著差异柱状图和箱线图绘制教程

小杜的生信筆記

于 2024-04-30 16:07:02 发布

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文章标签：组学箱线图柱状图显著差异柱状图转录组

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本教程原文链接：一个代码搞定显著差异柱状图和箱线图 | R语言绘图

本期教程

小杜的生信笔记，自2021年11月开始做的知识分享，主要内容是R语言绘图教程、转录组上游分析、转录组下游分析等内容。凡事在社群同学，可免费获得自2021年11月份至今全部教程，教程配备事例数据和相关代码，我们会持续更新中。

往期教程部分内容

本教程原文链接：一个代码搞定显著差异柱状图和箱线图 | R语言绘图

绘制显著差异柱状图

导入相关的R包

library(ggplot2)
library(ggsignif)
library(ggpubr)
library(ggbreak)

导入数据

setwd("D:\\BioinfoFile\\小杜的生信笔记\\2024\\20240430_差异箱线图绘制")
#data <- read.csv("**.csv",header = T, row.names = 1)
##
#data <- read.table("**.txt",header = T, row.names = 1, sep = "\t")

模拟数据
在这里我们模拟所需数据，不具有任何意义。

data <- data <- read.table(text = "
group	sample	value
lncRNA-1	CK	4
lncRNA-1	CK	4
lncRNA-1	CK	5
lncRNA-1	CK	6
lncRNA-1	CK	5
lncRNA-1	CK	5
lncRNA-1	CK	1
lncRNA-1	CK	3
lncRNA-1	CK	5
lncRNA-1	CK	5
lncRNA-1	Treat	5
lncRNA-1	Treat	4
lncRNA-1	Treat	2
lncRNA-1	Treat	1
lncRNA-1	Treat	2
lncRNA-1	Treat	3
lncRNA-1	Treat	3
lncRNA-1	Treat	3
lncRNA-1	Treat	1
lncRNA-1	Treat	5
mRNA	CK	6
mRNA	CK	7
mRNA	CK	4
mRNA	CK	8
mRNA	CK	6
mRNA	CK	4
mRNA	CK	5
mRNA	CK	2
mRNA	CK	7
mRNA	CK	4
mRNA	Treat	2
mRNA	Treat	3
mRNA	Treat	4
mRNA	Treat	5
mRNA	Treat	2
mRNA	Treat	4
mRNA	Treat	5
mRNA	Treat	6
mRNA	Treat	7
mRNA	Treat	4
", header = TRUE, row.names = NULL)

## 
data[1:5,1:3]

绘制差异显著柱状图

ggplot(data, aes(x = sample, y = value))+
  ##'@绘制柱状图
  geom_bar(aes(fill = group), stat = "summary", position = position_dodge(1),
           color = "black",
           fun = mean, size = 0.5)+
  ##'@添加误差线
  stat_summary(fun.data = "mean_sd", geom = "errorbar",
               width = 0.2, size = 1)+
  ##'@添加显著性
  geom_signif(comparisons = list(c("CK","Treat")),
              map_signif_level= F,  ##'@T:显示*号，F显示数字
              tip_length=0, 
              size=1, 
              test = "t.test")+  ##'@t.test, wilcox.test 
    facet_wrap(~group)+
  ##'@X轴和Y轴坐标
  labs(x = "", y = "Expression levels",title = NULL)+
  ##'@设置颜色
  scale_fill_manual(values = c("#386cb0","#1b9e77", "#fdc086","#a6cee3","#bebada","#e5c494"))+
  theme_classic()+
  theme(axis.line = element_line(size = 1),  ## 粗细
        text=element_text(family = "sans",colour ="black",size = 12),
        axis.text.x = element_text(color = "black", size = 12),
        axis.text.y = element_text(color = "black",size = 12),
        axis.ticks = element_line(size = 1,colour = "black"),
        strip.text = element_text(color = "black",size = 16),
        axis.title = element_text(color = "black",size = 18),
        legend.position = "none",
        strip.background = element_blank()
       )

#ggsave("显著差异柱状图.pdf",width = 6, height = 4)

绘制差异显著箱线图

ggplot(data, aes(x = sample, y = value))+
  ##'@绘制
  geom_boxplot(aes(fill = group), position = position_dodge(1),
           color = "black",
           fun = mean, size = 0.5)+
  ##'@添加散点图
  geom_jitter(color = "#a6cee3",szie = 2.5, alpha = 0.8)+
  ##'@添加显著性
  geom_signif(comparisons = list(c("CK","Treat")),
              map_signif_level= T,  ##'@T:显示*号，F显示数字
              tip_length=0, 
              size=1, 
              test = "t.test")+  ##'@t.test, wilcox.test 
    facet_wrap(~group)+
  ##'@X轴和Y轴坐标
  labs(x = "", y = "Expression levels",title = NULL)+
  ##'@设置颜色
  scale_fill_manual(values = c("#a6cee3","#bebada","#e5c494","#386cb0","#1b9e77", "#fdc086"))+
  theme_classic()+
  theme(axis.line = element_line(size = 1),  ## 粗细
        text=element_text(family = "sans",colour ="black",size = 12),
        axis.text.x = element_text(color = "black", size = 12),
        axis.text.y = element_text(color = "black",size = 12),
        axis.ticks = element_line(size = 1,colour = "black"),
        strip.text = element_text(color = "black",size = 16),
        axis.title = element_text(color = "black",size = 18),
        legend.position = "none",
        strip.background = element_blank()
       )

#ggsave("显著差异箱线图.pdf",width = 6, height = 4)

本教程原文链接：一个代码搞定显著差异柱状图和箱线图 | R语言绘图

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