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最新推荐文章于 2024-09-01 08:08:48 发布
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分类专栏： 生物信息工具 文章标签： blast
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本文链接：https://blog.csdn.net/m0_48922254/article/details/110141947
版权

https://github.com/seqan/lambda/wiki/BLAST-Output-Formats

http://scikit-bio.org/docs/0.5.4/generated/skbio.io.format.blast6.html

https://seqan.readthedocs.io/en/master/Tutorial/InputOutput/BlastIO.html

http://www.metagenomics.wiki/tools/blast/blastn-output-format-6

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BLAST:BLAST算法
06-16
序列对齐 C 中的 Smith-Waterman 和 Needleman-Wunsch 对齐 关于 最佳局部（Smith-Waterman）和全局（Needleman-Wunsch）对齐算法的C实现。 编写快速，便携且易于使用。 命令行实用程序smith_waterman和needleman_wunsch提供了极大的灵活性。 代码也可以很容易地包含在第三方程序中，有关示例，请参见nw_example/和sw_example/目录。 还包括 perl 模块，为程序提供 perl API。 特征： 对齐任何一对 ASCII 序列（DNA、蛋白质、单词等） 指定比对评分系统或选择一个通用评分系统（BLOSUM 等） 指定与给定分数匹配任何字符的通配符 对齐--nomismatches匹配 ( --nomismatches )，或无间隙 ( --nogaps ) 与局部和全局对齐。 当两者
生信入门：序列比对之blast在线和本地使用
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m0_46757774的博客
04-02 3万+
主要内容 1 背景 2 在线blast 3 本地blast 3.1 老版本blast 3.2 新版本blast 背景 序列比对（Sequence Alignment）的基本问题是比较两个或两个以上序列的相似性。 blast作为一种序列相似性比对工具，是生物信息分析最常用的一款软件，必须掌握。不管是做两序列相似性的简单比对，还是引物特异性、序列的来源等个性化分析，都会用到blast比对。许...
Blast 开源项目使用教程
gitblog_00900的博客
09-01 392
Blast 开源项目使用教程 blastBlast is a simple tool for API load testing and batch jobs项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/blast1/blast 1. 项目的目录结构及介绍 blast/ ├── cmd/ │ ├── blastd/ │ │ └── main.go │ └─...
本地版BLAST使用
续起大胡子
12-03 1252
BLAST使用过程记录
生物学经典blast比对算法，R语言和Python如何实现？
青笋的博客
05-26 3156
做生物的同学肯定听说过blast比对这个方法，一般在NCBI等网站上可以在线进行比对，也可以在本地服务器进行比对，那么blast算法究竟是怎么实现对不同序列的比对呢？在比对过程中，BLAST算法使用一种称为K-mer的技术，将查询序列和数据库序列分成长度为K的小片段，然后将这些小片段进行比对。将查询序列和数据库序列分别转换为碱基对应的数字编码，例如A表示为1，C表示为2，G表示为3，T表示为4。如果两个小片段具有相似的序列，BLAST算法就会将它们合并成更长的序列，以便进行更准确的比对。
如何搭建一个网页版的BLAST服务器
xxxxx
12-20 3617
如何搭建一个网页版的BLAST服务器 胖丫今天跟我说：“师兄，再来给我调调网络呗？公共BLAST服务器太慢了，半天刷新不出来！”我说：“我们这是百兆宽带到桌面，刷新慢不是网络的问题，是你离人家的服务器太远了！L”胖丫一脸委屈的说：“要不我去人家有服务器的实验室申请个博士读读？”。“……” 不知道大家平时用公共BLAST服务器时有没有遇到刷新慢的问题？或者想比对一些公共数据库中没有的
本地Blast软件2.2.25
02-21
本地blast软件，可以不用联网将待比对的序列与本地数据库中的序列进行比对，可以比对核酸和蛋白等序列。
BLAST 本地安装教程
09-26
### BLAST 本地安装教程 #### 一、BLAST简介 BLAST，全称为“基本局部对比搜索工具”（Basic Local Alignment Search Tool），是由美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information, ...
Windows下本地blast安装方法.docx
07-06
### Windows下本地Blast安装方法详解 #### 一、引言 本地BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是在计算机科学领域内广泛使用的一种用于比对生物序列（如DNA或蛋白质序列）的工具。通过本地安装BLAST，研究...
本地化blast及应用测试.pdf
11-12
下载本地化blast软件需要访问官方网站，选择合适的版本，并下载安装包。 2.2 安装 安装本地化blast软件需要按照提示进行安装，选择安装目录，并设置环境变量。 2.3 配置 配置本地化blast软件需要设置数据库路径...
本地blast.doc
11-22
这是生物基因序列对比软件 值得
mimo系统中blast原理源代码
12-16
在mimo仿真系统中，blast原理以及源代码
Blast
10-25
Blast
V-Blast MATLAB代码
08-15
V-Blast MATLAB代码；程序可以运行，但是误码率比较高，在这里跟大家分享了。
Alignment--本地blast使用详解1-数据库序列检索下载及比对
qq_39859424的博客
11-27 5346
是一篇来自2018年10月7日的笔记。当时做了一批土壤氨氧化细菌(AOA/AOB)的amoA基因的克隆测序，需要对测序结果进行批量鉴定。为了节省时间，自学了blast本地比对，当时还使用的blast-2.7.1+版本。现在随意从NCBI下载了一些序列，重现并更新一下笔记。 一、软件安装 现在是ncbi-blast-2.12.0+版本，下载网址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/。 # Linux下载 wget
BLAST深入源码剖析
liaosongmao1的专栏
02-21 254
进行queue动作完成后，紧接着就是runInSync执行，这个方法参数非常关键，代表是一个同步事务等待同步后进行回调执行的部分，而且这个时候会有一个Transaction的参数，里面就包含了相关WindowContainer的绘制相关事务。注意对于prepareSync属于WindowContainer的基类方法，Task没有实现那就是默认WindowContainer实现的，所以一直会调用到有自己实现的WindowState的。
NCBI BLAST工具本地化
MySwingsnow的博客
08-16 1835
本文主要介绍NCBI BLAST如何在Linux（Ubuntu）环境下实现本地化
blast如何比对染色体，具体操作代码
weixin_35749440的博客
01-17 314
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种用于比对 DNA 和蛋白质序列的工具。要使用 BLAST 比对染色体，首先需要准备好要比对的染色体序列文件。然后可以使用以下步骤进行比对： 进入 NCBI 的 BLAST 网站(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)。 选择“blastn”，表示要使用 nucleot...
viroblast搭建blast网页
little^raccoon
10-23 2270
因为数据库中需要有blast功能，我们在网上搜到有viroblast，Sequenceserver 等开源的码可以用。viroblast是PHP写的，所以打算直接拿来用，然后改一下前端（捂脸，狗头） 感谢小麦研究联盟和基因课 本文记录仅作为little_raccoon的实验记录 安装apache2 服务器 sudo apt-get install apache2 /var下会有/var...
linux本地blast建库
最新发布
10-16
Linux本地BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）建库通常是指创建蛋白质或核酸序列数据库的过程，以便后续进行序列比对查询。以下是基本步骤： 1. **下载或生成序列**：首先，你需要有你要建立数据库的序列...
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