将 impute 之后的文件转化为 tped 的 plink 格式

最新推荐文章于 2024-03-20 15:38:28 发布

jcg519

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分类专栏： python 文章标签： impute

本文链接：https://blog.csdn.net/jcg519/article/details/53131135

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本文介绍如何将经过imputation处理的文件转换成适用于plink软件的tped格式，详细步骤包括数据预处理、格式转换等关键环节。

摘要由CSDN通过智能技术生成

#/usr/bin/python
#!-*- coding:utf-8 -*-

#--author--=='cjiang'

##############trans the impute file to tped file ######

############## the impute file ##########
'''
--- rs149630736:45000028:T:C 45000028 T C 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0
--- rs146905936:45000294:G:C 45000294 G C 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0
10 rs1253750 45000220 0 G 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0
'''
#########################################

import os,sys
import re
import time
import optparse

def DNA_complement(sequence):
sequence = sequence.upper()
sequence = sequence.replace('A', 't')
sequence = sequence.replace('T', 'a')
sequence = sequence.replace('C', 'g')
sequenc