记录贴---解决一个使用orthofinder时遇到的小问题

记录贴—解决一个使用orthofinder时遇到的小问题

本人生信小白(连linux都不会的小白),最近想要做基因家族分析才开始接触orthofinder,小问题遇到很多,今天很开心解决了一个小问题,记录一下快乐的心情(估计大佬们看到要笑我了,大佬勿看)
#使用orthofinder时遇到了如下问题
$ orthofinder -h
Traceback (most recent call last):
File “/pub/anaconda3/bin/orthofinder”, line 3, in
from scripts_of.main import main
File “/pub/anaconda3/bin/scripts_of/main.py”, line 42, in
from scipy.optimize import curve_fit # install
#其实这已经在提示我安装curve_fit了,但我弄了很久才明白-_-
$ pit install curve_fit
安装时可能会出现这种情况,重新安装就好(这可能是因为什么原因导致下载中断,因此最好守着点这个下载)
#这个安装好后,会有一系列的插件自动下载,等待下载好即可。
$ pip install curve_fit
#下面是一些下载的流程(无需手动,只是再次记录一下)
Using cached curve_fit-0.0.5.tar.gz (1.9 kB)
Colle

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OrthoFinder是一种常用的基于直系同源基因构建物种树的工具,它可以高效地从大规模的基因组数据中找到同源基因,进而构建物种树。下面是利用OrthoFinder进行物种树构建的基本步骤: 1. 数据预处理:将待分析的多个物种的基因组数据进行处理,包括基因注释、去除低质量序列、去重、序列比对、格式转换等。 2. 安装和运行OrthoFinder:安装OrthoFinder并按照指导文档进行运行OrthoFinder的输入文件为每个物种的蛋白质序列文件,输出文件为每个同源基因簇的序列文件和一个物种树文件。 3. 同源基因簇的筛选:根据OrthoFinder输出的同源基因簇的序列文件,筛选出包含所有物种的同源基因簇,并将其进行多序列比对和序列编辑。 4. 构建进化距离矩阵:根据同源基因簇的多序列比对结果,利用序列编辑软件计算不同物种之间的进化距离,并将其记录一个进化距离矩阵中。 5. 构建系统发育树:将进化距离矩阵作为输入,使用系统发育树构建软件构建物种树。 6. 验证树的可靠性:对于构建出来的物种树,需要进行Bootstrap方法、Jackknife方法等进行可靠性验证。 以上是利用OrthoFinder进行物种树构建的基本步骤。需要注意的是,OrthoFinder的结果可能会受到多个因素的影响,如同源基因筛选的严格程度、序列比对的准确性、进化距离计算的方法等。因此,需要进行多次分析和验证,以得到可靠的结果。

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