stereoscope安装实录

尝试在win系统下进行安装

1. 建立一个空文件夹，然后到cmd中准备clone包。这里可以打开指定的文件夹，在路径栏里点击并输入“cmd”，回车，就进入控制台了。默认路径就是指定文件夹的路径。更方便快捷

git clone https://github.com/almaan/stereoscope

成功后：

2. 准备安装

这里看到教程说如果用conda，应该建立一个新的环境

办事情前查阅github，得知需要3.7及以上

3. 建立环境

conda create -n stereoscope python=3.7

既然是踩坑，那么http error不能错过，我换了很多源都不行，最后是离线安装才成功，如果没有error则无需离线

conda config --set offline true
conda create -n stereoscope python=3.7

4. 开始安装

激活环境。切换到anaconda prompt，使用如下命令切换到当前目录并激活环境（其实这么说来一开始直接在prompt中也挺好,它和cmd的区别不是很懂，以后再研究吧

d:
cd D:/stereoscope
conda activate stereoscope

成功

5. py安装

先进入py的文件夹

cd stereoscope

安装得时候我觉得前面得 ./是不需要的，不知道官网为什么有。这个命令本质上是安装依赖。我在网上查阅好像python setup.py install 命令更好使用，也可以换这个。直接setup.py install会唤起IDE比如pycharm安装。

setup.py install
或者
python setup.py install

出现版本过低的错误，说明原来的3.7不够呀

重新删了环境再安装高版本python

conda remove -n stereoscope --all

换一个版本

conda create -n stereoscope python=3.8
python setup.py install

需要pandas,那就安装

pip install pandas

出现报错

pip install llvmlite==0.37

报错，因为numpy太高了，卸载了装低

pip uninstall numpy

安装合适版本1.20.0

pip install numpy==1.20.0

报错pandas太高了。。。

换个版本1.5.3

pip install pandas==1.5.3

关于numpy又报错了，我们再次卸载并且安装1.20.0

pip uninstall numpy
pip install numpy==1.20.0

还是不对 好讨厌，要找个合适的pandas版本

尝试了几个 选择了孤寡版本 成功

pip install pandas==1.1.1

查看一下当前版本

conda list

(stereoscope) D:\stereoscope\stereoscope>conda list
# packages in environment at C:\Users\yunsy\anaconda3\envs\stereoscope:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
anndata                   0.9.0rc1                 pypi_0    pypi
ca-certificates           2022.07.19           haa95532_0
certifi                   2022.9.24        py38haa95532_0    http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
contourpy                 1.0.7                    pypi_0    pypi
cycler                    0.11.0                   pypi_0    pypi
fonttools                 4.38.0                   pypi_0    pypi
h5py                      3.8.0                    pypi_0    pypi
importlib-resources       5.12.0                   pypi_0    pypi
joblib                    1.2.0                    pypi_0    pypi
kiwisolver                1.4.4                    pypi_0    pypi
llvmlite                  0.37.0                   pypi_0    pypi
matplotlib                3.7.0                    pypi_0    pypi
natsort                   8.3.0                    pypi_0    pypi
numba                     0.54.1                   pypi_0    pypi
numpy                     1.20.0                   pypi_0    pypi
openssl                   1.1.1n               h2bbff1b_0
packaging                 23.0                     pypi_0    pypi
pandas                    1.1.1                    pypi_0    pypi
pillow                    9.4.0                    pypi_0    pypi
pip                       22.2.2           py38haa95532_0    http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
pynndescent               0.5.8                    pypi_0    pypi
pyparsing                 3.0.9                    pypi_0    pypi
python                    3.8.13               h6244533_0
python-dateutil           2.8.2                    pypi_0    pypi
pytz                      2022.7.1                 pypi_0    pypi
scikit-learn              1.2.1                    pypi_0    pypi
scipy                     1.10.1                   pypi_0    pypi
setuptools                63.4.1           py38haa95532_0
six                       1.16.0                   pypi_0    pypi
sqlite                    3.39.2               h2bbff1b_0
stereoscope               0.3.1                    pypi_0    pypi
threadpoolctl             3.1.0                    pypi_0    pypi
torch                     1.13.1                   pypi_0    pypi
tqdm                      4.64.1                   pypi_0    pypi
umap-learn                0.5.3                    pypi_0    pypi
vc                        14.2                 h21ff451_1    http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
vs2015_runtime            14.27.29016          h5e58377_2    http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
wheel                     0.37.1             pyhd3eb1b0_0    http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
wincertstore              0.2              py38haa95532_2    http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main

6. 检查安装是否成功

python -c "import stsc; print(stsc.__version__)"
stereoscope test

应该是不完全成功，作者也没说怎么处理

核心报错是ModuleNotFoundError: No module named 'typing_extensions'

(stereoscope) D:\stereoscope\stereoscope>python -c "import stsc; print(stsc.__version__)"
stereoscope : 0.3.1

