lammps计算单原子位移的方法及云图绘制

大家好，我是小马老师。
本文介绍如何使用lammps命令计算原子位移。
原子位移可反映材料变形程度或局部变形情况，在lammps后处理中经常会用到。
在lammps中可使用compute displace/atom命令计算原子位移。
这个命令语法比较简单：

compute 1 all displace/atom

计算结果是一个单原子矢量，默认情况下一共输出4个值，分别是原子在xyz三个方向的位移和平均位移sqrt(dxdx + dydy + dz*dz)。
单原子位移可以在dump命令中输出。
如在cu融化案例中添加该命令，可输出融化过程中所有原子的平均位移：

compute 1 all displace/atom
dump 1 all custom 100 cu.xyz id type x y z c_1[4]

在ovito中使用color coding可直观显示原子位移，不同颜色表示不同位移：

模拟体系比较大，输出每个原子的位移可能会导致轨迹文件尺寸过大，可在命令中添加refresh关键词，只输出位移满足条件的原子。
如cu融化案例中，仅输出位移大于0.6的原子，对应代码为：

variable        Dhop equal 0.6
variable        check atom "c_dsp[4] > v_Dhop"
compute         dsp all displace/atom refresh check
dump            1 all custom 100 tmp.dump id type x y z
dump_modify     1 append yes thresh c_dsp[4] > ${Dhop}  refresh c_dsp delay 100

显示结果为：

可以看出，轨迹中只显示了位移大于0.6的原子，在模拟初期，原子位移较小，基本没有符合条件的原子，随温度升高，位移大于0.6的原子越来越多。
该命令解释及参考例句均来自lammps官网手册，有兴趣的可阅读手册详细了解命令使用方法。
公众号：lammps加油站