科研小白--Day3序列比对

利用star软件进行比对

建立索引的时候首先确定基因组文件是人还是小鼠的

方式一：建立索引

STAR  --runThreadN 6 #（使用线程数目 ） --runMode genomeGenerate \ #（工作模式选择建立索引）

-- genomeDir 输出文件位置\  # (输出文件在哪里)

-- genomeFastaFiles 参考基因组文件名称位置\  #（输入文件在哪里）

--sjdbGTFfile  注释文件位置  \

--sjdbOverhang 149  # reads长度-1，默认100

运行结果： 染色体长度、染色体名称、基因信息及注释信息

方式二：简介版比对

STAR --runThreadN 5 -- genomeDir 索引文件   \

--readFilesCommand zcat \ 

--readFilesIn   一端序列文件 另一端序列文件       \

--outFileNamePreix 输出文件的位置/命名格式      \

sam包含具体的比对结果  

运行结果log 包含处理过程中的命令 final一些统计信息 sam存储各种信息，哪些reads比对上了

方式三 复杂版本

STAR --runThreadN 5 -- genomeDir 索引文件   \

--readFilesCommand zcat \ 

--readFilesIn   一端序列文件 另一端序列文件       \

--outFileNamePreix 输出文件的位置/命名格式      \

--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \

--outBAM sortingThreadN 5 \