单细胞测序流程（一）简介与数据下载

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简介

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单细胞测序：单细胞测序从宏观来讲是指在单个细胞水平上进行测序。
单细胞转录组测序是指对于单个细胞水平上将mRNA反转录扩增后进行高通量测序的技术。单细胞测序通过在单个细胞水平上进行测序，解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规测序的难题，为科学家研究单个细胞的行为、机制等提供了新的方向。``
单细胞测序基本步骤：对所选择的单细胞进行分离→扩增→进行高通量测序→使用生物信息学技术进行数据分析。

数据下载

进入NCBI GEO网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/进行数据下载
1.在搜索框中搜索你要选择的基因或者细胞类型关键字又或者直接搜索GEO名称，单细胞则可以为疾病名称single cell sequencing或者疾病名scrna-seq。

2.搜索之后在右侧选择物种为人类，左侧为类型，可针对自己研究进行选择。
3.在搜索出的信息中，选择样本足够带有自己所选择的关键词的信息进行文件下载。

我所选择的样本数量为1534个，也一般来说单细胞测序的样本为几百到几千个，样本数过少，没有说服力结果可能也无法正常分析，样本过多可能会使分析结果与偏差，干扰选项过多，造成假阳性过高
4.点进去之后下滑到最下面看作者对样本的命名是否规范，
我所选择的样本名称有序排列，对后面进行分析减少了很大麻烦]
5.当一切没问题的时候，对数据进行下载

counts为最原始数据，norm为进行过校正的数据，tpm也可以看做校正过的数据（初步校正）），一般来说我们所进行下载的数据为counts，如果没有count就选择tpm如果都没有才选择norm，能不选择校正过的数据就不选择校正的数据。

这就是初步的简介与数据下载，下一章内容为单细胞下载数据的整理。
我所做的所有分析与教程的代码都会在我的个人公众号中，请打开微信搜索“生信学徒”进行关注，欢迎生信的研究人员和同学前来讨论分析。
ps：公众号刚刚建立比较简陋，但是该有的内容都不会少。