6.ArchR的可视化（6）：发育轨迹

最新推荐文章于 2024-09-12 18:07:52 发布

武艺晴小朋友你好

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分类专栏： scATAC-seq ArchR 表观遗传文章标签： r语言学习聚类

本文链接：https://blog.csdn.net/jl19930703/article/details/138190412

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愿武艺晴小朋友一定得每天都开心

在这个之前呢：分享一网站：https://www.10xgenomics.com/cn/videos/yrk8ebblqo?autoplay=true

它是通讯作者、斯坦福大学的William Greenleaf博士作为主讲人，讲这篇混合表型急性白血病（MPAL）和健康造血的数据。

基于之前的UMAP 二维坐标可视化+已定义的celltype;接下来想做的事是对B细胞谱系，拟合发育轨迹：流程如下

> trajectory <- c("CLP 1","PreB","B cell","Plasma")
> trajectory
[1] "CLP 1"  "PreB"   "B cell" "Plasma"
> projHeme2 <- addTrajectory(
+   ArchRProj = projHeme2, 
+   name = "Lymphoi

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IO_SPACE_LIMIT module_frob_arch_sections PCI_IOBASE pci_proc_domain __raw_readb __raw_readl __raw_readw __raw_writeb __raw_writel __raw_writew readb readb_relaxed readl readl_relaxed __read_mostly readw readw_relaxed writeb writeb_relaxed writel writel_re.

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737

为了能跟模仿出greenleaf团队的形式：先看看作者在文献中的描述把：首先将片段读取到R中的GenomicRanges对象中。3) useMatrix = "TileMatrix"将鉴定对特定细胞组高度特异性的基因组区域，并useMatrix = "PeakMatrix"鉴定对特定细胞组高度特异性的峰。GRanges与IRanges相比，它可以定义序列名称，包括起始点及终止点的长度信息，正负链，或者他们的score值和GC值等；在以CD14为对象时的矩阵。100bp的平滑）每100bp可视化一次。

6.ArchR的可视化（2）：TF activity

jl19930703的博客

04-23

692

#markerMotifs <- markerMotifs[markerMotifs %ni% "z:SREBF1_22"] 过滤掉很像但不是EBF1的Motif。> projHeme2 <- addGroupCoverages(ArchRProj=projHeme2, groupBy="celltype") #构建拟混池重复。> markerMotifs <- grep("z:", markerMotifs, value = TRUE) #用grep函数只提取对应特征的z-scores。

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04-24

1721

TF的Footprint

6.ArchR的可视化（3）：TF的序列标识图

jl19930703的博客

04-24

596

2）greenleaf文中的对这一部分的描述如下：We used the cell-by-peaks and the Catalog of Inferred Sequence Binding Preferences (CIS-BP) motif (from chromVAR motifs ‘human_pwms_v1’) matches within these peaks from motifmatchr ”matchMotifs(positions=out)“可视化一段序列某个位点的保守性；

6.ArchR的可视化（5）：共可及性co-accessibility

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747

Healthy-like 样细胞的鉴定

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803

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