计算R velocity的方法和流程（CellRank2）

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心 

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第一步：拿到cellranger count的文件夹；

运行cellranger count(这个得提前准备：R1和R2的fastq.gz文件 & 鼠的参考基因组文件)

wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-mm10-2020-A.tar.gz

最后会出现这个：Pipestance completed successfully! 就是跑好了！

第二步：在服务器上，conda创建velocyto环境;然后安装velocyto软件; 运行；

> 目标是从上游拿到loom文件

要准备3个文件：

1）基因组重复序列标记信息的gtf 文件

下载网址：Table Browser (ucsc.edu)  选好后，后点击get output下载 gtf 文件

2）10Xcellranger 官网提供的参考基因组下文件夹下的: genes/genes.gtf文件

      /home/ *** /Genomes/refdata-gex-mm10-2020-A/genes/genes.gtf

3）cellranger count 函数运行成功后产生的结果文件夹;

（有时候公司分析的数据，拿回自己做速率分析时：可以先试一下公司的cellranger的结果文件可不可以跑velocyto，如果可以就不用从FASTQ 开始了，但是把，公司蛮偷懒和省计算资源的，我这个样本就在设置参数时了不生成bam文件，导致就用不了公司的）。那就自己来了，虽然分析过程比较漫长，挂起呗！建议一个样本一个样本的做，要是一起上，那么大的内存门槛太高