lammps并行（mpi）安装及gpu加速

最新推荐文章于 2025-03-28 06:18:02 发布

freedom feng

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本文链接：https://blog.csdn.net/m0_58588820/article/details/136461937

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超简单LAMMPS 安装教程 win10系统 - 知乎 (zhihu.com)

Windows环境下LAMMPS使用GPU加速运算 - 知乎 (zhihu.com)

两个网址解决这个问题。已望后来者可以快速安装lammps，减少浪费时间。

先下载软件，按照操作来，基本没有问题。知识是用来分享的，有需要的及时取走。

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分子动力学仿真软件：LAMMPS_（12）.并行计算与性能提升

kkchenjj的博客

03-12

870

通过多线程并行、多节点并行、混合并行、负载均衡、优化通信、使用加速库和性能分析，可以显著提高LAMMPS的计算效率和处理大规模系统的能力。优化输入脚本也是提高性能的重要手段。希望本节内容能够帮助您在LAMMPS中实现高效的并行计算和性能提升。

分子动力学仿真软件：LAMMPS二次开发_LAMMPS并行计算与优化

kkchenjj的博客

10-26

1193

并行计算是提高分子动力学仿真效率的关键技术。LAMMPS通过支持多线程并行（OpenMP）、多节点并行（MPI）和混合并行（MPI + OpenMP），以及GPU加速，为用户提供了多种并行计算选项。通过合理选择并行模式、调整并行参数、优化数据结构和算法、利用并行文件系统、定期检查负载均衡和合理配置仿真参数，可以显著提高LAMMPS仿真的性能和效率。在实际应用中，用户需要根据仿真任务的特性和可用的硬件资源，灵活选择并行计算策略，以实现最佳的计算效果。

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Ubuntu下的lammps GPU加速（真的香）

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参考 Lammps实现GPU加速，博客界面很好看，就是要翻墙，哈哈哈，所以我就转到CSDN大家参考学习。 GPU加速显卡驱动安装（本文默认为英伟达） - 检查自己的驱动是否安装成功 nvidia-smi 如果安装成功会有如下输出：如果未安装会有如下结果： nvidia-smi command not found - 安装驱动 ubuntu-drivers devices #...

LAMMPS科研服务器配置深度解析

finehoo_andy的博客

12-31

680

特别是在模拟纳米材料的原子扩散等任务时，充足的内存将避免计算进程的卡顿和崩溃，确保模拟的准确性和效率。Ubuntu、CentOS等发行版均支持LAMMPS的安装和运行，其中Ubuntu 18.04及以上版本因其完善的软件包管理和广泛的社区支持，成为首选。然而，在选择GPU时，需确保其与LAMMPS软件版本的兼容性，并考虑服务器的电源供应和散热系统需求。只有这样，才能确保LAMMPS在科研工作中稳定高效地运行，助力科研人员在分子动力学模拟领域取得卓越的研究成果，推动相关学科的不断发展。

【LAMMPS学习】七、加速性能(4)加速器包

荷塘阅色

04-05

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GPU 与多核 CPU 的性能取决于您的硬件、使用的配对类型、原子/GPU 的数量以及 GPU 上使用的精度（双精度、单精度、混合精度）。要查看当前可用于特定样式的加速样式，请在命令样式页面中找到样式名称（fix,compute,pair等），并查看列出的后缀（g、i、k、o、t）。同样，您应该尝试 GPU 库的精度设置，看看单精度或混合精度是否会给出准确的结果，因为它们通常会更快。否则，使用该样式的命令的语法是相同的，它们的功能是相同的，并且它产生的数值结果也应该是相同的，除了精度和舍入效果之外。

使用多线程和GPU加速LAMMPS算例安装教程

weixin_52439130的博客

01-04

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(主要是为了在多线程提速计算的同时再用上GPU显卡进行提速，只适用于NVIDIA的显卡) 步骤1. 下载对应操作位数的并行版本的LAMMPS并安装(后面带MPI的是并行版本) 网址是：LAMMPS Binaries Repository: ./64bit 步骤2. 下载对应操作位数的mpich2并安装网址是：LAMMPS Windows Installer Repository 步骤3. 配置环境变量，将mpich2的bin目录的地址添加到LAMMPS_POTENTIALS的环境变量中...

