2024年运维最全使用vsearch进行16s扩增子高通量序列分析步骤_vsearch安装(2),我的Linux运维美团求职之路

为了做好运维面试路上的助攻手,特整理了上百道 【运维技术栈面试题集锦】 ,让你面试不慌心不跳,高薪offer怀里抱!

这次整理的面试题,小到shell、MySQL,大到K8s等云原生技术栈,不仅适合运维新人入行面试需要,还适用于想提升进阶跳槽加薪的运维朋友。

本份面试集锦涵盖了

  • 174 道运维工程师面试题
  • 128道k8s面试题
  • 108道shell脚本面试题
  • 200道Linux面试题
  • 51道docker面试题
  • 35道Jenkis面试题
  • 78道MongoDB面试题
  • 17道ansible面试题
  • 60道dubbo面试题
  • 53道kafka面试
  • 18道mysql面试题
  • 40道nginx面试题
  • 77道redis面试题
  • 28道zookeeper

总计 1000+ 道面试题, 内容 又全含金量又高

  • 174道运维工程师面试题

1、什么是运维?

2、在工作中,运维人员经常需要跟运营人员打交道,请问运营人员是做什么工作的?

3、现在给你三百台服务器,你怎么对他们进行管理?

4、简述raid0 raid1raid5二种工作模式的工作原理及特点

5、LVS、Nginx、HAproxy有什么区别?工作中你怎么选择?

6、Squid、Varinsh和Nginx有什么区别,工作中你怎么选择?

7、Tomcat和Resin有什么区别,工作中你怎么选择?

8、什么是中间件?什么是jdk?

9、讲述一下Tomcat8005、8009、8080三个端口的含义?

10、什么叫CDN?

11、什么叫网站灰度发布?

12、简述DNS进行域名解析的过程?

13、RabbitMQ是什么东西?

14、讲一下Keepalived的工作原理?

15、讲述一下LVS三种模式的工作过程?

16、mysql的innodb如何定位锁问题,mysql如何减少主从复制延迟?

17、如何重置mysql root密码?

网上学习资料一大堆,但如果学到的知识不成体系,遇到问题时只是浅尝辄止,不再深入研究,那么很难做到真正的技术提升。

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一个人可以走的很快,但一群人才能走的更远!不论你是正从事IT行业的老鸟或是对IT行业感兴趣的新人,都欢迎加入我们的的圈子(技术交流、学习资源、职场吐槽、大厂内推、面试辅导),让我们一起学习成长!

3、vsearch分析步骤:按顺序
###双端配对,使用参数mergepairs ,与usearch使用方法一致,但注意加参数的时候的格式
vsearch --fastq_mergepairs fastq_1.fq --reverse fastq_2.fq --fastqout merged.16s1.fq --relabel @
# label可以按自己喜好,但要注意与后面的label提取对应,一般不建议修改

merge 结果: 注意merged后面的百分数,正常应该比较高,如果远低于其他文献或者自己其他样品,需要注意       

翻转序列,并与原序列合并:

###翻转序列,并将翻转序列与原序列合并到一个文件
vsearch --fastx_revcomp merged.16S1.fq --fastqout merged.16S1_rc.fq
#多个文件可使用for语句

#翻转完成后直接合并原序列
cat merged.16S1.fq merged.16S1_rc.fq >mergedFR.16s1.fq
#或
cat merged.16S1{,_rc}.fq>mergedFR.16s1.fq
###合并后查看文件大小是否为原来两倍大小


使用python脚本fastq_strip_barcode_relabel2.py提取对应barcode的序列,并重新标记label为16s

python脚本参考,大家可自行到usearch或其他地方下载:扩增子分析中需要使用到的python脚本资源-CSDN文库

###注意python需Python2环境,脚本位置,barcode序列(这里用的是16S其中的典型序列之一,以及样品barcode文件,文件格式间下方:
python /py/fastq_strip_barcode_relabel.py mergedFR.16S1.fq GTGCCAGCMGCCGCGGTAA barcode.txt B16s > barcode.relabel.16S1.fq

###barcode.txt 格式
>F_2
AGTTCATACGGC
>F_3
TCGCTTTAACCT
>F_4

基于barcode分离出的样品序列单独再次翻转,并加上label后缀

###
vsearch --fastx_revcomp barcode.relabel.16S1.fq --label_suffix _RC --fastqout barcode.relabeled.16S1_rc.fq

再利用反向barcode提取分样:

###这里的反向barcode特征序列和样品barcode按自己实际替换。
python /nfs/sopt/py/fastq_strip_barcode_relabel2.py barcode.relabeled.16S1_rc.fq GGACTACHVGGGTWTCTAAT barcode_16S_r2.txt B16s > mergedFR.relabeled2.16S1.fq


将同一批不重复样品的所有正反分样的序列合并到一起进行otu分析和物种分类

###合并所有已标记样品名称的序列
cat mergedFR.relabeled2.16S1.fq mergedFR.relabeled2.16S1.fq {...} > mergedFR.relabel.16s.fq

