空间转录组Stereoscope安装踩坑指南

sGitHub - almaan/stereoscope: Spatial mapping of cell types by integration of transcriptomics dataSpatial mapping of cell types by integration of transcriptomics data - GitHub - almaan/stereoscope: Spatial mapping of cell types by integration of transcriptomics datahttps://github.com/almaan/stereoscope首先放出官方的下载流程如上,文章如下

 

安装的话就是打开服务器的R的Terminal

1.拷贝库到本地

git clone https://github.com/almaan/stereoscope

2.进入子文件夹

cd stereoscope

3.运行安装程序

./setup.py install

NOTE: on some systems you may need to add the --user flag to the install module, resulting in ./setup.py install --user

我就无法通过第一个代码安装，于是需要第二种，成功安装

./setup.py install --user

4.检查安装结果

 python -c "import stsc; print(stsc.__version__)"

我返回的是stereoscope : 0.3.1

官方给的结果是0.2.0 应该只是版本不一致

 5.出现问题

stereoscope test

 按照作者的文件，应该直接返回 successfully installed stereoscope CLI

---

但我返回的是：stereoscope: command not found

继续往下看作者说：

 虽然我返回的内容差一点点不一样，但感觉应该是一个意思？

6.尝试解决

首先用作者给出的code

export PATH=$PATH:/user/home/.local/bin

 问题没有解决。

网上搜索，应该是Linux的路径问题，作者的路径和我们的不一样呀！

打开Xshell，登录Linux

①通过命令

ll

②发现.local文件，并且cd进入

cd .local
ll

③发现bin文件，并且cd进入

cd bin
ll

④在众多文件中看见了

 ⑤运行测试代码，成功

 ⑥但此时回到terminal还是不可以的，因为此时路径并没有被添加进入。我们可以运行成功只是因为我们cd到了这个文件夹之下

⑦查看当前路径

pwd

 ⑧把路径复制，

替换作者的命令export PATH=$PATH:/user/home/.local/bin为

export PATH=$PATH:/home/data/ybk/.local/bin

并在terminal中输入该命令；随后输入测试命令

 已经成功将路径导入，召唤steroscope成功

总结：

自己的Linux知识不够扎实