胃癌复现学习GSE163558（数据下载整理自备）

于 2024-08-12 21:39:39 发布
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版权
①linux数据下载和解压

下载压缩tar数据linux下tar命令的压缩和解压详细使用方法_linux tar解压缩-CSDN博客

Download data for GSE163558 - GEO - NCBI (nih.gov)

#修改GSE编号即可下载所需的GEO数据
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE163558

#创建文件夹：下载到这个文件夹
mkdir GSE163558_RAW

#进行数据下载
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE163nnn/GSE163558/suppl/GSE163558_RAW.tar

#进行数据解压
tar -xvf GSE163558_RAW.tar

②数据读取

胃癌单细胞数据集GSE163558复现（一）：数据下载、整理与读取 (qq.com)

感性逻辑
关注
GEO数据下载及整理
zhengxj_的博客
11-29 2318
啊
R语言 批量下载GSE文件（Array 芯片）
momentmobile的专栏
09-02 875
GSE_Download_Url.R GSE下载地址转换 根据GSE文件名，生成GSE下载地址，可以使用迅雷进行批量下载；
GSE19188-差异基因分析后的数据
最新发布
09-21
GSE19188-差异基因分析后的数据
NCBI数据库GSE7828数据文件
02-26
Microarray data (including raw and processed data) have been deposited in National Center for Biotechnology Information’s (NCBI’s) Gene Expression Omnibus (NCBIGEO GSE7828).
十几个GSE数据要下载
weixin_46587777的博客
05-22 996
十几个GSE数据要下载 问题 为了筹备GEO更高级的课程，老板丢过来十几个带坑的GSE数据让我分析。第一步当然是下载数据，众所周知GEO慢得要死，不想等，所以就想有个循环，运行上让他慢慢下载，我可以一边玩去。 任务丢过来长这样： E-MEXP-1422（找不到探针id）/ GSE474/ E-MTAB-3017（找不到探针id）/ GSE58979-NASH（从临床信息中找不到有用的分组信息/ GSE1462/ GSE59045/ GSE18732（探针id转换
R语言 | GEO数据库下载GSE基因芯片 以及表达矩阵和临床信息的提取
tianyuu1的博客
11-30 1万+
如果只有一个就还好，如果有两个就说明数据是存在于两个平台的，不要遗漏了。最后将数据框输出为csv文件，这个时候如果直接用write.table()函数的话，会造成列名左移的情况，解决办法参见我之前的文章。只能提取该GSE中一个GPL，不注意这点就会遗漏掉另一个GPL的数据。如果你的GSE只有一个GPL，那么从gset中就仅含有一列数据，也就是说。的意思是，从gset这个对象中提取第一列数据。你的GSE只有两个GPL，那么从gset中就有两列数据，运行后，会得到一个叫做“gset”的“对象”。
根据GEO的GSE数据集编号自动下载和处理GEO数据教程
qq_40073899的博客
07-10 1925
NCBI GEO数据库（Gene Expression Omnibus）是一个全球最大的生物医学领域的公共数据库平台，用于存储基因组学数据，包括基因表达数据、染色质状态和基因组变异等。研究人员可以在该平台上查找、下载和分析各种基因表达数据集，以便进行生物信息学和生物医学研究。NCBI GEO数据库提供了丰富的数据资源和分析工具，是生命科学领域的重要研究工具之一。大量生物医学领域发表的论文使用的公共数据集也一般是来自GEO数据库的数据集。
单细胞天地复现-胃癌器官特异性转移的转录异质性（自备）
hx2024的博客
08-02 523
