lammps教程：如何计算单个原子的体积

大家好，我是小马老师。
本文介绍如何使用lammps命令计算单原子的体积。
lammps提供了compute voronoi/atom命令计算单原子体积。
基本原理可参考voronoi算法，根据voronoi算法，把单个原子所占据的空间划分为一个多边形，也称为泰森多边形，多边形的体积即为该原子的体积。
命令例句：

compute 1 all voronoi/atom

该例句共输出两个计算结果，第一个结果为单原子的体积，第二个结果为该原子多面体的面数，也可以理解为相邻原子的数目。
因此，引用单原子体积时，直接使用c_1[1]即可。
原子体积的单位为距离单位的立方，如A3。
配合compute stress命令就可以计算并输出单原子应力：

compute   1 all stress/atom NULL
compute   2 all voronoi/atom 
variable  stressx atom c_1[1]/c_2[1]
dump   1 all custom 1000 dump.xyz id type x y z  v_stressx 

公众号：lammps加油站