4.ArchR的降维-聚类（1）

         最近很想从Fragmens文件开始，去复现出greenleaf团队scATAC-seq数据中的那张UMAP图。文中作者质控完得到：35038个单个核细胞。然后进行迭代LSI降维-harmony矫正批次效应-Seurat的FindClusters( )函数进行聚类-addUMAP函数进行线性降维-plotEmbedding()函数绘制二维空间的降维图。

原图呢长这样：

文献来源：Granja JM, Klemm S, McGinnis LM, Kathiria AS, Mezger A, Corces MR, Parks B, Gars E, Liedtke M, Zheng GXY, Chang HY, Majeti R, Greenleaf WJ. Single-cell multiomic analysis identifies regulatory programs in mixed-phenotype acute leukemia. Nat Biotechnol. 2019 Dec;37(12):1458-1465. doi: 10.1038/s41587-019-0332-7. Epub 2019 Dec 2. PMID: 31792411; PMCID: PMC7258684.

4.1 利用LSI获得PeakMatrix矩阵     

先看作者在方法中对这一过程的描述：先使用tile(hg19chromSizes,width=2500)创建2.5kb的全基因组窗口,然后构造一个 cell-by-2.5kb窗口的稀疏矩阵，随后保留前20000个可访问的窗口。并使用TF-IDF转换对二值化矩阵进行转换，接着计算逆文档频率，这种归一化的方法就会产生一个TF-IDF矩阵，然后将其用作R中irlba奇异值分解