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R语言
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18kkk
想学习python和R的医学生
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Seurat找到差异基因后 筛选Top10的基因
通常情况下,我们按照logfc从大到小筛选每个cluster的top10差异基因deg1就是findallmarkers的输出结果,改成自己的就好原创 2023-05-27 15:40:30 · 1897 阅读 · 0 评论 -
学习一个基础函数 separate()以及他的朋友们
tidyr 的 separate函数分割列原创 2023-03-27 22:34:27 · 716 阅读 · 0 评论 -
stereoscope安装实录
stereocope安装 windows和服务器原创 2023-03-01 12:54:58 · 266 阅读 · 0 评论 -
记录两个我很喜欢的细胞群命名方法
比一个一个命名要清晰很多。原创 2023-02-28 21:24:11 · 807 阅读 · 1 评论 -
windows最新细胞通讯cellphonedb版本V4安装方法。旧版升级从第七步开始
cellphonedb下载升级原创 2023-02-28 18:26:32 · 2196 阅读 · 1 评论 -
R包stCancer安装过程
stCancer R包安装经验总结原创 2023-02-26 21:10:19 · 308 阅读 · 0 评论 -
CNS文章代码学习(二)Immunity 三级淋巴结构 文章学习
对本文的一些理解原创 2023-02-25 21:24:49 · 421 阅读 · 0 评论 -
str_split函数的simplify参数与unlist函数的区别
前者把list结果输出为一个矩阵,而后者把所有的结果输出在一个向量里面。两个函数可以使得str_split的结果不为list。原创 2022-12-13 18:55:16 · 291 阅读 · 0 评论 -
GEO10X单细胞scRNK-seq中数据的下载与整理读取
下载好GEO数以后发现数据是混乱的,我们最终的目的应该是这样的:三个文件依次放在sample名下。之前都是手动修改,这次我们用R语言来修改和读取。原创 2022-12-13 15:31:26 · 4264 阅读 · 2 评论 -
R语言中读取和处理文件的常用方法
R语言中查看文件中内容的几个函数,可以用来批量读取文件原创 2022-12-11 11:39:22 · 2379 阅读 · 0 评论 -
R语言中一个处理变量名中空格横杠的小技巧make.names()
R语言中一个处理变量名中空格横杠的小技巧make.names()原创 2022-11-06 11:08:37 · 1616 阅读 · 0 评论 -
R语言中给数据框增加分组/根据样本名称添加分组的代码
R语言给样本添加分组信息原创 2022-07-27 15:22:38 · 10510 阅读 · 4 评论 -
关于单细胞TPM、Count数据的处理
今天正好看了一个很优秀的帖子答读者问(6):单细胞TPM矩阵如何分析?,就着github写一点总结,方便以后自己处理TPM数据的时候用。想要了解单细胞TPM的数据处理,对10X和smartseq2进行总结也很有必要。下面这个图出自张泽民 Direct Comparative Analyses of 10X Genomics Chromium and Smart-seq2的文章。可以直接的看到,10X基于droplet的方法进行测序,smartseq2基于96孔板,二者都属于二代测序,也就是边扩增边测序。 .原创 2022-07-11 21:59:32 · 8186 阅读 · 4 评论 -
Therapy-Induced Evolution of Human Lung CancerRevealed by Single-Cell RNA Sequencing 治疗后肺癌单细胞测序文章分享
Abstract:其实我以前觉得写这种文章的分享很耗费时间,不过现在觉得看过的文章不做整理实在是记不住,也很浪费,不如把精读的文章整理一下,比如这篇文章属于自带代码的单细胞文章,还是一篇cell,理应精读学习一波。数据比较大,边跑边整理好了。CODE:代码在github,但是数据存在google drive里面,而且几十个G,我自然下载不了。画了半个小时探索后,我用五毛钱在某二手平台找了个大哥帮我,画了一天时间拿到了数据,这里就分享出来。github:data:https://pan.b原创 2022-05-19 00:57:45 · 1246 阅读 · 3 评论 -
ERROR 我的Umap怎么和鬼画符一样,umap分群不好可能是因为dim打错了
umap找错误原创 2022-04-23 12:43:22 · 2487 阅读 · 0 评论 -
手把手教你R语言CIBERSORT计算免疫浸润+Rproject的使用
R语言CIBERSORT计算免疫浸润+Rproject的使用;包括自定义函数的方法或者下载包的方法原创 2022-04-18 18:42:38 · 23070 阅读 · 16 评论 -
给定基因集gene list后,R语言GO、KEGG分析
gene list到GO和KEGG原创 2022-03-25 23:18:25 · 6912 阅读 · 12 评论 -
R语言用EnhancedVolcano和ggplot画同一数据的火山图
R语言用EnhancedVolcano和ggplot画同一数据的火山图原创 2021-12-27 08:52:52 · 1288 阅读 · 0 评论