plink常用文件格式转换

#map/ped文件#

• map文件

记录变异位置信息

第一列  染色体编号

第二列 SNP名称

第三列 遗传距离

第四列 snp物理位置

• ped文件

第一列 家系编号                                   第二列 个体编号

第三列 父本                                          第四列 母本

第五列 性别                                          第六列 表现型

第七列往后 每个SNP位点基因型

第七列第八列是第一个基因型

#二进制格式 bed / bim / fam #

• bed文件

SNP数据，是二进制格式，不能由Notepad++等文本编辑器打开

• bim文件

SNP位置信息

第一列 染色体编号                                                第二列 SNP名字

第三列 遗传距离                                                   第四列 物理距离

第五列 次要等位基因（minor allel）                    第六列 主要等位基因（major allel）

• fam文件

家系表型信息

第一列 FID                       第二列 IID                             第三列 父本

第四列 母本                      第五列 性别                          第六列 表型

# 转置格式tped / tfam 文件#

• tped文件

前四行 = map文件

后面代表所有样本在该snp位点基因型信息

• tfam文件

= ped文件1~6列

#plink文件格式相互转换#

• 将map/ped文件转化为二进制文件

plink --file GENO --make-bed --out geno

• 将tped/tfam文件转化为二进制文件

file变为tfile

结果：

• 将ped/map文件互相转化tped/tfam

# map/ped转tped/tfam # 
plink --file GENO --recode --out GENO
# tped/tfam转map/ped #
plink --tfile GENO --recode --transpose --out GENO

• 将二进制文件转化为map/ped

plink --bfile geno --recode --out GENO

• 将二进制文件转化为tped/tfam

recode后加transpose

• 二进制文件转化为vcf

plink --bfile geno --recode vcf --out geno --chr-set 27

• 二进制文件转化为bgen

plink --bfile geno --recode bgen --out geno

• vcf文件转化成map/ped

plink --vcf geno.vcf --recode --out geno