LCWGS(3)在Linux服务器上安装Trimmomatic

最新推荐文章于 2024-03-14 12:02:35 发布
最新推荐文章于 2024-03-14 12:02:35 发布
阅读量1k 收藏 3
点赞数
文章标签： linux 运维 服务器
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/junbo_just_jia/article/details/130432088
版权
Trimmomatic是一个灵活的用来处理Illumina二代测序数据中的reads工具。由于在写该博文的时候Trimmomatic的官网无法打开，且使用源代码安装失败，所以这里介绍如何利用conda 来安装Trimmomatic。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Trimmomatic是一个灵活的用来处理Illumina二代测序数据中的reads工具。

由于在写该博文的时候Trimmomatic的官网无法打开，且使用源代码安装失败，所以这里介绍如何利用conda 来安装Trimmomatic。

1. 进入conda环境

新建或者进入已有的conda环境。我这里进入的是conda base 环境。

 

2. 安装Trimmomatic

终端输入如下命令来安装Trimmomatic，中途输入y，确认安装依赖的其它程序包。

conda install -c bioconda trimmomatic

 

参考：

【1】bioconda/packages/trimmomatic 0.39链接：https://anaconda.org/bioconda/trimmomatic

作者：贾思特

日期：2023-4-28

 

Junbo_Just_Jia
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 3
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
Trimmomatic过滤Illumina低质量序列
weixin_30892987的博客
01-26 1814
1. 下载安装 直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件 官网： http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomat...
生物软件安装与使用--4 Trimmomatic 的安装与使用
z1011795220的博客
11-27 774
【代码】生物软件安装与使用--4 Trimmomatic 的安装与使用。
Trimmomatic Manual
03-26
Trimmomati 用于去除 Illumina平台的FASTQ序列中的Adapter，根据碱基质量值修整FASTQ序列文件
Trimmomatic、bowtie2、samtools和bedtools安装过程全记录（已全部安装成功）
qq_42940869的博客
11-08 6225
首先你需要有一个linux的环境 其次在linux系统下用浏览器打开trimmomatic的下载链接，下载最新版本对应的binary下载链接http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic下载完成后，将其解压到一个新的文件夹中，然后复制trimmomatic-0.39.jar的路径，打开终端，输入jar <路径>/trimmomatic-0.39.jar， 例如：jar /home/sai/workspace/go/src/pro
Trimmomatic
jiangshandaiyou的博客
08-13 959
Trimmomatic Trimmomatic 支持多线程，处理数据速度快，主要用来去除 Illumina 平台的 Fastq 序列中的接头，并根据碱基质量值对 Fastq 进行修剪。软件有两种过滤模式，分别对应 SE 和 PE 测序数据，同时支持 gzip 和 bzip2 压缩文件。另外也支持 phred-33 和 phred-64 格式互相转化。 #安装： 不建议直接试用conda安装，调用命令时会提醒找不到 TruSeq3-SE wget http://www.usadellab.org/cms/up
转录组分析中Trimmomatic和Trim_galore详细使用说明（1） Trimmomatic
lazymark2的博客
07-30 8265
优劣势分析 Trimmomatic 优势： 1、可使用参数更多，如滑窗剪切，可以直接选择使用内置的接头序列等等 2、可生成paired和unpaired两种文件，更利于下游分析 劣势： 1、代码非常长，而且容易写错，最好写在一个脚本里； 2、参数比较难记，像ILLUMINACLIP中的几个数字分别代表什么必须要对照说明书才能看懂 3、运行时间较长，建议在测序质量较好并且接头残余少的时候使用trim_galore Trim_galore 优势： 1、安装和使用都非常简单； 2、代码较短 3、参数更直观，不用去
trimmomatic 0.36
11-11
去除reads 两端低质量的base, Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.
lcwgs-guide-tutorial
05-07
分析低覆盖率全基因组测序数据的教程 这些教程由Matteo Fumagalli，Arne Jacobs，Nicolas ... 2020年10月19日至22日在更早的版本 致谢：本课程材料是在美国国家科学基金会（NSF）对NOT（OCE-1756316）的资助下开发的。
宏基因组流程-质控（Trimmomatic）
最新发布
Nusery的博客
03-14 1275
这一期的内容比较多，涉及了实操和原理部分。部分只是想使用软件的同行来说，可以只看实际操作的代码部分。最后再推销一下我们的公众号，大家动动小手，点击下方关注我们，您的关注是我们最大的更新动力。这一期的内容比较多，涉及了实操和原理部分。部分只是想使用软件的同行来说，可以只看实际操作的代码部分。最后再推销一下我们的公众号，大家动动小手，点击下方关注我们，您的关注是我们最大的更新动力。
【bioinfo】学习使用一款数据质控软件（Trimmomatic）