方法使用单细胞 RNA 测序评估了来自 6 名患者的 10 份新鲜人体组织样本，包括原发性肿瘤和邻近的非肿瘤样本以及来自不同器官或组织（肝脏、腹膜、卵巢、淋巴结）的 6 个转移灶。使用组织学测定和大量转录组数据集进行验证实验。结果发现与侵袭特征、腹膜内转移倾向、上皮-间充质转化诱导的肿瘤干细胞表型或休眠样特征相关的恶性上皮亚簇。在包含 407 个样本的 GC 队列中，前三个亚簇相关基因的高表达比低表达基因的总生存率更差。免疫细胞和基质细胞表现出细胞异质性，并创造了促肿瘤和免疫抑制微环境。
GSE56094相关数据series
08-26
根据提供的信息，我们可以了解到这是一组与GSE56094相关的数据系列，主要包含了一系列GSM（Gene Sample Matrix）标识符以及部分数值数据。这些数据存储在NCBI（美国国家生物技术信息中心）数据库中，其目的是供研究...
GEO数据下载方法
weixin_56845253的博客
02-19 1万+
GEO数据下载方法
GEO数据下载：网页下载和使用GEOquery包
wuyameng的博客
04-03 2万+
GEO数据下载：网页下载和使用GEOquery包 GEO数据库里的数据是免费的，可以直接在线下载。但是，在下载数据之前你要了解GEO数据库的4个概念和4个数据存放类型： GSE数据编号(Series) GPL数据编号(GEO platforms) GSM数据编号(Samples) GDS数据编号(Datasets) 一篇文章可以有一个或者多个GSE(Series)数据集，一个GSE里面可以有一个或...
数据预处理——以GSE3494为例
hellobear2012的专栏
04-06 2万+
1、数据读取 1）读取excel文件——GEO中Series Matrix File(s)是预处理过的基因表达矩阵，用excel打开删掉注释信息，获得行为探针，列为样本的基因表达矩阵。 read.table(),read.csv(),read.delim()直接读取EXCEl文件时，都会遇到一下问题：“在读取‘.xls’的TableHeader时遇到不完全的最后一行”。 解决的方法有
GEO数据库数据下载方法总结
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#GEO数据下载 GEO是生信分析经常用到的数据库。经常需要从中获取表达矩阵，平台信息，meta信息等，本博文总结了几种下载GEO数据的方法，各有优劣，实际应用过程中自行选择适合自己的。 ##方法一：直接从浏览器中下载 以数据集GSE1001为例， 可以直接点击“Series Matrix Files”获取该样本txt格式的表达谱数据，一般我们认为这种处理过的表达谱数据是没有问题的，当然，具体情况具体分析。 打开下载的文件可以看到许多“#”开头的行，这些是注释信息，一般关注这些注释信息中的“data pr
芯片数据分析步骤1 芯片数据下载-GEO
Cirno's Bioinformatic Career
05-06 1万+
从GEO数据库下载数据的方法 1、在GEO DATASETS中输入关键词，选择符合的GSE，在ftp中进行手动下载 2、找到符合的GSE，在R中使用GEOquery包进行下载 GEO数据库的数据种类 1、Platforms 平台 包含有芯片的探针信息，如cDNAs，寡核苷酸，ORFs，抗体。 以GPLxxx编号。 一个platform可以包含不同人上传的不同sample。 不同...
GEO数据库中单细胞测序数据下载
XIUXIU179的博客
10-30 2万+
首先GEO数据库是收集基因表达的数据库 一般高通量测序文章发表时会将原始数据上传至GEO数据库并在文章中提供GSE 号，如果想对某些文章的数据进行在分析，可以在GEO数据库搜索文章中的GSE号。 用户提供的原始数据有3种：Platform,Sample和Series。GEO数据库整理后的数据分为：数据集（datasets）和表达谱（profiles）。GEO数据库具体存放四类数据：GDS、GSE、GSM、和GPL。GDS号（GDSxxx）对应的一个同一平台的数据...
2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现 五 ：RobustRankAggreg(RRA)整合四个GSE数据集的差异基因，筛选共同差异基因
bioprogrammer
08-18 2万+
文章目录论文地址四个GSE数据集差异表达基因（按logFC值排序）并为一个list，正序倒序各一个list所有差异基因在四个GSE数据集中logFC矩阵筛选共同上调基因筛选共同下调基因合并共同上下调基因logFC.tiff 论文地址 四个GSE数据集差异表达基因（按logFC值排序）并为一个list，正序倒序各一个list setwd("./2.RobustRankAggreg_analysis"...
