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RSS订阅原创 LCWGS(9)在Linux服务器上安装ngsLD
ngsLD是一个在考虑基因型分配不确定性的情况下估计成对连锁不平衡（LD）的程序。它通过避免基因型调用和使用基因型可能性或后验概率来做到这一点。进入自己的home文件夹，在.bashrc文件夹中添加ngsLD的路径。下面介绍如何利用源代码来安装。在想要安装的位置，新建目录。时间：2023-5-8。进入目录，下载源代码。
2023-05-08 13:59:40
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原创 LCWGS(8)在Linux服务器上安装ANGSD
ANGSD（Analysis of Next Generation Sequencing Data）是一个二代测序数据分析软件，它可以处理从映射上的读段到填充的基因型概率的多种不同输入类型。软件中的多数方法考虑了基因型的不确定性，而非识别的基因型，因此，它对中低深度的测序数据尤其有用。ANGSD 是C++编写的程序，由于博主是非root用户，因此不能通过编译安装该软件，这里介绍用conda 环境安装ANGSD.。
2023-05-03 21:58:38
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原创 LCWGS(7)在Linux服务器上安装bamUtil
bamUtil 是一个包含几个对SAM/BAM文件执行操作的程序，所有这些程序都内置在一个可执行文件bam中。bamUtil是由C++编写的，由于我是非root用户，所以这里我放弃了从源代码编译安装，直接从conda 环境安装。
2023-04-29 09:31:56
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原创 LCWGS(6)在Linux服务器上安装Bowtie2
Bowtie2是一种用于将序列读段与长参考序列进行比对的超快且内存高效的工具。它特别擅长对齐大约50到100或1000个字符的读段，并且特别擅长对齐相对较长的（如哺乳动物）基因组。Bowtie2用FM索引对基因组进行索引，以保持其占用的内存空间较小：对于人类基因组，其占用的内存通常在3.2 GB左右。Bowtie2支持有间隙、局部和成对末端对齐模式。下面介绍如何在Linux服务器上安装Bowtie2。
2023-04-28 22:36:29
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原创 LCWGS(5)在Linux服务器上安装Samtools
Samtools是一套用于处理高通量测序数据的程序。它由三个独立的仓库组成：Samtools，BCFtools 和 HTSlib。由于我是非root用户，没有权限通过编译进行安装，因此这里介绍如何通过conda 环境进行安装samtools。新建或进入已有的conda环境，这里我使用如下命令，进入自己的conda base环境。等待安装完成后，输入samtools，出现如下内容表示安装成功。输入如下代码进行安装，中途输入y确认继续安装。2. 安装samtools。日期：2023-4-28。
2023-04-28 21:33:50
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原创 LCWGS(4)在Linux服务器上安装Picard
由于按照官网说明，安装单个可执行的jar文件未能成功运行，以及克隆github源代码，利用./gradlew shadowJar也未能成功安装，这里介绍利用conda 环境安装Picard.Picard是一组用于处理高通量测序数据，以及SAM/BAM/CRAM和VCF格式数据的命令行工具。利用如下代码安装picard，-c 后面的参数为channal。中途输入y，用来确认继续安装。新建或者进入已有的conda环境。安装完成后，输入picard，如果出现如下结果，说明安装成功。日期：2023-4-28。
2023-04-28 20:13:18
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原创 LCWGS(3)在Linux服务器上安装Trimmomatic
Trimmomatic是一个灵活的用来处理Illumina二代测序数据中的reads工具。由于在写该博文的时候Trimmomatic的官网无法打开，且使用源代码安装失败，所以这里介绍如何利用conda 来安装Trimmomatic。
2023-04-28 18:12:56
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原创 LCWGS(2)在Linux服务器上安装FastQC
FastQC是一个高通量测序数据的质控工具。下面介绍如何在Linux服务器上安装FastQC。
2023-04-28 16:34:52
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原创 LCWGS(1)低深度全基因组测序(Low-Coverage Whole Genome Sequencing, LCWGS)汇总
LCWGS汇总。
2023-04-18 20:17:02
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原创 GWAS(2) 在Linux服务器上安装plink
plink是一个免费、开源的全基因组关联分析工具集，旨在以计算高效的方式执行一系列基本的大规模分析。下面介绍如何在linux服务器上安装plink。
2023-04-17 20:27:01
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原创 Matlab(1)使用ode45求解常微分方程
在工程和计算中常常需要求解微分方程，但微分方程的解析解通常很难得到，所以一种退而求其次的方法就是求其数值解。这里是使用Matlab中的ode45求解常微分方程数值解的简单说明。具体可使用"help ode45"命令查看它的帮助文档。ode45求非刚性微分方程的解，中阶方法。使用语法为 [T,Y] = solver(odefun,tspan,y0)下面举例说明function dy = odefun...
2018-07-08 12:29:44
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空空如也
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