lillianqdzpw
06-24 1万+
写在前面 Trimmomatic工具是用于illumina二代测序数据的reads处理，主要对接头(adapter)序列和低质量序列进行过滤。下面是使用该工具处理双端测序(PE)数据时，常用参数的一些说明。 参考文档 Trimmomatic工具的参考文献 Trimmomatic工具官网 Trimmomatic工具使用手册 软件使用 执行命令 ## 双端测序数据使用方法 # 使用v0.32版...
Linux服务器丨重测序数据分析常用软件安装指南
青笋的博客
05-21 1469
重测序（resequencing）是指对已知基因组进行高通量测序，以检测个体或种群的遗传变异，从而研究基因组的结构和功能。通过对不同个体或种群的重测序数据进行比较和分析，可以找到与性状相关的遗传变异，揭示基因组的遗传多样性和进化历史，推动生物学研究的发展。通过新建一个conda虚拟环境，然后在环境中安装重测序分析所用的软件，能够避免软件的冲突造成的问题，而且方便再不同的机器之间灵活的切换环境。），通过这个脚本，能够快捷方便的调用各项软件，自动进行分析，解放双手，提高效率。用于检查测序数据的质量，可以通过。
生信软件 | Trimmomati （质量控制，修剪低质和接头序列）
Baimoc
03-26 5497
介绍 Trimmomati 用于去除 Illumina平台的FASTQ序列中的Adapter，根据碱基质量值修整FASTQ序列文件 支持单末端（SE），双末端（PE）测序数据 支持多线程，gzip，bzip2压缩的FASTQ文件 支持phred-33 和 phred-64 格式互相转化，目前多数Illumina测序数据为phred-33格式 安装 conda install -c trimmo...
高通量测序数据质控神器Trimmomatic
kongxx的专栏
03-19 6325
简介 高通量测序下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等，为消除其对后续分析准确性产生的影响，在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。Trimmomatic就是一个高通量测序数据质控神器，可以对测序数据进行过滤。 Trimmomatic 支持多线程，处理数据速度快，主要用来去除 Illumina 平台的 Fastq 序列中的接头，并根据碱基质量值对 Fas...
宏基因组分析实战教程2. 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
10-26 1万+
本文英文原版见下方github链接，由中科院朱微金博士翻译、测试、并进行中文注释和补充，全网首发“宏基因组”公众号。https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/toc.html前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程 微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程 1.
生物信息百Jia软件（十二）：trimmomatic
xxxie_的博客
08-08 1175
欢迎订阅WX众号：基因学苑，更多精彩内容等你发掘！ 基因学苑Q群：32798724 通哥点评 数据处理的工具其实有很多，前面我们也介绍过了fastp。因为处理的原则都差不多，最重要的是了解数据处理的原理，为何要过滤低质量，N碱基，adapter，duplication等。我自己是不喜欢用trimmomatic的，因为参数比较复杂，其实，以前我的同事们好多人都自己写个工具，只不过大家没觉得数据处理还...
trimmomatic 去接头，处理reads
biolxy的博客
07-21 8988
nohup java -jar /home/lixiangyong/software/Trimmomatic/trimmomatic-0.36.jar PE -threads 2 -phred33 ./Sample_hua_20160524_CGTACG_L001_R1.fastq ./Sample_hua_20160524_CGTACG_L001_R2.fastq Sample_hua_2016
软件Trimmomatic
GeekFocus
08-31 890
文库构建前，核酸经过随机打断，有的本身就长短不一(mRNA)，因此接头之间片段长度也长短不一，而二代测序的测序长度一般是固定，肯定会有部分短于测序读长的序列被测序，因此测序序列中包含了部分或全部接头序列，需要进行接头序列的检测并过滤掉对应的reads或截掉接头序列。 Trimmomatic下载链接 Paired End: You often don’t need leading and traling clipping. Also in general keepBothReads can be useful
Trimmomatic的一些使用说明整理
热门推荐
I_LiYY的博客
04-15 1万+
Trimmomatic写在最开始一、前言二、相关链接三、软件下载四、软件使用1、修剪步骤说明2、运行程序（1）单端模式（2）双端模式（3）输入/输出文件（4）注解3、参数详情（1）详情说明（2）示例 写在最开始 关于这篇博客只是网上调研的结果，博主本人并没有对这个软件进行过实际操作，纯属纸上谈兵，更多的只是对官网使用工具书的翻译，且不全，没有涉及具体算法，仅涉及用法，如有出错或侵权，请联系1887...
[Linux|生信]project4_02:质控过滤
F_zero_T_hero的博客
12-07 1455
背景 前面介绍了如何从sra文件得到fastq文件 [Linux|生信]project4_01:批量下载sra文件并转化为fastq文件 今天介绍一下如何对fastq文件进行批量质控。在此申明，该系列处理的是单细胞转录组的数据，不是常规的Bulk转录组，故质控后的处理思路有所不同。 质控（QC） # 一：质控前的初步看测序数据质量：fastqc与multiqc# 1.激活前面生成的虚拟环境，进行fastqc与multiqcconda activate biotre
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值