MRI学习笔记-ROI分析

linly1219

已于 2024-01-21 15:14:00 修改

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文章标签：学习笔记 matlab

于 2024-01-18 21:45:19 首次发布

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fMRI小技巧:如何创建兴趣区(Region of Interest, ROI) in AFNI/SPM_哔哩哔哩_bilibili

marsbar定制ROI及基于spm的脑结构ROI分析_哔哩哔哩_bilibili

MarsBar教程_marsbar安装包-CSDN博客

以下教程参照以上链接

1 marsbar各个界面具体意义介绍

View… ：在结构图像上显示一个或多个ROI。
Get SPM cluster（s）：使用SPM的显示结果界面去选择并可以保存选择的激活族群作为ROIs。
Build：提供用于定义ROIs各种方法的界面(使用形状、框、球、激活群集和二进制图像。)
Transform：提供一个GUI，用于组合ROI，并将ROI的方向翻转到大脑的右侧或左侧。
Import：允许将所有SPM激活作为ROI，或从群集图像（如SPM结果界面中所写入的图像）中导入ROI，或从ROI定义的图像中导入ROI。
Export：把ROI写成图像用于其他软件包，例如MRIcro。

design菜单提供了创建、估计、处理spm/MarsBaR设计。每个选项的含义为：
Show default design summary：在spm图形窗口中显示当前加载的设计摘要。
set design from file：会让你选择一个.mat的文件，并将它加载到MarsBaR中。加载进来的文件会成为默认的design，MarsBar将假定您要使用此设计工作，除非你通过加载不同的.mat文件来告知它。
Save design to file：将会保存当前的设计为一个文件。
Set design from estimated：当marsbar估计一个design时，它会将估计的design存储在内存中。有时，使用这个估计的design并将其设置为默认设计是有用的，以便能够使用这些菜单选项中的各种来检查设计。
PET models,FMRI models,and BAsic models：将使用SPM设计程序进行设计，并将其存储在内存中作为默认设计。
Explore：运行spm界面，用于审查和扫描设计。
Frequencies（event+data）：可用于fmri设计。该选项提供了ROI数据中的频率图和特定fMRI事件的设计回归器。这将允许你选择一个高通滤波器，它不会移除设计中的大部分频率，但会去除数据中的低频，而这些数据通常是由噪声主导的。
Add images to FMRI design：允许你为尚未包含图像的fMRI设计指定图像。SPM和MarsBar可以在没有图像的情况下创建fMRI设计。如果要使用design提取数据（请参见下面），您可能希望使用此菜单项将图像添加到设计中。
Add/edit filter for FMRI design：提供用于指定高通和可能(SPM 99)低通滤波器的菜单选项，以及自相关选项(SPM 2及更高版本)。
check images in the design：查找设计中的图像名称，并简单检查磁盘上是否存在这些名称，在MATLAB控制台窗口中打印一条消息。使用保存的SPM设计的一个常见问题是，设计中指定的图像已经移动或删除。此选项是查看已发生的有用检查。
Change path to image：允许您更改保存在SPM设计中的图像文件名的路径，以处理自设计保存以来图像已移动的情况。
Convert to unsmoothed：获取设计中的图像名称，并对它们进行更改，以便它们引用相同图像的未平滑版本–实际上它只是从文件名中删除了“s”前缀。当您想要使用最初运行在平滑图像上的spm设计时，这是非常有用的，但是您的ROI非常精确，因此您希望避免对平滑的数据运行ROI分析。在你的ROI中模糊不想要的信号。

Extract ROI data(default)：获取一个或多个ROI文件和设计，并在设计中的所有图像中提取ROI内的数据。对于默认设计，MarsBar将数据存储在内存中，以便进一步使用。
Extract ROI data(full options)：允许您指定要从其中提取数据的任何图像集，并将为您提供用于提取数据的所有图像缩放选项。
Default region…：当您为多个ROI提取数据时，这将非常有用。在这个例子里，您可能需要限制绘图功能(下面)只查看其中一个区域；您可以设置与此选项一起使用的区域。如果您没有指定，Mars BaR将假设您想查看所有区域。
Plot data(simple)：绘制ROI数据到SPM图形窗口的时间历程曲线。绘图数据（完整）具有用于在绘图之前使用SPM设计过滤器过滤数据的选项，以及其他类型的绘制图，例如作为自相关系数的频率曲线或曲线。
Import data：允许您导入用于从MATLAB、文本文件或电子表格进行分析的数据。同理，Export data可以将数据导出到MATLAB变量、文本文件或电子表格。
Split regions into files：在您从多个ROI中提取数据的情况下是有用的，但您要使用来自这些ROI中的一个ROI的数据进行估计。
Merge data files：通过将一系列ROI数据文件与多个ROI数据文件一起转换成一组数据，从而逆转上述拆分文件的过程。
Set data from file：将向MarsBar请求一个数据文件（默认后缀_mdata.mat），并将其加载到内存中作为当前数据集。
Save data to file：将将当前数据集保存到MarsBar数据文件中。
Show data summary：将一些摘要文本输出到SPM图形窗口。

Estimate results：采用默认设计和ROI数据，并估计模型。MarsBar将所估计的结果存储在内存中，作为要估计的设计。
Import contrasts：提供一个界面，供您从其他分析中选择对比，并将它们导入当前分析的对比列表中。
Refresh F contrasts：如果已将MarsBar设置为不刷新F对比度（请参阅选项：Statistic：Load updates F contrasts），那么可以使用此菜单选项刷新对比度。
Add trial specific F：将为每个试验和每个部分添加F对比度，如果没有的话。
Default contrast：将设置一个对比度作为此菜单上其他选项去默认使用，例如marsbar SPM图形的绘图功能。
Default region：适用于当前结果有多个区域的情况。它将从数据中选择一个区域以用于分析和绘图。
Plot residuals：从模型中提出各种残差图，以检查是否违反了假设或主要的异常值。
MarsBaR SPM graph：使用SPM绘图函数绘制参数估计、拟合和调整响应、事件或块相关响应估计等的对比图。
Statistic table：显示所选对比的各种统计数据。
% signal change：将会显示单个事件的百分比信号变化的估计值。
Set results from file：允许您选择要查看的结果。当您在marsbar中估计模型时，程序将自动将新结果设置为“结果”菜单的最新结果。如果你想分析一些其他的MarsBar结果，您可以使用此选项来选择和加载其他分析文件。marsbar估计结果的默认文件后缀是_mres.mat。
Save results to file：将当前估计结果（包括用于估计的数据）保存到磁盘上。