blast如何比对染色体，具体操作代码

最新推荐文章于 2024-02-21 16:13:27 发布
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BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种用于比对 DNA 和蛋白质序列的工具。要使用 BLAST 比对染色体，首先需要准备好要比对的染色体序列文件。然后可以使用以下步骤进行比对：

  1. 进入 NCBI 的 BLAST 网站(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)。
  2. 选择“blastn”，表示要使用 nucleotide-nucleotide BLAST 进行比对。
  3. 在“Enter query sequence”部分，选择“Upload a file”，并上传要比对的染色体序列文件。
  4. 在
永远的12
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V-Blast MATLAB代码
08-15
V-Blast MATLAB代码；程序可以运行，但是误码率比较高，在这里跟大家分享了。
染色体比对用什么软件
weixin_35755823的博客
01-17 136
染色体比对常用软件有: MUMmer, BLAST, LAST, nucmer, promer等。
使用RaGOO进行基因组辅助组装
xuzhougeng blog
05-19 2677
RaGOO 将染色体从contig/scaffold水平提升到chromosome水平是组装的最终目标。我们通常使用遗传图谱，光学图谱，HiC这些技术提供的信息将contig进行排序连接。 如果你组装的物种刚好有一个近源物种甚至说是同一物种，那其实我们可以直接将我们的contig比对到该基因组上，根据其提供的位置信息，将我们的contig/scaffold提高到染色体水平。RaGOO就...
BLAST:BLAST算法
06-16
序列对齐 C 中的 Smith-Waterman 和 Needleman-Wunsch 对齐 关于 最佳局部（Smith-Waterman）和全局（Needleman-Wunsch）对齐算法的C实现。 编写快速，便携且易于使用。 命令行实用程序smith_waterman和needleman_wunsch提供了极大的灵活性。 代码也可以很容易地包含在第三方程序中，有关示例，请参见nw_example/和sw_example/目录。 还包括 perl 模块，为程序提供 perl API。 特征： 对齐任何一对 ASCII 序列（DNA、蛋白质、单词等） 指定比对评分系统或选择一个通用评分系统（BLOSUM 等） 指定与给定分数匹配任何字符的通配符 对齐--nomismatches匹配 ( --nomismatches )，或无间隙 ( --nogaps ) 与局部和全局对齐。 当两者
生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明
zrc_xiaoguo的博客
10-30 5608
Blast是一种基于序列比对的分析工具，可以用于寻找生物序列之间的同源性，它的全称是Basic Local Alignment Search Tool。Blast有多种版本和用途，最常见的是基于Web的Blast和本地安装的Blast程序。Web版Blast可以直接在NCBI网站上使用，而本地安装的Blast程序需要下载和安装在计算机上。Blast的使用流程一般为输入一个查询序列，与数据库中的序列进行比对，输出比对结果。
BLAST深入源码剖析
最新发布
liaosongmao1的专栏
02-21 214
进行queue动作完成后，紧接着就是runInSync执行，这个方法参数非常关键，代表是一个同步事务等待同步后进行回调执行的部分，而且这个时候会有一个Transaction的参数，里面就包含了相关WindowContainer的绘制相关事务。注意对于prepareSync属于WindowContainer的基类方法，Task没有实现那就是默认WindowContainer实现的，所以一直会调用到有自己实现的WindowState的。
Blast
10-25
Blast
mimo系统中blast原理源代码
12-16
在mimo仿真系统中，blast原理以及源代码
生物学经典blast比对算法，R语言和Python如何实现？
青笋的博客
05-26 2948
做生物的同学肯定听说过blast比对这个方法，一般在NCBI等网站上可以在线进行比对，也可以在本地服务器进行比对，那么blast算法究竟是怎么实现对不同序列的比对呢？在比对过程中，BLAST算法使用一种称为K-mer的技术，将查询序列和数据库序列分成长度为K的小片段，然后将这些小片段进行比对。将查询序列和数据库序列分别转换为碱基对应的数字编码，例如A表示为1，C表示为2，G表示为3，T表示为4。如果两个小片段具有相似的序列，BLAST算法就会将它们合并成更长的序列，以便进行更准确的比对。
anchorwave进行复杂基因组比对（1）
m0_69603624的博客
08-15 1461
anchorwave能够进行敏感且准确的基因组比对。本文以斑马鱼和金鱼为例进行基因组比对，他们之间存在全基因组加倍，染色体重排等，anchorwave表现出较好的比对效果。
Science发布基因组比对革新技术：泛基因组学映射工具Giraffe
悟道西方
01-17 1261
目前，基因测序普遍使用的DNA测序仪主要基于短读长测序技术，在获得基因组序列片段后，将其映射到参考基因组序列中来确定染色体位置，识别出其与基因组参照的差异。但完全依赖单一参考序列来鉴别具有...