ubuntu中显示本机的gpu_LAMMPS的GPU加速(deepin15)

weixin_26879037的博客

12-25

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系统：deepin15.11 处理器：AMD3600X 显卡：RTX2060 (AMD的显卡不行)软件：mpich3.3.2 fftw3.3.8 Nvidia450.66 Nvidia-CUDA10.0基本操作和基本词汇解释：终端：鼠标右键后打开的命令符窗口备注：其中“liu”是自己本机的用户名显卡型号对照：Nvidia arch 型号对照blog.csdn.net注意:CUDA以及其他...

ubuntu22.04 安装lammps：lammps安装、功能包安装、GPU加速、将lmp添加到环境变量中

csu_lijunjie的博客

11-15

3055

此次安装使用make安装，虽然官网手册上面推荐使用cmake安装，说camke安装有很多好处，但是我自己的实践来看camke很容易报错，先后两次使用cmake安装也都失败了，所以还是选择了使用传统的make安装方式。

LAMMPS的GPU模块到底有用吗

weixin_43740665的博客

07-20

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lammps的gpu模块

【LAMMPS学习】七、加速性能(1)基准测试

荷塘阅色

04-01

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7. 加速性能7. 加速性能本节介绍针对不同类型机器上运行的不同类别问题提高 LAMMPS 性能的各种方法。接下来的讨论有两个要点。第一个是使用代码选项来实现可以加速模拟的替代算法。第二种是使用 LAMMPS 提供的多个加速器包之一，其中包含针对某些类型的硬件优化的代码，包括多核 CPU、GPU 和 Intel Xeon Phi 协处理器。LAMMPS 网站的。

lammps运行Linux,Lammps分子动力学软件MPI并行+Intel高效编译版 Linux完整安装教程

weixin_42373088的博客

04-30

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简介LAMMPS是一种经典的分子动力学仿真代码，设计用于在并行计算机上高效运行。它是由美国能源部下属的桑迪亚国家实验室(Sandia National Laboratories)开发的。它是一个开源代码，根据GNU公共许可证(GPL)的条款自由分发。安装教程：所需编译器套件：Intel Parallel Studio XE 2019一、所需并行库：OpenMPI(Open Message Pass...

Lammps for GPU 编译手册

07-28

Lammps for GPU 编译手册基础环境RHEL5U3、Nvidia C2050

lammps安装 centos7成功安装

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为了能在CentOS 7上高效地运行LAMMPS，特别是利用其并行计算能力，本文将详细介绍如何在该操作系统环境下安装LAMMPS及其依赖库FFTW和MPICH。 #### 安装准备在开始之前，请确保已经拥有CentOS 7系统的root权限或...

纳米尺度仿真软件：LAMMPS_（10）.高级计算方法

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LAMMPS 提供了多种高级计算方法来提高分子动力学模拟的效率和准确性。通过并行计算、加速计算技巧和利用 GPU，可以在大规模模拟中实现显著的性能提升。实际应用中，选择合适的并行模式、优化邻居列表设置、选择高效的计算算法以及调优模拟参数，是实现最佳性能的关键。希望本节的介绍能够帮助你更好地理解和应用这些高级计算方法。

lammps—报错记录—gpu加速—ERROR:unable to initialize —cuda driver error 4 ... ‘geryon/nvd_device.h‘

csu_lijunjie的博客

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对于这个问题的原因，很明显就是在使用GPU加速的时候CPU核心数目过多了而导致的。我还不太清楚为什么会这样，我看到网上有人发帖说 “在用GPU加速算法的时候，在同样的GPU使用情况下，使用数量多的CPU反而计算速度下降，这可能是因为MD的运算都在GPU中运行，而过多的CPU数目反而会增加各个计算板块之间的通信时间。” 类比思考一下，我这个报错可能是因为GPU加速算法并支持过多核数的CPU计算（没有测试过具体多少核数是上限度），因此产生了报错。

