lammps案例:堆垛层错能的计算

大家好,我是小马老师。
本文介绍如何使用lammps计算晶体的堆垛层错能。
正常晶体中的原子按照一定的规律排列,原子面按ABCABC……的顺序排列,如下图所示:
在这里插入图片描述

当某个原子面被抽出后会形成堆垛层错,如图中的蓝色原子层被抽出,原子面排列变为ABCBCA……:
在这里插入图片描述

可通过计算堆垛层错能形成前后的能量差计算堆垛层错能,计算公式为:
在这里插入图片描述

E0为初始能量
Ef为删除一个原子面后的能量
A为界面面积
下面分享一个lammps计算堆垛层错能的in代码,本代码由Richard Glaze完成,本文稍作修改并进行了注释,以供初学者参考,对原作者表示感谢。

# Richard Glaze, 
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LAMMPS是一个分子动力学模拟软件,用于模拟原子和分子的相互作用。要计算112方向的广义层错能,可以使用LAMMPS中的dislocation工具来模拟。 以下是一个简单的LAMMPS输入文件: ``` # LAMMPS input file for calculating generalized stacking fault energy # along the 112 direction # define units units metal # define atom style atom_style atomic # define simulation box lattice fcc 3.52 region box block 0 20 0 20 0 20 create_box 1 box create_atoms 1 box # define potentials pair_style eam/alloy pair_coeff * * Ni_u3.eam.alloy Ni # define settings for dislocation simulation lattice orient x 1 -1 0 orient y 1 1 1 orient z -1 -1 2 dislocation 1 line 0.5 0.5 0.0 0.0 loop 20 20 20 start 0 0 0 change_box triclinic displace_atoms all move 0.0 0.0 20.0 units box # define settings for GSF calculation variable dx equal 0.01 variable dy equal 0.01 variable dz equal 0.0 # loop over dx and dy values label loop variable x loop 0 1 ${dx} units box variable y loop 0 1 ${dy} units box displace_atoms all move {x} {y} {dz} units box minimize 1.0e-10 1.0e-10 1000 10000 compute gsf all dislocation/stack/energy 1 1 3.0 variable energy equal c_gsf[1] variable x delete variable y delete print "{dx} {dy} {energy}" jump in.gsf loop # output final results thermo_style custom step pe run 0 ``` 这个输入文件首先定义了模拟所需的单位、原子样式和盒子大小。然后定义了用于模拟的势能函数,并设置了LAMMPS的dislocation工具来模拟位错。在这里,我们使用一个线性位错,其位错线方向为[0.5 0.5 0.0],沿z轴方向移动20个原子距离。 接下来,我们使用一个循环来遍历dx和dy值,并使用displace_atoms命令在每个循环迭代中将晶格稍微扰动一下。然后我们使用minimize命令进行能量最小化,并使用compute命令计算广义层错能。最后,我们输出广义层错能的值。 要运行这个LAMMPS输入文件,您需要将其保存为一个名为“in.gsf”的文件,并使用以下命令运行LAMMPS: ``` lmp_serial < in.gsf ``` 这将生成一个输出文件,其中包含每个dx和dy值的广义层错能。您可以使用任何适合您的工具来分析这些数据并计算112方向的广义层错能。
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