hwe-哈温质控

1.什么是哈温平衡？

哈迪-温伯格（Hardy-Weinberg）法则是群体遗传中最重要的原理，它解释了繁殖如何影响群体的基因和基因型频率。这个法则是用Hardy,G.H(英国数学家) 和Weinberg，W.（德国医生）两位学者的姓来命名的，他们于同一年（1908年）各自发现了这一法则。他们提出在一个不发生突变、迁移和选择的无限大的相互交配的群体中，基因频率和基因型频率将逐代保持不变。

2.怎么做哈温平衡质控？

将观察数（O）与预期值（e）作比较，进行χ2检验。处理组和对照组的基因型分布的观察值和预期值差异无显著性（P>0.05），符合遗传平衡定律。

3.哈温平衡和MAF的区别？

哈温平衡是对基因频率（A,T）进行质控，而MAF是对基因型频率（AA,AT,TT）进行过滤.

4.计算HWE值

1）计算所有SNP位点的哈温平衡的P值

 查看plink.hwe文件

 plink.hwe的数据格式：
• CHR 染色体
• SNP SNP的ID
• TEST 类型
• A1 minor 位点
• A2 major 位点
• GENO 基因型分布：A1A1, A1A2, A2A2
• O(HET) 观测杂合度频率
• E(HET) 期望杂合度频率
• P 哈温平衡的卡方检验P-value值

2）剔除SNP中不符合HWE的位点

 /d/软件集合/plink/plink --bfile maf --hwe 1e-4 --make-bed --out hwe

 5.利用R语言可视化

hwe <- read.table(file = "plink.hwe",header = T)
> head(hwe)
  CHR       SNP  TEST A1 A2    GENO O.HET. E.HET.      P
1   1 rs3131972   ALL  A  G 2/33/77 0.2946 0.2758 0.7324
2   1 rs3131972   AFF  A  G 1/19/36 0.3393 0.3047 0.6670
3   1 rs3131972 UNAFF  A  G 1/14/41 0.2500 0.2449 1.0000
4   1 rs3131969   ALL  A  G 2/26/84 0.2321 0.2320 1.0000
5   1 rs3131969   AFF  A  G 1/17/38 0.3036 0.2817 1.0000
6   1 rs3131969 UNAFF  A  G  1/9/46 0.1607 0.1771 0.4189
> pdf(“hwe of distribution)
Error: unexpected input in "pdf(“"
> pdf("hwe of distribution")
> hist(hwe[,9],main = "hwe distribution")
> dev.off()
null device 
          1 

P值越低（P<0.05） ，则表明观察值（O）与预测值（E）差异越显著，则越不符合hwe平衡，需将这些位点删除。