近期常用表观遗传学相关数据库汇总

表观遗传学是与遗传学(genetic)相对应的概念。遗传学是指基于基因序列改变所 致基因表达水平变化，如基因突变、基因杂合丢失和微卫星不稳定等；而表观遗传学则是指基于非基因序列改变所致基因表达水平变化，如DNA甲基化和染色质构象变 化等；表观基因组学(epigenomics) 则是在基因组水平上对表观遗传学改变的研究。

 

 

数据库介绍

 

 

 

01

DNA甲基化数据库

 

1. SurvivalMeth

功能：SurvivalMeth是哈尔滨医科大学李霞教授团队开发的，2020年8月11日发表在Briefings in Bioinformatics上。SurvivalMeth可以识别预后相关 DNA methylation-related functional elements (DMFEs) ，数据库中记录了多种DMFEs，包括309,465个CpG岛相关元件，104,748个转录相关元件，77,634个重复元件，以及细胞类型特异性的1,689,653个超级增强子(SE)和1,304,902个CTCF结合区进行分析。SurvivalMeth收集了36种癌症的DNA甲基化谱，并允许用户在不同的数据集中查询他们感兴趣的基因，以便预测预后。此外，SurvivalMeth不仅整合了不同的组合，包括单个DMFE、多个DMFE、SEs和临床数据，对预上传数据进行生存分析，还允许上传来自各种疾病的DMFE的定制DNA甲基化图谱进行分析。SurvivalMeth为预后DMFEs提供了全面的资源和自动化分析，包括DMFE甲基化水平、相关分析、临床分析、差异分析、DMFE注释、生存相关详细结果和生存分析可视化。

 

引用：Zhang C, Zhao N, Zhang X, et al. SurvivalMeth: a web server to investigate the effect of DNA methylation-related functional elements on prognosis [published online ahead of print, 2020 Aug 11]. Brief Bioinform. 2020;bbaa162. doi:10.1093/bib/bbaa162

 

2. MethDB数据库

功能：全称DNA Methylation database，该数据库包含了多种组织多种表型的甲基化模式、甲基化谱和总甲基化内容数据。大约14%的数据没有在其他地方公布。这些数据可以直接检索。并且有在线提交工具，允许科研人员直接将新数据输入到MethDB。

引用：Amoreira C, Hindermann W, Grunau C. An improved version of the DNA Methylation database (MethDB). Nucleic Acids Res. 2003;31(1):75-77. doi:10.1093/nar/gkg093

 

3. PubMeth 

功能：PubMeth 收集和整理了文献中与癌症相关的甲基化数据，并进行了人工校对和注释，提供了一个高质量的癌症相关的发生了甲基化基因的数据库。这个数据库只提供在线检索功能，并不开放下载。也可以提交自己的数据。

在检索时，提供了两种检索方式：①基因②癌症

 

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