Ubuntu18.04 神经影像数据处理_相关软件包安装

最新推荐文章于 2023-09-12 12:44:08 发布
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分类专栏： Ubuntu 文章标签： Ubuntu 神经影像 软件安装
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本文链接：https://blog.csdn.net/iris_bysshqx17/article/details/100023793
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一开始我装了最新的Anaconda3版本，后来出现了一些问题，比如conda upgrade --all报错，还有装fsl-complete时候也出错了，各种错误累加导致我把这个版本的Anaconda3卸掉了，然后重新装了Anaconda3-3.5.2这个版本
下面的内容是默认已经安装了Anaconda3，也有了附带的Python 3.6.5
然后开始安装一系列其它软件包：

添加镜像源

添加镜像源的原因是因为很多软件包的源（说人话就是下载地址）是在国外的，不是下载不了，就是下载速度很慢。所以一些国内的机构，比如清华、中科院和浙大就建立了一些国内的镜像源，可以更快速地下载一些软件包。
下面是方法：
步骤1：打开终端，输入：

sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak  #备份
sudo gedit /etc/apt/sources.list  #打开下载源文件

步骤2：把以下镜像都复制黏贴到这个文件的最后：

deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ xenial main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ xenial-updates main restricted universe multiverse
deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ xenial-updates main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ xenial-backports main restricted universe multiverse
deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ xenial-backports main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ xenial-security main restricted universe multiverse
deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ xenial-security main restricted universe multiverse

步骤3：保存并关闭文件，然后终端输入：

sudo apt-get update #更新源

搜狗拼音

看这里：
解决Ubuntu 18.04中文输入法的问题，安装搜狗拼音

Conda

这里是对conda的源的查看、添加、删除操作，是为了在用conda install XX等命令的时候从添加的优先级更高的源下载软件包。

conda --version  #查看现在的conda版本
##conda 4.5.4
conda config --get channels  #查看conda的源
conda config --add channels  #添加conda的源
conda config --remove channels '源的地址http开头那些'  #删除某个源

pip & PyHamcrest

这个部分的意义我现在还不是很明白+_+，但是做了这一步也不会有任何问题。
首先要进入root（否则会出现权限不够问题）：Ctrl+Alt+T打开终端；输入sudo su ，输入root用户的密码
安装pip，升级pip以及安装PyHamcrest：

apt install python-pip  #安装pip
pip install --upgrade pip  #升级pip
pip install PyHamcrest  #安装PyHamcrest,同样要在root权限下

退出root：Ctrl+D
这里会有一个问题，那就是升级的是Ubuntu18.04自带的python2.7中的pip。在root中输入：pip --version，就会出现：

pip 19.2.2 from /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pip (python 2.7)

但是退出root后再次输入：pip --version，就会出现：

pip 10.0.1 from /home/username/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pip (python 3.7)
# anaconda3中的pip还是10.0.1的旧版本

Neurodebian & Nipype

看这里：
处理核磁数据(一)——Anaconda、NeuroDebian、Nipype的安装

FSL

还是去官网吧，以及安装指导页面
可能遇到的问题：ubuntu缺少libpng12.so.0问题
看这里：
nipype处理核磁数据(二)——FSL、FreeSurfer的安装

Freesurfer

我装了FSL还没装Freesurfer
FreeSurfer System Requirements（FreeSurfer安装的系统需求）
Summary of Requirements:
Operating System: Linux, macOS
Processor Speed: 2GHz at least
RAM: 8GB recommended
Graphics card: 3D graphics card with its own graphics memory & accelerated OpenGL drivers
Size of installation package: 10GB
Typical size of a processed subject: 300MB
Other requirements: Matlab (only needed to run FS-FAST, the fMRI analysis stream)
今天装了freesurfer，安装指导可以看这个：FreeSurfer Download and Install
用下面这个示例来测试一下有没有安装成功：
为了避免由于没有一般用户没有权限而在执行的过程中出现错误，比如failed to write，把freesurfer文件夹的权限设成777就好了，也就是终端输入：sudo chmod -R 777 /usr/local/freesurfer

cd $FREESURFER_HOME/subjects
 mri_convert sample-001.mgz sample-001.nii.gz

如果成功了就会显示：

mri_convert.bin sample-001.mgz sample-001.nii.gz 
$Id: mri_convert.c,v 1.226 2016/02/26 16:15:24 mreuter Exp $
reading from sample-001.mgz...
TR=7.25, TE=3.22, TI=600.00, flip angle=7.00
i_ras = (-0, -1, -0)
j_ras = (-0, 0, -1)
k_ras = (-1, 0, 0)
writing to sample-001.nii.gz...

百度网盘客户端

步骤1：到官网下载linux（deb）版本的安装包到“下载”文件夹
步骤2：到“下载”文件夹下右键打开终端
步骤3：输入sudo dpkg -i baidunetdisk_linux_2.0.2.deb即可完成安装

Matlab

看这里：
Ubuntu18.04安装破解版Matlab_2016b（完美安装）
注意1：解压Matlab 2016b Linux64 Crack.rar的时候选择解压到同名的文件夹下，这样使用这个教程中的语句才不会出错，要小心文件的路径，username还有Downloads的部分都要按照自己电脑上的来，不要直接无脑粘贴。
注意2：在这个教程中加载到82%提示加入cd2的时候，重新开一个终端，然后再输入：

sudo mount -t auto -o loop Matlab_2016b/R2016b_glnxa64_dvd2.iso matlab/

安装好后需要这样打开安装好的matlab：

sudo /usr/local/MATLAB/R2016b/bin/matlab

在~/.bashrc文件中加上下面的话：

#MATLAB
export PATH=/usr/local/MATLAB/R2016b/bin:$PATH
export MATLABCMD=/usr/local/MATLAB/R2016b/bin/glnxa64/MATLAB

