在进行分子动力学模拟的过程中,结果的处理往往比模拟过程还难,如何做出让人眼前一亮的结果图。有些方向需要输出原子的位移云图和位移矢量图,原子位移可以反映模型的变形程度。
如下图的位移云图和矢量图。
图参考自:Hao Li, Tianyu Yan, Kristen A. Dynamic Contact Angles and Mechanisms of Motion of Water Droplets Moving on Nanopillared Superhydrophobic Surfaces: A Molecular Dynamics Simulation Study, langmuir, 2018
本文已小编自己的一个dump文件结果为例,利用OVITO软件绘制原子位移云图及矢量图,案例并无实际意义,目的在于教学OVITO软件绘制原子位移云图及矢量图。
01
绘制原子位移云图具体步骤
1.导入dump文件
将我们的dump文件导入至OVITO软件中
2.Add modification--Displacement vectors
3.Add modification--Color coding
Adjust range
4.添加标尺
1)add layer
2) Color legend
将标尺移动至合适位置
5.如果我们需要将其显示为如下图所示的二维状态
只需调整原子的显示方式,根据自己的需求
02
绘制原子位移矢量图具体步骤
绘制原子位移矢量图就比较简单了
1.在上面教程的基础上,勾选Displacements
2.调整显示方式即可
3.结果
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