生物软件安装与使用--3 Trim_Galore 的安装与使用

1 简介

• Trim Galore适用于任何（基于碱基的）高通量数据集,进行自适应质量和接头修剪

2 安装与使用

# 在本机上下载 Trim_Galore 上传至服务器
pwd
# /public2/home/wu_yl/honghao/Biosofts
## 解压zip文件
unzip TrimGalore-0.6.10.zip

## 配置环境变量
echo 'export PATH=~/honghao/Biosofts/TrimGalore-0.6.10:$PATH'>>~/.bash_profile
source ~/.bash_profile

trim_galore -h

# cutadapt 是一个用于修剪适配器序列的工具，被 trim_galore 使用
python --version
# Python 3.7.0
python3 -m pip install --user --upgrade setuptools # 安装依赖项
python3 -m pip install --user --upgrade --use-feature=fast-deps --no-cache-dir cutadapt

2 使用

# 调用 trim_galore
trim_galore \
# 设置质量阈值为20。这意味着在进行质量修剪时，将删除质量得分低于20的碱基
--quality 20 \
# 在修剪完成后生成FastQC报告。FastQC是一个用于分析测序数据质量的工具。
--fastqc \
# 设置长度阈值为25。这意味着在修剪完成后，将删除长度低于25的序列。
--length 25 \
# 设置输出目录为 results/2_trimmed_output/
--output_dir results/2_trimmed_output/ \
# 指定输入的FASTQ文件路径和文件名
input/MVC_1.raw.R1.fq

## 推荐使用下面代码
mkdir 2_trimmed_output
trim_galore --quality 20 --fastqc --length 25 --output_dir results/2_trimmed_output/ input/MVC_1.raw.R1.fq

3 结果

参考 本人上篇文章 “生物软件安装与使用–2FastQC” 中结果部分