专栏十三：单细胞分群后 将亚群metadata信息返回至大群当中与提取和删除亚群

很常见的需求，比如我提出大群中的成纤维细胞，再分群为FIB1 FIB2 FIB3，现在需要把这部分注释信息返回到大群。

sce.Fib <- readRDS('sce.celltype_Fib.rds') #经过细致注释的亚群
sce.all <- readRDS("sce.all_celltype_major.rds")  #原来的单细胞大群

Idents(sce.Fib) =  "celltype_Fib" #要设置为新分细胞亚群的idents
Idents(sce.all) =  "celltype_major"

# 把细分的亚群放回原来的总群----
dim(sce.Fib) 
dim(sce.all) 

Idents(sce.all, cells = colnames(sce.Fib)) <- Idents(sce.Fib)
DimPlot(sce.all,label = TRUE)

# 给大群的metadata一个新的名字celltype_major_Fib_sub 用来储存包含FIB细致注释的大群信息
sce.all$celltype_major_Fib_sub <- Idents(sce.all)

理论上结果应该是

FIB1 FIB2 Immune Epithelial FIB3...

这样结果就注释好嘞 

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20240224更新

伴随着重命名的还有提取特定亚群，当提取的很多，删除的很小，则还可以采用删除特定亚群的形式

提取亚群：三种方式

cd4_sce1 = sce[,sce@meta.data$seurat_clusters %in% c(0,2)]
cd4_sce2 = sce[, Idents(sce) %in% c( "Naive CD4 T"