教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]

写在前面

基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。相比于几年前火爆的通过转录组测序挖掘生物学问题策略，通过基因组，尤其是比较基因组分析，往往可以给我们带来更多确定性结果，如相比于近源物种A为何物种B的果皮更红？这完全有可能是特定家族成员扩张导致。这些问题，转录组常常无法告诉我们，而基因组可以。接下来推出两份教程，来自课题组成员的投稿。我个人感觉还不错。与大伙一起学习。

同源基因分析介绍

开展生物信息数据分析的关键，并不在于软件使用，而在于了解自己在做什么。我们先厘清一些概念。
Q：什么是同源基因？

A：同源基因（homologs）主要分为直系同源（orthologs）和旁系同源（paralogs）。在远古时候，祖先物种只带有一个珠蛋白基因（early globin genes），经过N年的环境选择，现存的物种都具有两个珠蛋白基因，分别为α-链和β-链的类型。青蛙-人类-鼠的α-链球蛋白基因，三个并称为直系同源基因，而蛙的α链和β链球蛋白基因则称作旁系同源基因。
Q: 同源基因分析可以做什么？
A: 较短时间下，获得同源基因集合（Orthogroups）和 有根物种树（基于Orthogroups内基因推断的）的信息。具有这些信息，后续可以