GROMACS基础教程与自动化脚本使用说明

GROMACS基础教程与自动化脚本使用说明

GROMACS基础操作

GROMACS是一个复杂的分子动力学模拟软件，用于模拟生物大分子的物理运动。以下是一些基本的GROMACS操作步骤：

安装GROMACS

GROMACS的安装通常需要满足一定的硬件和软件环境，具体安装步骤可以参考官方文档。

运行模拟

1. 系统初始化：使用pdb2gmx工具生成所需的拓扑文件。
2. 盒子设置：利用editconf定义模拟盒子的形状和大小。
3. 添加溶剂：使用solvate将蛋白质放入溶剂盒中。
4. 添加离子：使用genion替换溶剂分子以中和系统的电荷。
5. 能量最小化：运行能量最小化以稳定系统。
6. 等温等压预平衡：进行NVT和NPT平衡，确保系统温度和压力稳定。
7. 生产MD模拟：执行最终的分子动力学模拟。

能量最小化

在正式的动力学模拟前，先进行能量最小化以消除不合理的原子间距。这一步使用grompp来生成输入文件，然后用mdrun执行能量最小化。

等温等压（NPT）和等体积等温（NVT）平衡

在能量最小化后，先进行NVT（恒体积、恒温度）平衡，然后进行NPT（恒压力、恒温度）平衡以达到物理状态的平衡。

生产模拟

完成所有预处理步骤后，进行最终的生产模拟，这通常涉及长时间的动力学模拟。

数据分析

模拟完成后，GROMACS提供了多种工具进行结果分析，如gmx rms、gmx rmsf、gmx gyrate等，用于计算蛋白质的均方根偏差、均方根波动、回转半径等。

自动化脚本使用说明

以下是针对GROMACS的自动化脚本示例，该脚本包括了从系统初始化到执行生产MD模拟的全部步骤：

#!/bin/bash
# 脚本用于自动化GROMACS模拟流程
filepath="xxx"

for replacement in xxx, xxx
do
    current_path="${filepath}${replacement}"

    cd "$current_path"
    gmx pdb2gmx -ignh -ff amber99sb-ildn -f fws.pdb -o fws.gro -p fws.top -water tip3p
    gmx editconf -f fws.gro -o fws-PBC.gro -bt dodecahedron -d 1.2
    gmx grompp -f em-vac-pme.mdp -c fws-PBC.gro -p fws.top -o em-vac.tpr -maxwarn 1
    gmx mdrun -v -deffnm em-vac
    gmx solvate -cp em-vac.gro -cs spc216.gro -p fws.top -o fws-b4ion.gro
    gmx grompp -f em-sol-pme.mdp -c fws-b4ion.gro -p fws.top -o ion.tpr -maxwarn 1
    echo 14 | gmx genion -s ion.tpr -o fws-b4em.gro -neutral -conc 0.15 -p fws.top
    gmx grompp -f em-sol-pme.mdp -c fws-b4em.gro -p fws.top -o em-sol.tpr
    gmx mdrun -v -deffnm em-sol
    gmx grompp -f nvt-pr-md.mdp -c em-sol.gro -r em-sol.gro -p fws.top -o nvt-pr.tpr
    gmx mdrun -deffnm nvt-pr
    gmx grompp -f npt-pr-md.mdp -c nvt-pr.gro -r nvt-pr.gro -p fws.top -o npt-pr.tpr
    gmx mdrun -deffnm npt-pr
    gmx grompp -f npt-nopr-md.mdp -c npt-pr.gro -p fws.top -o npt-nopr.tpr -maxwarn 1

    if  [ ! -f "${current_path}/npt-nopr.log" ]; then
        gmx mdrun -deffnm npt-nopr -nb gpu -ntmpi 1
    else
        last_two_words=$(tail -n 2 "${current_path}/npt-nopr.log" | head -n 1 | awk '{print $1" "$2}')
        if [ ! "$last_two_words" = "Finished mdrun" ]; then 
            gmx mdrun -s npt-nopr.tpr -cpi npt-nopr_prev.cpt -deffnm npt-nopr -nb gpu -ntmpi 1
        fi
    fi 

    echo 0 0 | gmx trjconv -f npt-nopr.trr -s npt-nopr.tpr -o npt-nopr.xtc -pbc nojump -ur compact -center
    echo 4 4 | gmx rms -s npt-nopr.tpr -f npt-nopr.xtc -o fws-bkbone-rmsd.xvg
    echo 4 | gmx rmsdist -s npt-nopr.tpr -f npt-nopr.xtc -o distrmsd.xvg
    echo 1 | gmx rmsf -s npt-nopr.tpr -f npt-nopr.xtc -b 50000 -o fws-rmsf.xvg -ox fws-avg.pdb -res
    echo 1 | gmx sasa -s npt-nopr.tpr -f npt-nopr.xtc -o area.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvg
    mkdir "${current_path}/${replacement}"
    cp "${current_path}"/*.xvg "${current_path}/${replacement}"
done

该脚本依次执行了多个GROMACS命令，包括构建初始结构、添加溶剤、进行能量最小化和平衡以及生产模拟等步骤。通过此脚本，可以大大简化分子动力学模拟的复杂过程。

结束语

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