lammps常用的几种控温方式以及实现代码

大家好,我是小马老师。
在阅读论文时,大家应该会注意到,不同的论文在模拟时,可能采用不同的控温方式。
有的是Nose-Hoover,有的是速度标定法,有的同学可能不知道如何用代码实现。
控温的基本原理是通过调节原子的速度达到调节体系温度的目的。
调节原子速度的算法有很多,因此,对应的控温方式有多种。
下面介绍lammps常用的几种控温方式对应的实现代码,只讲代码不讲原理,有兴趣的可以查阅分子动力学原理书籍。

  1. Nose-Hoover热浴法
    nvt和npt采用Nose-Hoover热浴法调节体系温度,因此,如果论文中提到Nose-Hoover,其实就是用nvt或者npt,至于用哪个,主要看是否控压。
    对应代码为:
    fix 1 all nvt temp 300.0 300.0 100.0

    fix 1 all npt temp 300.0 300.0 100 iso 0 0 1000
  2. langevin控温法
    langevin控温只通过力的计算调节原子的速度,但是不能对时间进行积分,如果对一组原子只施加langevin控温,原子会固定不动。
    因此,一般需要配合fix nve使用。
    fix 1 all nve
    fix 2 all langevin 300 300 100.0 48279
LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator,大型分子动力学模拟器)中,实现分层控温代码距离设置通常涉及到使用特殊的边界条件和热处理模块。以下是基本步骤: **分层控温**: LAMMPS支持多种温度控制方法,如Berendsen thermostat、Nosé-Hoover thermostat等。如果你想要实现分层控温,也就是在不同的区域应用不同的温度控制策略,可以采用以下步骤: 1. 定义不同的原子集合(groups),每个集合对应不同的温度区域。 2. 使用`thermo_style custom id group Temp`命令定义自定义输出变量,其中id是你给每个组的标识符,Temp是温度。 3. 在`fix`部分添加`temp`命令,例如`fix 1 all temp region 0.0 1.0 10.0 20.0 <target_temp> type berendsen`,设置指定区域内的温度目标。 **代码距离**: 在LAMMPS中,你可以通过`neighbor`和`neigh_modify`命令来设置原子之间的邻接关系,以及计算它们的距离。比如,`neighbor 1.0 bin`会让LAMMPS使用二分搜索查找邻居,并且只考虑距离小于1.0的原子。`neigh_modify exclude`则允许你排除某些类型的原子间的相互作用。 ```lmpscript # 设置邻居搜索,距离阈值为1.0 Å neighbor 1.0 bin # 排除特定类型间的交互(如果需要) neigh_modify exclusions #type A type B ``` 记得在实际使用中替换`<target_temp>`为具体的温度值,以及`type berendsen`或其他合适的热力学模型。
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