从blast数据库中批量下载-Aspera

最近需要下载blast数据库,用wget几十K太慢了,网上搜索后发现有一个数据告诉下载工具Aspera官方网站

参考两篇知乎上两篇文章:Aspera参考1Aspera参考2

在Linux我习惯首先用conda,如果没有conda安装,再考虑安装源码(conda实在太好用了)

(base) [user@localhost blast]$ conda install -y -c hcc aspera-cli
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##
  environment location: /home/user/anaconda3
  added / updated specs:
    - aspera-cli
The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    aspera-cli-3.9.1           |                0        13.9 MB  hcc
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        13.9 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:

  aspera-cli         hcc/linux-64::aspera-cli-3.9.1-0
Downloading and Extracting Packages
aspera-cli-3.9.1     | 13.9 MB   | ####################################################################################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: /
You must agree to the license before using aspera-cli, http://www-03.ibm.com/software/sla/sladb.nsf/displaylis/2ABD3328689EBBFE8525830C007A5F38.                                                                                                                                                                                               done
(base) [user@localhost blast]$ conda install -y -c bioconda sra-tools
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/user/anaconda3

  added / updated specs:
    - sra-tools


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    ncbi-ngs-sdk-2.11.2        | pl5321h629fbf0_1         168 KB  bioconda
    ossuuid-1.6.2              |    hf484d3e_1000          56 KB  conda-forge
..........
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done

到此就安装好了,我们要找一下安装的具体位置:

# 在root用户下搜索
(base) [root@localhost blast]# find / -name aspera
/home/user/anaconda3/pkgs/aspera-cli-3.9.1-0/bin/aspera
/home/user/anaconda3/bin/aspera
# 找到asperaweb_id_dsa.openssh文件、路径,后面下载文件时要用
(base) [root@localhost blast]# ll /home/user/anaconda3/pkgs/aspera-cli-3.9.1-0/etc/
total 232
-rw-rw-r-- 2 user user    111 Oct  7  2019 aspera.conf
-rw-rw-r-- 2 user user   1595 Oct  7  2019 aspera-license
-rw-rw-r-- 2 user user   3326 Oct  7  2019 aspera_tokenauth_id_rsa
-rw-rw-r-- 2 user user    668 Oct  7  2019 asperaweb_id_dsa.openssh
-rw-rw-r-- 2 user user    806 Oct  7  2019 asperaweb_id_dsa.putty
-rw-rw-r-- 2 user user 215556 Oct  7  2019 curl-ca-bundle.crt
(base) [root@localhost blast]# ll /home/user/anaconda3/pkgs/aspera-cli-3.9.1-0/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

下载数据库里的文件,体验一下高速下载,下载速度超快

(base) [user@localhost blast]$ ascp -i /home/user/anaconda3/pkgs/aspera-cli-3.9.1-0/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 200M -k 1 -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/nr.00.tar.gz .
nr.00.tar.gz                            0%  105MB  166Mb/s    23:14 ETA
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### 回答1: NCBI-BLAST-2.13.0-win64是一种基于谷氨酰胺脲和其他生物信息学技术的序列比对软件包。这个软件被广泛用于分析DNA,RNA和蛋白质序列,使得比对过程能够更加快速精确。该软件包含了多个工具,如核酸和蛋白质序列比对,重排序,序列相似性搜索,基于模板的序列比对等。 NCBI-BLAST-2.13.0-win64具有许多特性和功能,例如可以查询各种序列数据库,对于不同的序列类型具有不同的比对策略,可以进行加速计算和多进程处理,支持多种输出格式,可以进行本地安装等等。此外,其还具有自定义参数和调整比对参数等高级设置。 该软件包已经成为生物医学研究的重要工具之一,用于生物数据处理、统计学分析以及建立模型和预测。NCBI-BLAST-2.13.0-win64能够帮助研究人员更好的理解生物序列之间的相似性,从而推断其功能和进化关系。这对于进行生物大数据分析和快速挖掘生物信息,为生物医学研究提供更多帮助的重要性无法忽视。 ### 回答2: NCBI-BLAST-2.13.0 -win64 是一款开源软件,是 National Center for Biotechnology Information (NCBI) 提供的序列比对工具之一。该软件适用于 Windows 64 位操作系统,可以在命令行下运行。其BLAST 是 Basic Local Alignment Search Tool 的缩写,指的是基本局部比对搜索工具,常用于在大量的生物序列寻找相似的序列。 NCBI-BLAST-2.13.0 -win64 支持多种输入文件格式,包括 FASTA、GenBank、EMBL 等。它可以对两种或多种序列之间进行 BLAST 分析,查找它们之间的相似性和差异性。与其他序列比对软件相比,NCBI-BLAST-2.13.0 -win64 具有高速度、高准确度、灵活性等特点。此外,它也可以进行多种参数的自定义设置,以适应不同的比对需求。 总之,NCBI-BLAST-2.13.0 -win64 是一款强大的生物信息学工具,可以帮助研究者在大量的生物序列数据寻找相似的序列,从而推测它们的结构、功能、演化关系等重要信息,为生物学研究提供有力支持。 ### 回答3: ncbi-blast-2.13.0 -win64是一个基于NCBI平台开发的Blast程序的版本号,在Windows操作系统下可用。Blast是一种用于生物信息学研究的算法,用于比对和分析DNA、RNA和蛋白质序列。NCBI-Blast是由美国国家医学图书馆(National Library of Medicine)所提供的一个全球著名的互联网爬虫、文献检索和生物信息资源的网站。NCBI-Blast提供了多个版本,用于不同的平台和操作系统。NCBI-Blast-2.13.0 -win64是专门为Windows 64位操作系统设计开发的版本。它具有以下特点:可以快速比对大规模的DNA、RNA和蛋白质序列;提供多种比对算法,可以根据需要选择适合的算法;支持本地计算机和远程服务器,方便用户按照不同的需求进行使用。总之,NCBI-Blast-2.13.0 -win64是专门为方便Windows 64位用户利用Blast算法比对和分析生物序列而开发的一个工具,可以极大地提高生命科学研究的效率。

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