通路可视化工具介绍

对于通路可视化的工具还是很多的，今天就来介绍两个基于现有数据库的可视化。

1. KEGG Mapper-Color Pathway

KEGG数据库，我们知道这个数据库可以查询多物种的通路。对于通路数据的DIY同时也可以可以利用这个数据库的。这个就是KEGG里面的Color Pathway(https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway3.html)。

对于数据的输入，有两个选择，一种是我们想要标注某一通路当中具体的基因。另外一种是基于某一个连续性变化的数据，来通过颜色的变化动态的反映的通路图上。

对于数据的输入需要注意的是，首先的输入是以分隔符来进行分割的，同时也是可以通过excel直接粘贴复制过来的。另外数据的第一行需要是以#开头的标题行。

1. 标注通路当中的基因

这类的可视化，我们需要输入的数据为两列。基因的ENTREZ ID，另外一列则是基因想要标注的颜色。

在输入好之后，点击运行即可获得

 

 

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