愿武艺晴小朋友一定得每天都开心
在greenleaf团队的这篇发表文章的图表信息中,并没有Footprint的内容;
但是呢:
我还是蛮想基于现在拿到的celltype;看看在Healthy BM 造血环境下的B细胞系的TFs 它们的Footprint的情况
步骤如下:
##B细胞系的Footprint
motifPositions <- getPositions(projHeme2) ##提取motif的位置;
##得到GRangesList对象//每个TF motif以不同的GRanges对象进行区分
motifs <- c("EBF1","PAX5","SPI1","IKZF3","ELSPBP1","TCF3")
markerMotifs <- unlist(lapply(motifs, function(x) grep(x, names(motifPositions), value = TRUE)))
markerMotifs <- markerMotifs[markerMotifs %ni% "SREBF1_22"] #用%ni% 过滤掉多的
markerMotifs
projHeme2 <- addGroupCoverages(ArchRProj = projHeme2, groupBy = "celltype")
> unique(projHeme2$celltype) [1] "CLP 1" "Erythroid" "GMP" "CD14 Mono 2" "CD4N" [6] "CD4M&#