实验记录 | 为什么mtDNA的fastq数据会比对到常染色体上？
weixin_40640700的博客
07-25 1502
刚刚验证了一下，原始的数据文件并没有弄错。 因为又从sra数据库中下载了这个文件，比对了作者提供的数据和我们下载解压后的数据，发现是同样的大小，因此，从原始数据层面可以控制是一致的。 Source name ATCC Organism Homo sapiens Characteristics cell line: TF1 cell type: hematopoietic cell line clone id: G10 Treatment protocol NA Growth protocol R
BLAST原理和用法总结（一）
withbeginner的博客
04-12 1万+
linux生物信息技术课程笔记
生物信息学（3）——双序列比对之BLAST算法简介
baidu_41860619的博客
06-20 1万+
1. BLAST算法简介 动态规划算法如生物信息学（1）与生物信息学（2）两篇提到的NW与SW算法肯定能得到最优解（最优分为全局最优与局部最优），但是要计算一个庞大的得分矩阵。随着序列的增长，复杂度会平方级别的升高。因此，时间开销和空间开销就会很大。动态规划需要计算出(seq1+1)×(seq2+1)大小的矩阵，但绝大多数数字其实在回溯时是没有用到的，如果能够只计算最终回溯路径附近的一些单元的话，与整个矩阵全部算完，效果近似。 从一个局部来启发，找到一个方法贴近回溯路径，即找到大概会在什么地方匹配，然后顺着
BLAST使用
Doris_xixi的博客
04-23 9178
一、介绍全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查的序列（称为query）在database中搜索，每一条query与database中的每一条subject都要进行双序列比对，从而得出全部比对结果。Blast是一...
blast java_Blast在windows下的使用过程
weixin_30213477的博客
02-25 747
2.1在c盘下建立三个包移动到blast有bin的包下，输入blastn -version来看是否安装成功2.2创建db这个最后一个出问题了，它提示我File nr does not exist，然而我的nr文件是存在的。后来发现nr必须有文件后缀。(nr.fasta是要建成数据库的文件)(建库命令:makeblastdb -in nr.fasta -dbtype prot -title "nr"...
BLAST-动态规划算法
生物信息学专栏
02-02 7122
BLAST是Basic Local Alignment Search Tool的缩写，它是生物信息学中最常用的工具，工作中每天都会用到。今天闲来无事，自己用java写了一段代码来实现这一功能。 算法思想很简单，利用动态规划，全局的最优解即所有局部的最优解的集合。代码里两个碱基若匹配得1分，不匹配和空位（对应碱基的插入或缺失）都会罚1分，这是最简单的打分函数，实际的要远比这复杂，这里不做讨论。
这或许是我写的最全的BLAST教程
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xuzhougeng blog
09-07 1万+
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda isntall perl-digest-md5 BLAST的主要理念 ...
python使用本地blast
wwwddd777的博客
07-14 1937
python 利用Bio.Blast.Applications 完成类似命令行的本地blast biopython中常用的blast，包括其说明书（链接）中都没有介绍如何建立本地数据库。 然而，由于我们在工作中可能会需要进行本地blast，并且利用本地建立的数据库作为使用。要从程序中跳出去，要求用户自己在cmd命令行中输入blast的语句，会显得程序十分不完善。 因此，博主查阅了很多方法，最终找到了一个最有效的调用库的方法。 本文将包含两种类型的思路（虽然只有第二个思路走通了，但是博主认为第一种方法更加灵活
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