gmx构建初始模拟体系

1. 把蛋白A、蛋白B、DNA-C三个组分，按照B-A-C这种夹心的空间结构放置到一起，使用方法：

gmx editconf -f proteinB.gro -o proteinB-box.gro -box 15 15 40 -center 7 7 7
gmx editconf -f proteinA.gro -o proteinA-box.gro -box 15 15 36 -center 7 7 19
gmx editconf -f DNA.gro -o DNA-box.gro -box 15 15 40 -center 7 7 31
cat proteinB-box.gro proteinA-box.gro DNA-box.gro >> complex.gro	# cat之后要修改complex.gro中的内容
#添加溶剂
gmx solvate -cp complex.gro  -p topol.top -o solv.gro
# 可以用vmd观看三者的相对位置是否是符合我们的要求

2. 构建多离子体系

gmx insert-molecules -ci A_GMX.gro -box 8 8 8 -nmol 20 -o A-box.gro
gmx solvate -cp A-box.gro -p topol.top -o solv.gro
gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 2
gmx genion -s ions.tpr -p topol.top -o solv-CA.gro -pname CA -np 50
gmx grompp -f ions.mdp -c solv-CA.gro  -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 2
gmx genion -s ions.tpr -p topol.top -o solv-CA-MG.gro -pname MG -np 20
gmx grompp -f ions.mdp -c solv-CA-MG.gro   -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 2
gmx genion -s ions.tpr -p topol.top -o solv-CA-MG-Cl.gro -nname CL -nn 100