HPC无root权限安装Singularity

最新推荐文章于 2025-04-03 10:37:22 发布

懒麻蛇

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文章标签： linux docker java python 大数据

本文链接：https://blog.csdn.net/lazysnake666/article/details/122834329

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本文档提供了一种在没有root权限的HPC系统上安装Singularity容器软件的详细步骤，包括下载和安装GO语言，然后下载、解压并安装Singularity，最后配置环境变量。Singularity因其兼容Docker且适合科研场景而受到关注。按照教程，用户可以在个人目录下完成安装，并通过检查版本号验证安装成功。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

Singularity是一个相对较新的容器软件，仍处于开发状态，兼容Docker容器这一特性让它的用户群体增长迅速。Singularity假设用户在一个有root权限的系统上构建容器，在一个没有root权限的系统上运行容器，这更符合科研应用的场景，因为HPC的用户是不会有root权限使用docker的。打完空洞骑士后，容器有了新的意义。

容器技术Docker和Singularity

2020-10-31

由于课题组不靠谱RA几个月以来一直声称在HPC系统上无法安装singularity，无数次尝试仍然还是出现command not found的情况，所以抽时间一探究竟。好像也没什么tricky的，就是将软件的bin加到PATH中而已。安装完成后至少运行singularity命令是没问题的，至于是否真正可用用来提交job和处理数据还有待不靠谱RA去验证。

安装GO

由于该软件是用GO写的，所以需要先安装GO，具体操作如下：

👉第一步下载GO

也可以使用wget命令下载，用右键在网页获取下载链接即可。

wget https://go.dev/dl/go1.17.6.linux-amd64.tar.gz

软件将会下载到当前路径，推荐将当前路径设置为$HOME

👉第二步解压GO

正常步骤是解压到usr/local/

rm -rf /usr/local/go && tar -C /usr/local -xzf go1.17.6.linux-amd64.tar.gz

但是由于我们没有root权限，可以将它解压到当前路径

tar -xzf go1.17.6.linux-amd64.tar.gz

👉第三步配置环境变量

正常步骤是将/usr/local/go/bin加到PATH中。

export PATH=$PATH:/usr/local/go/bin

因此需要将以上命令添加到

$HOME/.profile

或者/etc/profile (for a system-wide installation)

由于上一步中，我们无法将GO解压到usr/local中，所以相应地，这里的路径用GO解压的路径替换。需要注意的是.profile文件在不同系统中名称有可能不用，比如有的时候就称之为.bash_profile。设置好后需要重新登录，或者用source运行一下.profile文件，让配置生效。

👉最后

命令行中输入go version看到版本号，说明安装完成。

安装singularity

流程大概是和GO类似，只是解压后需要运行一个安装的命令。

👉第一步下载和解压singularity

export VERSION=3.9.2 && # adjust this as necessary \
    wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-ce-${VERSION}.tar.gz && \
    tar -xzf singularity-ce-${VERSION}.tar.gz && \
    cd singularity-ce-${VERSION}

运行完命令后已在singularity解压出来的文件夹中了

👉第二步安装

这里要带 --without-suid

--prefix设置的是安装的文件夹

./mconfig --without-suid --prefix=$HOME/singularity-ce && \
    make -C ./builddir && \
    make -C ./builddir install

👉第三步配置环境变量

将装好的软件添加到PATH中。

export PATH=$PATH:$HOME/singularity-ce /bin

需要将以上内容添加到.profile文件中。设置好后需要重新登录，或者用source运行一下.profile文件，让配置生效。

👉最后

运行singularity version可以看到版本说明安装完成。至于在具体使用中比如做预处理，用slrum提交任务是否会出问题目前还不得而知。

英文版

写都写了就备份在这里吧

How to install singularity on HPC without root/sudo

Install GO if you haven’t done so

Go to your $HOME dir.

cd $HOME

Download GO

wget https://go.dev/dl/go1.17.6.linux-amd64.tar.gz

Unzip GO

tar -xzf go1.17.6.linux-amd64.tar.gz

Add GO to your PATH

Add the following line to the $HOME/.bash_profilefile

export PATH=$PATH:$HOME/go/bin

Re-login or run .bash_profile using “source $HOME/.bash_profile” to activate the new settings.
Run “go version” in the terminal to check if it is installed properly

Install singularity

Go to your $HOME dir.

cd $HOME

Download and Unzip singularity.

export VERSION=3.9.2 && # adjust this asnecessary \
    wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-ce-${VERSION}.tar.gz&& \
    tar -xzfsingularity-ce-${VERSION}.tar.gz && \
    cdsingularity-ce-${VERSION}

Install singularity

./mconfig --without-suid –prefix=#HOME/singularity-ce&& \
    make -C./builddir && \
make -C ./builddir install

Add singularity to your PATH

Add the following line to the $HOME/.bash_profilefile

export PATH=$PATH:$HOME/singularity-ce /bin

Re-login or run .bash_profile using “source $HOME/.bash_profile” to activate the new settings.
Run “singularity version” in the terminal to check if it is installed properly.

参考

https://sylabs.io/guides/3.9/admin-guide/installation.html