数量遗传学 第三章 Hardy -Weinberg Weinberg 法则及应用

（Hardy-Weinberg平衡群体的条件和性质，连锁不平衡）

哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg) 法则：Hardy G.H (英国数学家) 和Weinberg W.（德国医 生）1908年各自发现：在一个没有进化的压力（不发生突变、迁移和选择的无限大的相互交配的群体中（假设），基因频率和基因型频率逐代保持不变；不管群体的起始频率如何, 只要经过一代随机交配, 群体就达到平衡。群体遗传中最重要的原理，它解释了繁殖如何影响 群体的基因和基因型频率。
Genetic Equilibrium 遗传平衡Hardy-Weinberg Law：基因型频率和基因频率在不同世代间保持不变，不管群体的起始频率如何, 只要经过一代随机交配, 群体就达到平衡。Hardy-Weinberg遗传平衡经过一代随机交配就可以建立。
HWE群体必须符合条件：1、理想大群体 2、个体随机交配 3、没有选择压/迁移/遗传漂变 4、没有突变 即没有进化
Hardy-Weinberg平衡群体的性质：
1、    平衡群体的基因型频率取决于群体的基因频率，而与起始群体的基因型频率无关: (D、H、R）=（p2, 2pq, q2)
2、    平衡群体的最大杂合率不超过50%: H2 = 4p2q2 = 4DR，当最大杂合率等于50%时，p=q=0.5
3、    当一个等位基因的频率是另一个的2倍以上时，杂合体频率介于两种纯合体之间，当p或q非常低时，群体内基因型以杂合型为主。例如: PA=0. 01, PAa / PAA=2PA(1-PA)/PA2 = 198 (倍)
Hardy-Weinberg平衡的应用：1、根据群体结构预测基因型频率和基因频率。2、通过控制影响平衡的因素来控制遗传进化方向。3、隐性基因型的计算和杂合基因型的计算：p=√Q，Aa /(AA+Aa) = 2q /(1+q)。4、生物多样度计算：h (2piqj) = 1 - ∑ pi2
连锁平衡（Linkage equilibrium）又称配子相位平衡：不同位点的等位基因随机联系，没有连锁和干扰的限制，如果配子AiBi出现频率与等位基因Ai 和Bi频率的乘积相等，则AB配子平衡。如果不是连锁平衡状态，则配子体频率世代间发生变化。
连锁不平衡（Linkage disequilibrium）
两个以上位点间基因型频率的不平衡状态，似乎由位点间连锁关系引起的，称连锁不平衡或 配子相不平衡，引起LD。
两对基因的群体平衡时（p, q, r, s 分别为基因A,a,B,b的频率），(pA+ qa)2 ( rB+ sb)2 = (prAB+psAb +qraB + qsab) 2。平衡群体中，配子基因型的频率等于基因频率的乘积。

群体偏离Hardy-Weinberg平衡的程度常用下面的公式计算:Dij=p(AiBj)-p(Ai)p(Bj)。

连锁不平衡的度量

引起LD的因素：1、基因座连锁交换2、随机漂变3、突变4、人工选择5、奠基者效应瓶颈效应6、群体混合和分层
基因重组大大降低了连锁不平衡，没有重组，达到平衡的时间很长。随机交配也可以打破连锁不平衡。Dt=D0(1-r)t
Hardy-Weinberg平衡定律的检验: 根据基因频率计算群体内的期望的各基因型个体数。用以下公式： 。连锁并非一定存在不平衡，需要通过检验才知道。

Bottleneck effect瓶颈效应：某世代群体个体数目急剧变小发生群体瓶颈现象，一个重大事件发生，导致生物种群个体大幅度减少，导致群体瓶颈发生。一旦发生群体瓶颈，遗传漂变对群体的的影响巨大，遗传变异大幅度降低。1890时代，人类捕猎海象，只剩下20余只。
Founder effect 奠基者效应：由带有亲代群体中部分等位基因的少数个体重新建立新的群 体，这个群体后来的数量虽然会增加，但因未与其他生物群体交配繁殖，彼此之间基因的差异性甚小，导致生物族群遗传基因组成相似。 对外隔绝的海岛，或较为封闭的新开辟村落。奠基者效应是一种遗传漂变。
Population stratification群体分层：是种群中亚种群间等位基因频率存在差异，可能存在物理隔离或者生殖隔离。
Population admixture 群体混合：不同频率的随机交配群体（不同结构的群体）的混合也会导致不平衡，所以，不平衡也不一定是连锁造成。
影响遗传平衡的因素：不同的遗传群体的遗传组成是不同的，基因频率的变化受交配方式、选择压力以及群体大小等因素影响。
 

非随机交配 (non-random mating)	近亲交配	亲缘关系较近的个体间交配	近亲
	聚类交配assortative mating	表型相近的个体间交配频率高于随机交配群体的理论交配频率	human不同肤色的，不同宗教的
	反聚类交配 disassortative mating	表型相近的个体交配频率低于随机交配群体的理论交配频率	self-sterility system自交不育
系统性过程 (systematic process)	基因频率定向变化	Migration生物个体从一个居群到另一个居群。 若迁入个体等位基因频率与另一个居群的相等则不影响平衡。原来的亚群体中基因A的频率为p0 每个世代由另一亚群体迁入外来亚群的比率为m的个体 中基因A的频率为pm 那么群体中基因A来自外来亚群体的概率为pm×m 原来群体的概率为p0(1－m)	闯关东（1830S 山海关外谋生，山东4000万人） 走西口（1860S 山西中部，北部-迁徙到内蒙古）
		Migration
		Selection 适应度W(fitness) 在一定环境，个体生存并把基因传递给后代能力。繁殖能力最强的适合度为1，其他基因型能成活繁殖后代的相对能力为0-1。选择系数S (coefficient of selection) 在选择作用下某基因型的后代数目比最适基因型减少的比例 e.g. 显性个体产生100个后代，隐性个体产生0个 后代，针对隐性基因的选择系数s=（100-0） /100=1，则适应值为1-s=0
	基因频率随机变化	Random drift in small population由于有限群体中抽样误差等而产生 的基因频率的非定向改变。	一对等位基因的频率分别是p, q, 某代参加繁殖的个体数为2N, 则基因频率的变异可用二项 成数分布的标准差 σ = √pq/2N计算。若p=q=0.5, 且N = 5000, 则群体中该基因的变 异范围：0.5 ±0.005;若N=2,则该基因的波动范围: 0.5 ±0.25。