 密码123456。例：修改用户zhangsan的密码为654321。例：删除用户xiaoming。
Linux安全与高级应用（四）深入探索MySQL数据库：安装、管理与安全实践
洛秋的博客
08-07 1440
Linux：作为操作系统，提供稳定的运行环境。Apache：作为Web服务器，处理HTTP请求。MySQL：作为数据库管理系统，存储和管理数据。：作为脚本语言，生成动态网页。LAMP平台的优势在于其成本低廉、可定制性强、易于开发、方便易用且安全稳定。这使得LAMP成为许多企业和开发者的首选平台。通过以上步骤，我们完成了LAMP平台的部署及其主要组件的配置和测试。LAMP平台的搭建不仅为Web开发提供了一个强大的环境，同时也展现了其在成本和效率上的优势。
Oracle数据库备份与恢复详解
在实际操作中，物理备份通常作为主要手段，因为其能提供最全面的数据保护，而逻辑备份则作为补充，用于特定对象的恢复或便于在不同环境间迁移数据。 Oracle数据库的备份与恢复策略是确保数据安全和业务连续性的基石...
评论 3
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值