这样就可以直接终端输入matlab打开matlab了
还可以创建快捷方式
终端输入：

sudo gedit /usr/share/applications/MatlabR2016b.desktop

打开了一个空白的文件，在里面复制下面的内容：

[Desktop Entry]
Name=MatlabR2016b
Comment=MatlabR2016b
Exec=/usr/local/MATLAB/R2016b/bin/matlab
Icon=/usr/local/MATLAB/R2016b/bin/glnxa64/cef_resources/matlab_icon.png
Terminal=true
Type=Application
Categories=Application;

保存并关闭，然后点击Ubuntu桌面左下角“显示应用程序”里面就可以找到Matlab了。
因为使用sudo来安装matlab（这是为了安装在/usr/local/中所必须的），所以使用matlab时总会遇到一些权限的问题，所以我用了chown命令把文件的归属给现在的用户，也就是我自己。终端输入：

sudo chown username -R ~/.matlab/
#把username更换为你的用户名，-R后面的部分都不要改

或者输入：

sudo chown -R 777 /usr/local/MATLAB

然后你就可以直接终端输入matlab来使用了。

参考：Ubuntu 每次启动MATLAB都需要使用sudo的解决办法

SPM & REST

先去官网下载spm的对应版本。
然后看这里：
走进脑计划（四）：linux下安装SPM、DPABI
把SPM加入到系统路径（~/.bashrc)：

#SPM12
export SPM_PATH=/usr/local/MATLAB/R2016b/toolbox/spm12/

REST的安装是类似的：
步骤1：到官网下载REST，解压到toolbox文件夹下

cd Downloads
sudo unzip REST_V1.8_130615.zip -d /usr/local/MATLAB/R2016b/toolbox

步骤2：配置环境
终端输入：

sudo gedit /etc/bash.bashrc

在打开的文件中最末尾加入，然后保存文件并关闭：

#REST_V1.8_130615
export REST_PATH=/usr/local/MATLAB/R2016b/toolbox/REST_V1.8_130615

步骤3：设置路径
终端输入：

sudo /usr/local/MATLAB/R2016b/bin/matlab  #用sudo打开matlab

在设置路径中加入toolbox中的REST_V1.8_130615文件夹

ANTs

看这里（这篇文章要会员）：
nipype处理核磁数据(三)——MATLAB、SPM、ANTs、AFNI的安装
然后尝试了这个网站（Nipype初学者指南）中推荐的第一种方法，没有成功（我觉得这个方法应该是可以用的，但是不知道我哪里搞错，那个添加path的步骤里面是有一个bin的，但是软件的压缩包里面没有，如果直接把压缩包解压到antsbin文件夹下就会缺少这个文件夹？。？），下面时流程，可以参考一下：
ps. 我之前也阐释了推荐的第二种方法，自己编译，但是可能是电脑破，编译地非常慢而且硬盘超级烫，有点怕怕的，所以没有继续下去。看了一下编译了一般的文件夹有550+MB的大小+_+
下面是啰嗦的 我尝试的步骤：
步骤1：到ANTs_github上下载最新的安装包。我下载的是这个：
版本选择
步骤2：打开一个终端，输入：

sudo mkdir /usr/local/antsbin  #创建antsbin文件夹
sudo tar -jxvf /home/lq/下载/Linux_Ubuntu14.04.tar.bz2 -C /usr/local/antsbin
#把下载的ants的包解压到这个文件夹下

另外一种方法：
到这个下载地址下载ants 2.2.0-1ubuntu1 (amd64 binary) in ubuntu disco
下载的文件sudo gedit ~/.bashrc #打开.bashrc文件在这个文件最后面添加：

#ANTs
export PATH=/usr/local/antsbin/bin:$PATH
export ANTSPATH=/usr/local/antsbin/bin/

AFNI

网上好多文章讲如何在Ubuntu上安装AFNI，但是还是AFNI的官方网站文档中的写法最清楚，最简单，只要你看得懂简单的英文，就去这里看吧：
AFNI官网文档_Ubuntu18.04上安装AFNI
其它版本的AFNI安装也可以在这个网站上找到。

AFNI中文教程，不足之处是支持的是05年的AFNI版本，现在9102年都快结束了sign～
另外附上一篇讨论SPM和AFNI差异的文献：SPM与AFNI在功能磁共振成像数据处理中的应用与比较

Tensorflow

看这里：
Ubuntu18.04环境下成功安装Anaconda3及Tensorflow(CPU)

ERROR及其解决方案

sudo apt-get update过程中有时会出现一个问题：
由于没有公钥，无法验证下列签名： NO_PUBKEY A5D32F012649A5A9
解决方法：

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys A5D32F012649A5A9
#用提示缺少的公钥替换这个命令最后的部分

Ubuntu和windows的时间相差8小时的问题：
先在Ubuntu中更新时间：

sudo apt-get install ntpdate
sudo ntpdate time.windows.com

然后将时间更新到硬件上：

sudo hwclock --localtime --systohc

参考：Windows和Ubuntu双系统时间相差8个小时的问题

Iris_bysshqx17
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