(stereoscope) D:\stereoscope\stereoscope>stereoscope test
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\yunsy\anaconda3\envs\stereoscope\Scripts\stereoscope-script.py", line 33, in <module>
    sys.exit(load_entry_point('stereoscope==0.3.1', 'console_scripts', 'stereoscope')())
  File "C:\Users\yunsy\anaconda3\envs\stereoscope\Scripts\stereoscope-script.py", line 25, in importlib_load_entry_point
    return next(matches).load()
  File "C:\Users\yunsy\anaconda3\envs\stereoscope\lib\importlib\metadata.py", line 77, in load
    module = import_module(match.group('module'))
  File "C:\Users\yunsy\anaconda3\envs\stereoscope\lib\importlib\__init__.py", line 127, in import_module
    return _bootstrap._gcd_import(name[level:], package, level)
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 1014, in _gcd_import
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 991, in _find_and_load
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 975, in _find_and_load_unlocked
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 671, in _load_unlocked
  File "<frozen importlib._bootstrap_external>", line 843, in exec_module
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 219, in _call_with_frames_removed
  File "C:\Users\yunsy\anaconda3\envs\stereoscope\lib\site-packages\stereoscope-0.3.1-py3.8.egg\stsc\__main__.py", line 4, in <module>
    from stsc.run import run
  File "C:\Users\yunsy\anaconda3\envs\stereoscope\lib\site-packages\stereoscope-0.3.1-py3.8.egg\stsc\run.py", line 9, in <module>
    import torch as t
  File "C:\Users\yunsy\anaconda3\envs\stereoscope\lib\site-packages\torch-1.13.1-py3.8-win-amd64.egg\torch\__init__.py", line 779, in <module>
    from .serialization import save, load
  File "C:\Users\yunsy\anaconda3\envs\stereoscope\lib\site-packages\torch-1.13.1-py3.8-win-amd64.egg\torch\serialization.py", line 18, in <module>
    from typing_extensions import TypeAlias
ModuleNotFoundError: No module named 'typing_extensions'

先去github问问 mark一下

2023.03.04更新

继续安装包，哪个少就安装哪个，安一个就test一下

pip install typing-extensions==4.1.1
pip install zipp
pip install colorama

解决 安装成功

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下面更新一下服务器端安装

没啥特别的。建个新环境，紧跟作者代码就行。注意python3.8的pandas还是冲突的，卸载了，然后安装1.1.1版本的就可以了，比win简单好多

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2023.06.14更新一下安装

不知道为什么服务器的linux安装不上了

主要在报OSError: libcublas.so.11: cannot open shared object file: No such file or directory

查找相关的文件

find -name libcublas.so.11

./.local/lib/python3.7/site-packages/nvidia_cublas_cu11-11.10.3.66-py3.7-linux-x86_64.egg/nvidia/cublas/lib/libcublas.so.11

./.conda/envs/stereoscope/lib/python3.8/site-packages/nvidia_cublas_cu11-11.10.3.66-py3.8-linux-x86_64.egg/nvidia/cublas/lib/libcublas.so.11

./.conda/envs/cell2loc_env/lib/python3.9/site-packages/nvidia/cublas/lib/libcublas.so.11

查看资料https://blog.csdn.net/little_cute/article/details/124766123

以及https://blog.csdn.net/sinat_28442665/article/details/118020594

查询到这个报错和CUDA相关 CUDA是显卡相关，服务器无显卡

发现conda list中有若干显卡相关的东西 不能留

nvidia-cublas-cu11        11.10.3.66               pypi_0    pypi
nvidia-cuda-nvrtc-cu11    11.7.99                  pypi_0    pypi
nvidia-cuda-runtime-cu11  11.7.99                  pypi_0    pypi
nvidia-cudnn-cu11         8.5.0.96                 pypi_0    pypi

删了但还是不行。。

在WSL2（windows下的子系统安装），建议把set_up的文件按如下修改，环境还是安装python3.8的

#!/usr/bin/env python3

from setuptools import setup
import os
import sys

setup(name='stereoscope',
            version='0.3.1',
            description='Integration of ST and SC data',
            author='Alma Andersson',
            author_email='alma.andersson@scilifelab.se',
            url='http://github.com/almaan/stereoscope',
            download_url='https://github.com/almaan/stereoscope/archive/v_03.tar.gz',
            license='MIT',
            packages=['stsc'],
            python_requires='>3.5.0',
            install_requires=[
                            'torch==1.13.1',
                            'numba==0.54.1',
                            'numpy==1.20.0',
                            'pandas==1.1.1',
                            'matplotlib==3.7.0',
                            'scikit-learn==1.2.1',
                            'umap-learn==0.5.3',
                            'anndata',
                            'scipy==1.10.1',
                            'Pillow',
                      ],
            entry_points={'console_scripts': ['stereoscope = stsc.__main__:main',
                                             ]
                         },
            zip_safe=False)

可能有些一下安装不上，但是根据缺少的报错一步一步是可以test成功的

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2023.06.14

测试使用

注意在官方教程中调用py文件时请使用

python ../../preprocess/hippocampus/create-mod-hippo-loom.py l1_hippocampus.loom .

不然会报错

还是官方教程 在提取亚群的时候，注意celltype是一个参数 要跟上；前面要有python来启动命令

python ../../preprocess/hippocampus/subsample-data.py -lf mod_l1_hippocampus.loom -o ../curated -lb 25 -ub 250 -cn "Celltype_1"

教程中很多路径是错的 要自己调整一下

比如这里拷贝的目录要后退

大多时候退到 data 目录会好一些

跑起来大概是这个样子

才发现也是要 显卡 的和cell2location一样