Linux Bioconda环境配置及生信软件安装

最新推荐文章于 2024-12-02 01:17:27 发布
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一、下载VMware Workstation和Ubuntu桌面版镜像

参考 《VMware下安装Ubuntu系统图文详细教程》。

1. 设置服务器

Ubuntu桌面版虚拟机环境配置好之后，设置一个最佳服务器，便于在Terminal下进行联网操作。选择settings。
在这里插入图片描述
“Downloadable from the Internet”下方的选项全√，然后点击"Download from"。
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在弹出列表中选择Other…
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选择“Select Best Server”。
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系统会自动选择最佳服务器，点击“Choose Server”即可。
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输入密码验证。
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点击“Close”，这里不能点击“Revert”，否则会恢复到原来的设置。
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点击"Reload"。
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2. 下载open-vm-tools和open-vm-tools-desktop

open-vm-tools，这个装上之后虚机就有了显示驱动，屏幕可以自适应大小。
open-vm-tools-desktop，作用主要是主机和虚拟机之间的复制粘贴。
原文链接：《VMWARE Ubuntu安装open-vm-tools》

3. 主机与虚拟机之间进行文件共享

搭建主机与虚拟机之间的共享文件夹，以便主机的文件和虚拟机的文件之间可以进行共享。

参考《VMware虚拟机Ubuntu共享文件夹》和《解决问题：fusermount: user has no write access to mountpoint /mnt/hgfs与问题：无法定位软件包open-vm-dkms》。

这需要在上一步中安装open-vm-tools。在主机上新建一个文件夹share。
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在VMware Workstation中点击“编辑虚拟机设置”，然后点击“选项”->“共享文件夹”，选择“添加(A)…”
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根据向导添加共享文件夹即可。
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启动虚机机，尝试使用命令：cd /mnt/hgfs 进入hgfs文件夹，若无法找到hgfs文件夹或hgfs下无共享文件夹，则需要手动进行挂载。命令行如下：

castely@ubuntu-virtual-machine:~$ sudo mkdir /mnt/hgfs
[sudo] password for castely: 

castely@ubuntu-virtual-machine:~$ sudo umount /mnt/hgfs # 若挂载过，先取消挂载
umount: /mnt/hgfs: not mounted.

castely@ubuntu-virtual-machine:~$ sudo vmhgfs-fuse .host/:share /mnt/hgfs # 进行挂载，share是上面查找的共享文件夹

为保证每次重启之后虚拟机系统都可以自动挂载共享文件夹，用sudo vi /etc/fstab命令编辑文件内容。键盘按下i键，进入insert模式，移动到最后一行，添加以下内容：

.host:/share /mnt/hgfs fuse.vmhgfs-fuse allow_other 0 0。

按下键盘Esc键，再按下Shift+Z+Z进行保存，然后重启虚拟机。
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主机share文件夹中的新建一个测试文件.txt。
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可以看到虚拟机共享文件夹/mnt/hgfs中出现测试文件.txt，说明搭建共享文件夹成功。
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创建一个软连接到/home/目录中，这样避免每次进mnt/hgfs中找共享文件，直接在/home/目录下查看即可。

castely@ubuntu-virtual-machine:~$ ln -s ~/mnt/hgfs ~/share

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二、配置Bioconda环境

bioconda是一个管理生物信息软件的工具软件，它基于anaconda可以进行生物软件的搜索、下载、安装、升级、删除等操作，可以将 bioconda 当成生物信息软件的AppStore。
bioconda的使用首先需要安装miniconda，在安装好miniconda之后，添加相应的生物信息软件相关的channel之后，就是bioconda了。换言之，bioconda就是一种生物定制版本的conda。bioconda是目前已知最好的生物软件管理工具之一，目前已经支持超过 7000 多款生物软件的安装。
原文链接：《利用 bioconda 管理生物信息软件》

打开终端Terminal，输入以下命令安装Miniconda。

curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  # 下载miniconda安装包（官网即可获得对应系统的installer）
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  # 运行安装脚本进行安装
source ~/.bashrc  # 刷新配置
conda  # 输入conda命令，弹出帮助信息，则说明安装成功