windows系统下实现lammps的GPU加速计算

qq_42110789的博客

05-25

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写在前面之前看到小木虫上有大佬在windows系统上用lammps的gpu加速，效果很好，不需要安装ubuntu系统，非常羡慕，可谓懒人必备。今天正好测试gpu包成功，顺带把方法分享给大家。（由于软、硬件环境差异，不能保证每个人用下述方法都能成功）测试环境：window10系统显卡：GTX1060（需要英伟达的显卡，该方法amd的显卡可能不行）测试的lammps版本：LAMMPS 64-bit 15Apr2020 1.安装好win版lammps 串行并行版本应该都可以，windows版本的lammp

非root安装lammps-gpu版本（NVIDIA）

weixin_45728128的博客

05-27

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写在前面的话，需要会一些基本的linux指令仅供参考下面改一些文件需要会vim指令仅供参考。

Ubuntu 20.04+NVIDIA驱动+Cuda11.5+FTTW3.3.10+lammps GPU加速

qq_25439183的博客

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Ubuntu部署lammps GPU加速

LAMMPS 2022版使用并行加速

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\lmp.exe -pk gpu 1 split -1.0 device_type nvidiagpu -in .\in.deposit.atom.lmp 用时0:03:09。.\lmp.exe -pk gpu 0 device_type nvidiagpu -in .\in.deposit.atom.lmp用时 0:03:39。.\lmp.exe -pk gpu 1 split 1.0 -in .\in.deposit.atom.lmp用时0:03:09。用时0:05:13。

ubuntu安装lammps gpu加速

01-08

### Ubuntu系统中安装支持GPU加速的LAMMPS #### 准备工作为了确保顺利安装，建议先确认硬件兼容性和现有驱动状态。对于采用AMD 7742双路处理器以及NVIDIA RTX 3090显卡的设备，在Ubuntu环境下实现LAMMPS的GPU加速前需保证已正确安装适合版本的NVIDIA驱动程序[^1]。 #### 安装NVIDIA驱动与CUDA工具包通过Ubuntu自带的附加驱动选项来简化NVIDIA驱动的安装过程是一个高效的方法；验证安装完成度可通过命令`nvidia-smi`执行检查。针对特定需求如开发或高性能计算，则可能进一步需要安装匹配版次的CUDA工具包，例如cuda-11.7用于提供必要的编译器和支持库以便于后续操作[^2]。 #### LAMMPS安装流程考虑到不同版本间的差异性，这里以较为通用的方式介绍基于源码构建的过程： 1. 获取最新稳定版LAMMPS压缩包并解压至目标目录； 2. 进入解压后的文件夹内创建一个新的build子目录作为CMake项目的根路径； 3. 使用如下所示指令启动CMake配置向导指定启用哪些特性（此处特别强调开启GPU支持），同时指明MPI和FFT库的位置信息： ```bash cmake -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/lammps \ -D PKG_GPU=yes \ .. ``` 4. 编辑生成的Makefile调整优化参数适应本地环境后运行make命令开始编译链接直至产出最终二进制文件lmp_serial或lmp_mpi视乎是否关联了消息传递接口(MPI)； 5. 将上述产物复制到全局可访问位置并将该处加入PATH环境变量方便随时调用[^3]。 #### 关闭不必要的图形驱动模块为了避免潜在冲突影响性能表现，默认加载的新手友好型开源图形栈(nouveau)应当被阻止自动挂载。编辑/etc/modprobe.d/blacklist.conf追加相应条目达到目的[^4]: ```bash echo "blacklist nouveau" | sudo tee -a /etc/modprobe.d/blacklist.conf sudo update-initramfs -u ``` 重启计算机使更改生效后再继续其他步骤。