GROMACS基础教程与自动化脚本使用说明
GROMACS基础操作
GROMACS是一个复杂的分子动力学模拟软件,用于模拟生物大分子的物理运动。以下是一些基本的GROMACS操作步骤:
安装GROMACS
GROMACS的安装通常需要满足一定的硬件和软件环境,具体安装步骤可以参考官方文档。
运行模拟
- 系统初始化:使用
pdb2gmx
工具生成所需的拓扑文件。 - 盒子设置:利用
editconf
定义模拟盒子的形状和大小。 - 添加溶剂:使用
solvate
将蛋白质放入溶剂盒中。 - 添加离子:使用
genion
替换溶剂分子以中和系统的电荷。 - 能量最小化:运行能量最小化以稳定系统。
- 等温等压预平衡:进行NVT和NPT平衡,确保系统温度和压力稳定。
- 生产MD模拟:执行最终的分子动力学模拟。
能量最小化
在正式的动力学模拟前,先进行能量最小化以消除不合理的原子间距。这一步使用grompp
来生成输入文件,然后用mdrun
执行能量最小化。
等温等压(NPT)和等体积等温(NVT)平衡
在能量最小化后,先进行NVT(恒体积、恒温度)平衡,然后进行NPT(恒压力、恒温度)平衡以达到物理状态的平衡。
生产模拟
完成所有预处理步骤后,进行最终的生产模拟,这通常涉及长时间的动力学模拟。
数据分析
模拟完成后,GROMACS提供了多种工具进行结果分析,如gmx rms
、gmx rmsf
、gmx gyrate
等,用于计算蛋白质的均方根偏差、均方根波动、回转半径等。
自动化脚本使用说明
以下是针对GROMACS的自动化脚本示例,该脚本包括了从系统初始化到执行生产MD模拟的全部步骤:
#!/bin/bash
# 脚本用于自动化GROMACS模拟流程
filepath="xxx"
for replacement in xxx, xxx
do
current_path="${filepath}${replacement}"
cd "$current_path"
gmx pdb2gmx -ignh -ff amber99sb-ildn -f fws.pdb -o fws.gro -p fws.top -water tip3p
gmx editconf -f fws.gro -o fws-PBC.gro -bt dodecahedron -d 1.2
gmx grompp -f em-vac-pme.mdp -c fws-PBC.gro -p fws.top -o em-vac.tpr -maxwarn 1
gmx mdrun -v -deffnm em-vac
gmx solvate -cp em-vac.gro -cs spc216.gro -p fws.top -o fws-b4ion.gro
gmx grompp -f em-sol-pme.mdp -c fws-b4ion.gro -p fws.top -o ion.tpr -maxwarn 1
echo 14 | gmx genion -s ion.tpr -o fws-b4em.gro -neutral -conc 0.15 -p fws.top
gmx grompp -f em-sol-pme.mdp -c fws-b4em.gro -p fws.top -o em-sol.tpr
gmx mdrun -v -deffnm em-sol
gmx grompp -f nvt-pr-md.mdp -c em-sol.gro -r em-sol.gro -p fws.top -o nvt-pr.tpr
gmx mdrun -deffnm nvt-pr
gmx grompp -f npt-pr-md.mdp -c nvt-pr.gro -r nvt-pr.gro -p fws.top -o npt-pr.tpr
gmx mdrun -deffnm npt-pr
gmx grompp -f npt-nopr-md.mdp -c npt-pr.gro -p fws.top -o npt-nopr.tpr -maxwarn 1
if [ ! -f "${current_path}/npt-nopr.log" ]; then
gmx mdrun -deffnm npt-nopr -nb gpu -ntmpi 1
else
last_two_words=$(tail -n 2 "${current_path}/npt-nopr.log" | head -n 1 | awk '{print $1" "$2}')
if [ ! "$last_two_words" = "Finished mdrun" ]; then
gmx mdrun -s npt-nopr.tpr -cpi npt-nopr_prev.cpt -deffnm npt-nopr -nb gpu -ntmpi 1
fi
fi
echo 0 0 | gmx trjconv -f npt-nopr.trr -s npt-nopr.tpr -o npt-nopr.xtc -pbc nojump -ur compact -center
echo 4 4 | gmx rms -s npt-nopr.tpr -f npt-nopr.xtc -o fws-bkbone-rmsd.xvg
echo 4 | gmx rmsdist -s npt-nopr.tpr -f npt-nopr.xtc -o distrmsd.xvg
echo 1 | gmx rmsf -s npt-nopr.tpr -f npt-nopr.xtc -b 50000 -o fws-rmsf.xvg -ox fws-avg.pdb -res
echo 1 | gmx sasa -s npt-nopr.tpr -f npt-nopr.xtc -o area.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvg
mkdir "${current_path}/${replacement}"
cp "${current_path}"/*.xvg "${current_path}/${replacement}"
done
该脚本依次执行了多个GROMACS命令,包括构建初始结构、添加溶剤、进行能量最小化和平衡以及生产模拟等步骤。通过此脚本,可以大大简化分子动力学模拟的复杂过程。
结束语
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