三、(※)修改Conda镜像，解决Conda安装生信软件时联网失败的问题

具体教程：解决 CondaHTTPError 问题（必定有效版）

打开清华大学开元软件镜像站：https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/，复制网站上的代码。
在这里插入图片描述
在Files中找到.condarc文件打开，粘贴代码到文件中并加最后一行加上：

ssl_verify: false

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四、下载安装各类生信软件

以安装Bowtie2为例。

创建Bowtie2独立虚拟环境

为不同生信软件创建不同的独立虚拟环境的原因：
在conda中安装各种生信软件时，conda会改变原来设置好的环境，导致之前安装的软件无法使用
假如A软件依赖Python 2.7，B软件依赖Python 3.8,不同软件的依赖安装在同一个环境下会互相冲突
方便项目管理
原文链接：《利用 bioconda 管理生物信息软件》

conda create -n bowtie2  # 创建名为bowtie2的conda环境，-n 表示指定环境名称
conda activate bowtie2  # 启动rnaseq环境
conda deactivate  # 退出bowtie2环境

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在Bowtie2虚拟环境中安装Bowtie2

激活bowtie2虚拟环境：conda activate bowtie2

访问https://anaconda.org/，输入bowtie2，按下回车搜索。
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获取bowtie2安装命令行。

conda install -c bioconda bowtie2
conda install -c “bioconda/label/broken” bowtie2
conda install -c “bioconda/label/cf201901” bowtie2

在终端输入命令安装：
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安装完成后，输入bowtie2 -h，观察是否返回帮助信息，如有返回，则说明安装成功。
在这里插入图片描述

Bioconda环境简化运行

即编写一个shell脚本a.sh，方便在不同环境下也可以使用其他虚拟环境的软件.
《一文掌握Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移》
打开Text Editor，复制以下代码：

#!/bin/bash

# -c: 表示实际需要运行的命令
# -e: 表示需要启动的软件环境，也就是上面conda create建立的环境
# -b：一般不需要指定，如果conda没在环境变量中需要给出conda的安装路径
# e.g.: conda_env_run.sh -c  'bowtie2 tes --version' -e bowtie2

# e.g.: conda_env_run.sh -c  'fastqc -h' -e fastqc -b "~/miniconda3/bin"
 
#set -x
 
usage()
{
cat <<EOF
${txtcyn}
 
***CREATED BY Chen Tong (chentong_biology@163.com)***
 
Usage:
 
$0 options${txtrst}
 
${bldblu}Function${txtrst}:
 
This is designed to run conda program in given environment.
It will automatically activate the environment, run the program and
deactivate the environment.
 
Thress commands from conda, 'activate', 'conda', 'deactivate' must
be in PATH or you should spcify <-b> parameter.
 
${txtbld}OPTIONS${txtrst}:
    -c    Full command to be run ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
    -e    Environment name${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
    -b    Conda path${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
EOF
}
 
command_cmd=''
environment=''
conda_path=''
 
while getopts "hc:e:b:" OPTION
do
    case $OPTION in
        h)
            echo "Help mesage"
            usage
            exit 1
            ;;
        c)
            command_cmd=$OPTARG
            ;;
        e)
            environment=$OPTARG
            ;;
        b)
            conda_path=$OPTARG
            ;;
        ?)
            usage
            echo "Unknown parameters"
            exit 1
            ;;
    esac
done
 
if [ -z ${environment} ]; then
    echo 1>&2 "Please give command and environment."
    usage
    exit 1
fi
 
if ! [ -z ${conda_path} ]; then
    export PATH=${conda_path}:${PATH}
fi

source activate ${environment}
${command_cmd}
source deactivate ${environment}

保存在指定文件夹下，命名为a.sh，再点击“Save”。在这里插入图片描述

测试是否能够使用，打开终端，进入保存a.sh的文件夹，输入./a.sh -c "bowtie2 -h" -e bowtie2，这条命令中 -c 后面的双引号是运行软件的命令，-e 后是软件所在的虚拟环境。
如果出现 bash: /a.sh: Permission denied，则需要修改权限，输入命令行chmod 777 a.sh即可成功运行。
还有可能出现的错误参见脚本中无法激活conda环境的解决办法，参考《脚本中无法激活conda环境的解决办法》。
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SHOTJEE
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