###fastq过滤,去除读长较短的序列
vsearch --fastq_filter mergedFR.relabel.16s.fq --fastq_maxee 0.5 --fastq_minlen 250 --fastq_trunclen 250 --fastq_maxns 1 --fastaout mergedFR.relabel.16S.QC.fa

###获取无重复序列unique_seqs
vsearch --derep_fulllength mergedFR.relabel.16S.QC.fa --sizeout --relabel Uniq --output unique_seqs.fa

###unique序列排序,加速后续分析
vsearch --sortbysize unique_seqs.fa --output sorted.16s.fa --minsize 2

###使用unoise3处理输出otu序列和tab表,新版本特性
###现在版本的vsearch还是alpha版本,所以先用usearch开放版本处理
usearch -unoise3 sorted.16s.fa -zotus zotus.fa -tabbedout uniose3.txt

###同样使用usearch开放版本处理uniose3聚类模块,获取otutable
usearch -unoise3 unique_seqs.fa -zotus ref_zotus.fa -minsize 9
usearch -otutab mergedFR.relabel.16S.QC.fa -zotus zotus.fa -otutabout otu_table_16S_unoise3.txt

###同样可以使用vsearch的usearch-global模块获取数据otu丰度表
vsearch --usearch_global mergedFR.relabel.16S.QC.fa --db zotus.fa --id 0.99 --otutabout otus_counts.txt

###使用rdp数据库的classifier进行物种分类,可按服务器实际资源调整内存
java -Xmx8g -jar /rdp_classifier_2.12/dist/classifier.jar classify -c 0.5 -f filterbyconf -o classification.filterbyconf.16s.txt zotus.fa

以下是私房菜,全vsearch分析流程,可放入脚本直接运行,敬请收藏:

###python脚本环境需要py2,使用前可以先使用conda激活conda环境,或者直接在py2环境下运行
###序列文件,barcode及特征序列请根据自己实际修改;

vsearch --version
echo ---------------------------------------------
date
echo Mergepairs and relabel with "@"
vsearch --fastq_mergepairs ./datalink/fastq_1.fq \
        --reverse ./datalink/fastq_2.fq \
        --fastqout a.merged.fq \
        --relabel @
echo Mergepairs over!
echo ---------------------------------------------
date
echo ---------------------------------------------
vsearch --fastx_revcomp a.merged.fq \
        --label_suffix _RC \
        --fastqout a.merged_rc.fq
echo ---------------------------------------------
date
echo ---------------------------------------------
cat a.merged.fq a.merged_rc.fq >  a.mergedFR.fq
echo --------------------------------------------
python ./testlink/py/fastq_strip_barcode_relabel2.py a.mergedFR.fq \
       GGACTACHVGGGTWTCTAAT ./datalink/barcode_16S.txt B16S > b.barcode.16S.fq
echo Barcode_16S over!
echo ---------------------------------------------
date
echo ---------------------------------------------
echo Revcomp 16s start
vsearch --fastx_revcomp b.barcode.16S.fq \
        --fastqout c.barcode.16S_rc.fq
echo Revcomp 16s over!
echo ---------------------------------------------
date
echo ---------------------------------------------
cat b.barcode.16S.fq c.barcode.16S_rc.fq > c.barcode.16S_FR.fq

echo Fastq filter start!
vsearch --fastq_filter c.barcode.16S_FR.fq \
        --fastq_maxee 0.5 \
        --fastq_minlen 250 \
        --fastq_trunclen 250 \
        --fastq_maxns 1 \
        --fastaout d.barcode.16S_FR.QC.fa


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*   **174道运维工程师面试题**

> 1、什么是运维?

> 2、在工作中,运维人员经常需要跟运营人员打交道,请问运营人员是做什么工作的?

> 3、现在给你三百台服务器,你怎么对他们进行管理?

> 4、简述raid0 raid1raid5二种工作模式的工作原理及特点

> 5、LVS、Nginx、HAproxy有什么区别?工作中你怎么选择?

> 6、Squid、Varinsh和Nginx有什么区别,工作中你怎么选择?

> 7、Tomcat和Resin有什么区别,工作中你怎么选择?

> 8、什么是中间件?什么是jdk?

> 9、讲述一下Tomcat8005、8009、8080三个端口的含义?

> 10、什么叫CDN?

> 11、什么叫网站灰度发布?

> 12、简述DNS进行域名解析的过程?

> 13、RabbitMQ是什么东西?

> 14、讲一下Keepalived的工作原理?

> 15、讲述一下LVS三种模式的工作过程?

> 16、mysql的innodb如何定位锁问题,mysql如何减少主从复制延迟?

> 17、如何重置mysql root密码?

**网上学习资料一大堆,但如果学到的知识不成体系,遇到问题时只是浅尝辄止,不再深入研究,那么很难做到真正的技术提升。**

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复制延迟?

> 17、如何重置mysql root密码?

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