MCScanX和RIdeogram—同物种不同品系间 共线性分析与可视化

所需软件

blast
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MCScanX
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R包 RIdeogram

流程

比对

#准备两个品系的蛋白序列
makeblastdb -in A.pep.fa -dbtype prot -out A.pep
blastp -query B.fa -db A.pep -outfmt 6 -num_threads 20 -evalue 1e-5 -num_alignments 5 -out A_B.raw.blast 

过滤

identity≥80%，A coverage≥80%，B coverage≥80%
coverage 即 (query.end - query.start +1 )/query.length ≥0.8
（subject.end - subject.start +1 )/subject.length ≥0.8）
过滤后得到A_B.blast

简化gff

#得到A和B简化后的gff，第一列为染色体id，第二列gene id,三四列分别为起始坐标,如下所示
Chr01       A01110	10283   10858
Chr01       A01120     14247   17702
Chr01       A01130     19786   22962
Chr01       A01140     23827   25856
#合并A和B简化后的gff
cat A.gff B.gff > A_B.gff

MCScanX 共线性

#MCScanX会识别以A_B开头的A_B.blast和A_B.gff，切记blast与gff的前缀要保持一致
MCScanX A_B -s 10 #-s 过滤共线区域比较小的bolck

#结果如下
A_B.collinearity #记录了共线性信息
A_B.html #文件夹，不用管

具体结果在这里有详细说明
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RIdeogram 可视化

准备如下两个文件
1.文件 len ,第一列染色体编号，二三列染色体起始位置，第四列染色体填充颜色，第五列物种，第六列可视化后物种名字大小，第七列物种名字填充的颜色

2.第一列A的染色体编号，二三列，具有共线性关系的A的gene_id的起始位置，第四列B的染色体编号，五六列共线性关系的B的gene_id的起始位置，第七列每个染色体填充的颜色
染色体编号须为数值，起始关系根据A_B.collinearity和gff文件可以提出

install.packages("devtools")
library(devtools) #或许需要安装usethis
devtools::install_github('TickingClock1992/RIdeogram')
install.packages("RIdeogram")
ideogram(karyotype = len, synteny = m)#计算处理
convertSVG("chromosome.svg", device = "png")#画图
svg2pdf("chromosome.svg")#svg转成pdf

可视化结果

上面为A
下面为B