GEO数据下载及处理详细过程
weixin_30416871的博客
03-15 3万+
GEO2R 如果出现提示，请指定GEO系列加入和平台。 单击“定义组”并输入您计划比较的样品组的名称，例如测试和控制。 将样本分配给每个组。 突出显示Sample行，然后单击组名称以将这些Samples分配给该组。 使用样本元数据（标题，源和特征）列可帮助确定哪些样本属于哪个组。 单击“前250”以使用默认设置执行计算。 结...
GEOquery下载GSE数据代码
09-13
### 回答1： 下载GSE数据的代码示例： ```R # 安装和加载GEOquery包 install.packages("GEOquery") library(GEOquery) # 下载 GSE 数据 gse <- getGEO("GSEXXXXX") # 将 XXXXX 替换成GSE号 # 获取表达矩阵 exprs <- exprs(gse[[1]]) # 获取样品信息 pData <- pData(gse[[1]]) ``` 其中，getGEO() 函数用于下载 GSE 数据，exprs() 函数用于获取表达矩阵，pData() 函数用于获取样品信息。 ### 回答2： GEOquery是一个用于在R语言环境中下载和分析GEO数据库的工具包。要使用GEOquery下载GSE数据，您需要按照以下步骤操作： 1. 首先，确保您已经安装了R和GEOquery包。可以使用以下代码在R中安装GEOquery包： install.packages("GEOquery") 2. 在加载GEOquery包之前，您需要先加载它所依赖的包。可以使用以下代码加载所需的包： library(Biobase) library(GEOquery) 3. 要下载特定的GSE数据集，您需要先获取该数据集的GEO accession号。可以在GEO数据库的网站上搜索您感兴趣的数据集，并找到对应的GSE号。 4. 使用以下代码将GSE数据集下载到R中： gse <- getGEO("GSE号") data <- exprs(gse[[1]]) 在上述代码中，将"GSE号"替换为您要下载的GSE数据集的实际GEO accession号。getGEO函数将按照指定的GSE号下载数据集，并将其存储在gse对象中。然后，使用exprs函数从gse对象中提取表达式矩阵数据，并将其存储在data对象中。 5. 下载完成后，您可以使用R中的其他函数和工具对下载的数据进行进一步的处理和分析。根据您的需求，可以使用不同的统计分析方法、可视化工具等来分析和解释数据。 以上是使用GEOquery包下载GSE数据的基本过程。根据具体的研究问题和需求，您可能需要进一步了解和运用其他GEOquery的功能和函数来完善数据分析过程。 ### 回答3： GEOquery是一个用于从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载和分析基因表达数据的R软件包。以下是用于下载GSE数据的代码示例： 首先，确保已经安装了GEOquery包。在R控制台中运行以下命令进行安装： install.packages("GEOquery") 接下来，加载GEOquery包： library(GEOquery) 然后，使用getGEO函数进行GSE数据的下载。例如，假设我们要下载GSE数据集GSE12345，可运行以下代码： gse <- getGEO("GSE12345") 这将下载GSE12345数据集，并将其存储在名为gse的对象中。你可以将gse替换为你感兴趣的其他GSE号。 如果你只想获取数据表达矩阵，可以使用exprs函数从gse对象中提取数据矩阵： expression_matrix <- exprs(gse[[1]]) 以上代码将把GSE数据集的表达矩阵存储在expression_matrix变量中。 此外，你也可以使用pData函数提取与样本相关的数据，例如样本的性别、年龄等信息： sample_metadata <- pData(gse[[1]]) 最后，你可以根据需要对下载的GSE数据进行进一步的分析和处理。 这就是使用GEOquery包下载GSE数据的基本代码示例。希望能对你有所帮助！
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